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2023
11-04

用Excel就能分析生物数据,真后悔没早点安装插件GenAlEx

GenAlex是一款应用于EXCEL的生物数据分析工具插件,运行后可以在Windows的excel中使用,功能强大又好上手。它可以对共显性数据、单倍体数据和二元数据进行分析。GENALEX还提供了一系列基于频率的分析, 20多种不同的图表总结数据辅助检测。除此之外,序列信息和基因型数据可以方便地在相关软件中转化格式。

操作步骤

建立一个表格,第一行首先写上位点数,个体数,居群数,然后开始与第二行对应标上居群内个体数与居群名称,Codominant data - fragment size,第三行写上Sample,pop,基因名称。第四行开始第一列写上个体名称,第二列为居群名称,后面是等位基因长度。missing data用0表示。同一居群的要连续排下来。把GenALEx拖进表格中启用宏

在加载项中找到GenAlEx 选择参数,一般按照默认 可以按照样品排列数据,按照居群排列数据,按照居群把表格分为不同的sheet,列出工作表,列出数据表,列出结果表,排列工作表,检查数据 按照居群分为不同的sheet效果图 检查数据效果图 选择计算频率 填写居群信息,5个位点,10个样品,3个居群,每个居群个体数为4,3,3,两列的格式,点击OK

选择计算等位基因的频率,对所有居群作图,以及对所有基因作图

等位基因频率AFP 对居群作图AGL 对基因及居群作图AGF 计算等位基因频率

计算等位基因频率AFL 根据居群以及等位基因计算杂合度、交配系数以及多态性

这是根据居群计算得到的杂合度、交配系数以及多态性HFP 这是根据等位基因计算得到的杂合度、交配系数以及多态性HFL number of samples(N):样品数量 the number of alleles (Na):等位基因数量 the effective number of alleles (Ne):有效等位基因数 the information index (I):信息指数 the observed heterozygosity (Ho):观测杂合度 the expected heterozygosity (He) :期望杂合度 unbiased expected heterozygosity (uHe):无偏期望杂合度 Fixation index (F):固定指数 Fis:群体内近交系数 Fst:遗传分化系数 Fit:总群体近交系数 the number of effective migrants (Nm):基因流 可以对等位基因模式进行分析

对等位基因频率进行分析的结果AFP

对等位基因模式进行的分析结果APT 等位基因列表ALI 等位基因总结PAS

特有等位基因总结PAL 可以计算群体间的遗传距离,无偏距离,FST等

这是计算的居群间的两两遗传距离的结果 这是计算的居群间距离的结果 这是一个总结 这是居群间FST

这是FST计算结果

这是基因流的计算结果 还可以进行哈温伯格平衡测试 点击OK

全选,O K

这是哈温伯格平衡测试的图表结果 这是哈温伯格平衡测试的总结 Chi-Squared statistic:卡方检验 degrees of freedom:自由度 probability:可能性 significance :显著性

以上就是GenAlEx的部分操作,下期继续分享GenAlEx的其他强大操作。如果文章对你有所帮助,请转发给你身边需要的人噢!

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作者:萌小白
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