2021 07-25 生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗? 生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据 fastq 之外,还需要准备基因组文件 fasta 格式和基因注释文件 gtf 格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如 bed 、 bed12 、 sam 、 bam 、 wig 、 bigwig 、 bedgraph 等,生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义,以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2021 07-23 DNA琼脂糖凝胶电泳 (一)操作规程1.制胶(1)根据所需浓度称取一定量的琼脂糖加入干净的三角瓶中,加入100mL 0.5×TBE电泳缓冲液,放入微波炉中溶解。注意不要沸腾。(2)将制胶模板两端用胶带封好,调节水平,插入梳子。待凝胶在室温冷却到60℃左右加入EB(终浓度0.5µg/mL)混匀,倒入模板中。注意倒胶要连续,千万不能有气泡。(3)凝胶自然冷却后,取出梳子,去掉胶...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2021 07-22 知识分享:琼脂糖凝胶电泳 实验原理琼脂糖凝胶电泳常用于分离、鉴定 DNA、RNA 分子混合物,以琼脂凝胶作为支持物,利用 DNA 分子在电场中时的电荷效应和分子筛效应,达到分离混合物的目的。DNA 分子在高于其等电点的溶液中带负电,在电场中由阴极向阳极运动。在一定的电场强度下,忽略DNA分子携带的电荷,DNA 分子的迁移速度取决于分子筛效应,即分子本身的大小和构型是主要的影响因素。DNA 分子的迁移速度与相...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2021 07-20 手把手教你跑的一手好胶 通常跑胶分为跑琼脂糖胶和 SDS-PAGE 胶,当然也还有非变性胶,这里主要说明上面两种。琼脂糖凝胶电泳一、原理琼脂糖是 D-和 L-半乳糖残基通过糖苷键交替构成的线状聚合物,且琼脂糖凝胶具有三维网络结构,物质分子通过时会受到阻力,不同的大小的带电物质在电场下涌动时受到的阻力不同,因此在凝胶电泳中,带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量,而且还取决于分子大小,这就大大...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2021 07-19 单细胞ATAC-seq——探索基因转录调控的新利器 近年来,ATAC-seq技术成为研究基因表观组学的新利器,在Cell、Nature等顶级期刊发表了多篇高分文章。这些研究主要通过ATAC-seq来研究表观遗传学调控,包括信号通路、细胞发育、疾病发生等,同时结合motif分析来识别哪些转录因子参与基因表达调控。表1 ATAC-seq发表的部分高分文章什么是ATAC-seq?染色质开放区:真核生物染色体是由DNA分子包裹组蛋白形成的核小体结构通过一系... 阅 读 全 部 >
2021 07-19 五分钟带你了解ATAC-seq测序 ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing,中文可理解为结合高通量测序技术的靶向开放染色质的研究方法。这个方法是2013年由斯坦福大学的William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室共同开发的用于研究染色质可及性/开放性的方法。目前,通过A... 阅 读 全 部 >
2021 07-18 RNA甲基化研究 | m6A概述 前言RNA甲基化是当今最热门的研究领域之一,2017年共有125篇m6A相关文献发表。而今年更是井喷式增长,截止目前,已发表144篇文献,其中不乏nature,cell等顶级期刊。m6A的功能也是十分强大,涉及生长发育的各个方面。概述m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA最常见的一种转录后修饰,占到RNA甲基化修饰的80%。早在上...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2021 07-16 单细胞测序:实验设计和分析方法二 尽管从一群细胞中获得全基因组范围的mRNA表达量对理解生物学机制非常有用,但这种方法只能获得平均基因表达水平,有时候会掩盖,甚至误导一些有意思的生物学现象。幸运的是,随着高通量测序技术的迅速发展,我们可以获得单个细胞的转录组。与大体积(bulk)RNA测序相比,单细胞RNA测序的数据结构虽然与其相同,但也有它不一样的特征:起始RNA极其稀少、分辨率高(resolution,即存在大量的基因有...... 阅 读 全 部 >
2021 07-16 单细胞测序:实验设计和分析方法(一) 2014年,单细胞测序被列为《Nature Methods》年度最重要的方法学进展。通常说的单细胞测序,是指单细胞的mRNA测序。随着单细胞RNA测序技术日渐成熟,可预计将来会有越来越多的单细胞测序应用于科研和临床。细心的读者可能发现,转录时空已经推送了很多单细胞测序领域的文章。针对火热的单细胞测序,我们将对单细胞测序的特点、实验设计、分析方法将一一进行介绍,分享给大家。1-RNA测序特点...阅... 阅 读 全 部 >
2021 07-14 转录组测序,样本如何准备? 转录组项目有很多老师反馈自己的RNA-Seq样本提取完整性差、提取量不足,下机数据质量差,分析结果不理想等问题,影响自己的课题进度。目前有针对分析条件的优化,但“RNA-Seq千里之行,始于样本”,保证RNA提取的完整性与总量,是RNA-Seq的第一步,也是很重要的一步!从源头分析,您的样本准备做好了吗?由于RNA样本的特殊性:1)结构的特殊性,(相比于DNA)极易降解;2)RNA酶非...阅读全... 阅 读 全 部 >