LEfSe分析，可以分析组间菌群差异，可以找出各组间特异的主要菌群，有助于开发biomaker等研究。其实我们自己也可以进行Lefse分析，只需要按照要求整理好相应的表格即可，下文是具体步骤及示例数据，大家可以自行进行尝试。数据准备输入文件环境样本丰度表，处理的格式如下图所示：数据摘抄于网上。第一行：以氧含量区分的名字第二行：以组织部位的样本名字第三行：代表编号第四行：是分类水平的最高级，依次往下... 阅 读 全 部 >
在spss统计分析中，方差分析在比较均值菜单和一般线性模型菜单中都可以做，单因素方差分析一般称为单因素Anova分析，单变量方差分析一般称为一般线性模型单变量分析。这两种方法既有区别又有联系，在统计学中，这两种分析方法统称为方差分析，在spss中由于线性模型的引入，才有所区分，那么这两种分析方法在具体应用中有什么样的区别和联系？二者的适用情况是什么？分析结果有何异同？下面将进行详细介绍。 【...... 阅 读 全 部 >
一、前言 之前有说过，Zotero一大好处就是开源，免费。而软件开源的好处是，会有很多技术大拿一起再GitHub上面给软件写各种各样强大的插件。Zotero就是如此，借助于插件， Zotero战斗能力倍增，可以让大家更为轻松自如地学习与管理文献。今天，小编就为大家带来Zotfile这个插件，感受下开源软件的人性化设计。 二、Zotfile 插件的使用 2.1 安装 直接进入Zotfile... 阅 读 全 部 >
Matrix 精选Matrix 是少数派的写作社区，我们主张分享真实的产品体验，有实用价值的经验与思考。我们会不定期挑选 Matrix 最优质的文章，展示来自用户的最真实的体验和观点。文章代表作者个人观点，少数派仅对标题和排版略作修改。文献管理的需求和工具学术文献管理其实主要包括了管理和阅读两个需求。从管理层面而言，我们希望：文献可以方便地导入到工具中并提...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
导读 一、SPSS 数据分析—描述性统计分析二、spss 常见统计图形一、SPSS 数据分析—描述性统计分析 SPSS 用于描述性统计分析的过程大部分都在分析—描述统计菜单中，另有一个在比较均值—均值菜单，虽然这几个过程用途不同，但是基本上都可以输出常用的指标结果。1、分析—描述统计—频率 此过程可以输出连续型变量集中趋势和离散趋势的主要指标，还可以输出判断分布的直方图、峰度值和偏...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
微生物多样性分析中最基础、最重要的文件为OTU table，几乎所有的后续分析，如alpha多样性分析，beta多样性分析，差异分析等等都是基于OTU table展开的。因此理解OTU table的含义和来路，对微生物多样性分析至关重要。下面我们就来介绍一下OTU table是怎么样一步一步得来的，及其注意事项。建库测序步骤： 16s/18S/ITS rRNA测序首先需要提取环境样品的DNA，..... 阅 读 全 部 >
一、OTU统计分析 1.聚类统计表 为了方便研究样品的物种的组成多样性信息，需对样品的有效序列进行聚类，按照97%的序列相似度将这些序列聚类成为OTUs( OperationalTaxonomic Units )，得到每个cluster的序列及其代表序列（即为OTU），用于统计每个OTU序列和丰度进行下游分析。 图1 OTU聚类统计表 每行代表一个OTU 在不同样品中的序列数，每列代... 阅 读 全 部 >
三元图/三元相图 Ternary Plot 三元图有6种英文叫法，其中ternary plot最为常用。三元图是重心图的一种，它有三个变量，但需要三者总和为恒定值。在一个等边三角形坐标系中，图中某一点的位置代表三个变量间的比例关系。常用于物理化学、 岩石学、矿物学、冶金学和其它物理科学，用于表示在同一个系统中三组分间的比例。在群体遗传学中，它被称做Finet...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。主要内容本系列文章内容包括：箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、维恩图、三元图和...阅读全... 阅 读 全 部 >
Beta多样性用于不同生态系统之间多样性的比较，也就是样品间的差异，而上次提到的alpha多样性分析为样品内的多样性；Beta多样性利用各样本序列间的进化关系及丰度信息来计算样本间距离，反映样本（组）间是否具有显著的微生物群落差异。Beta多样性计算 Beta多样性计算中主要基于OTU的群落比较方法，有欧式距离、bray curtis距离、Jaccard 距离，这些方法优势在于算法简单，考...阅... 阅 读 全 部 >