分类目录归档：科研&学习

2021
08-22

生物信息分析入门全攻略

生物信息学是生命科学研究的重大前沿领域，未来将占据生命科学研究的半壁江山。已经有越来越多的小伙伴投入到生物信息的学习中，但是入门难、深入慢、摸不到方向等都成为持续学习的拦路虎。本文根据生物信息技术大牛成长经历和华大人才培养经验总结入门攻略，带领小伙伴们全面破解生物信息学习难题。谁可以来学什么是生物信息学？现在已有的定义都非常宽泛，例如这个：“生物信息学利用应用数学、信息学和计算机科...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2021
08-20

多快好省的宏基因组研究技巧——资深专家分享

近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体，而大量复杂的微生物群体存在培养困难，构成复杂（包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物）。因此如何用高通量精准的了解这些群体的构成，基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况成为首要问题。高通量测序技术的发展，让我们可以不经过培养，一次性了解微生物群落构成甚至基因代谢组成。随着技术的进步，检测方法也逐渐丰富，对应的分析...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2021
08-19

3款宏基因组组装软件，哪款最666？

组装是宏基因组分析中最重要的一环，它直接影响着后续基因集的构建、功能分析及物种注释等的分析结果。小锐使用一个大约12G的土壤样本，测试了SOAPdenovo、megahit和metaSAPdes三个组装软件的组装性能。到底谁能胜出？请随着小锐一步一步来探个究竟。1软件安装SOAPdenovo下载地址http://sourceforge.net/projects/...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2021
08-18

生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗？

生信分析过程中，会与很多不同格式的文件打交道，除了原始测序数据 fastq 之外，还需要准备基因组文件 fasta 格式和基因注释文件 gtf 格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如 bed 、 bed12 、 sam 、 bam 、 wig 、 bigwig 、 bedgraph 等，生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义，以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2021
08-17

【干货分享】宏组学最新最潮分析方法大盘点

宏基因组（Metagenome）和宏转录组（Metatranscriptome）是通过鸟枪法测序技术（Shotgun sequencing），结合全微生物组关联分析（Microbiome-Wide Association Studies，MWAS）的策略，分别从DNA/RNA水平，全面精细地展示整个微生物群落的物种组成谱、功能代谢谱、表达谱，进而从原理上阐明微生物群落在生态系统中发挥...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2021
08-15

研究思路|微生物组+代谢组多组学应用案例解读

案例在手，思路不愁！今天继续为大家分享几篇微生物组+代谢组多组学应用在肠道样本中的文献案例。案例1：原名：Microbiome-metabolome reveals the contribution of gut-kidney axis on kidney disease译名：微生物-代谢组学揭示了肠道-肾轴对肾脏疾病的贡献期刊：Journal of Translational M...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2021
08-14

宏基因组分析——基因预测篇

在前两期的推送稿中，我们为大家介绍了宏基因组组装的基本原理和操作。基于组装序列，我们可以实现基因预测、物种注释、功能注释等相关分析，从而研究微生物菌群结构、菌属功能及作用机制。因此，本期我们将从基因预测的原理和操作两个部分出发，为大家介绍基于组装序列的基因预测。1基因预测原理宏基因组基因预测一般包括同源预测和从头预测。同源预测是通过与基因的同源序列比对，从而获得与已知基因序列最大匹配，其预测依赖于... 阅 读 全 部 >
2021
08-13

什么是基因组Survey？为什么要做基因组Survey？

为什么要做调研图基因组测序现在已经成为生物学研究的一个重要手段，基因组的杂合度和重复序列对后续基因组组装有很大的影响。高杂合的基因组往往无法合并姊妹染色体，导致组装的结果偏大，而重复序列在组装中会被折叠，使组装中出现缺口、错误，导致组装的结果偏小。不同的生物体的基因组之间杂合率和重复序列含量差异巨大，因此在进行基因组测序前往往需要对基因组的特征进行调研，以确定测序方案，周期等。目前常用的调研手段有... 阅 读 全 部 >
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