对于本来就没有多少时间做科研的医学生来说，拿到导师布置的课题时总是如履薄冰，因为导师总是一字千金，就简简单单说一句你去研究什么什么蛋白的功能，而后所有的背景知识都需要自己去查，如何才能快速的掌握自己需要研究蛋白的全部知识呢？今天笔者拿出多年的珍藏，给大家分享一个超好用的数据库SMART。进入SMART数据库，网址为http://smart.embl-heidelberg.de/.进入网站首页，可以... 阅 读 全 部 >
文章信息文章：An atlas of the aging lung mapped by single cell transcriptomics and deep tissue proteomics期刊：Nature Communications组学技术：scRNA-seq、mass spectrometry-based proteomics、bulk RNA-seq材料：scRNA-s...阅读全... 阅 读 全 部 >
来源自：华大科技知识库组学研究细胞、组织或是整个生物体内某种分子（DNA、RNA、蛋白质、代谢物或其他分子）的所有组成内容，称之为“组学”（-omics），”-omics”术语代表了对怎样思考生物学和生物体系工作方式的重新定位。组学研究包括对基因组及基因产物（转录子组和蛋白质组）的系统生物学研究，随后必然要上升到细胞机制、分子机制和系统生物学的水平。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
载请：解螺旋·临床医生科研成长平台高通量测序，或称下一代测序（Next Generation Sequencing，NGS）方法在研究中的运用已经很广泛了，它能产生非常丰富的信息量，有助于探索几乎所有性状、疾病的遗传学特征，已经对许多疾病的研究都做出了贡献。但放下研究者的满腔热血，还是要冷静地想，这种方法并不是没有偏倚，不恰当的设计仍然会带来错误的结论。要避免偏倚则要从研究设计阶段就做好控制，..... 阅 读 全 部 >
近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体，而大量复杂的微生物群体存在培养困难，构成复杂（包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物）。因此如何用高通量精准的了解这些群体的构成，基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况成为首要问题。高通量测序技术的发展，让我们可以不经过培养，一次性了解微生物群落构成甚至基因代谢组成。随着技术的进步，检测方法也逐渐丰富，对应的分析...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
组装是宏基因组分析中最重要的一环，它直接影响着后续基因集的构建、功能分析及物种注释等的分析结果。小锐使用一个大约12G的土壤样本，测试了SOAPdenovo、megahit和metaSAPdes三个组装软件的组装性能。到底谁能胜出？请随着小锐一步一步来探个究竟。1软件安装SOAPdenovo下载地址http://sourceforge.net/projects/...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
生信分析过程中，会与很多不同格式的文件打交道，除了原始测序数据 fastq 之外，还需要准备基因组文件 fasta 格式和基因注释文件 gtf 格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如 bed 、 bed12 、 sam 、 bam 、 wig 、 bigwig 、 bedgraph 等，生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义，以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下...阅读全文... 阅 读 全 部 >
软件及参考基因组BWA, Samtools, Hisat2, HTseq, gffcompare, Stringtie, Ballgown，RB73-V3, B73-V4(Enzampl database)流程protocol首先从原始RAN-seq数据入手，先经过质控fastqc，之后检测rRNA占比，去除杂的reads之后进行数据处理；使用HISAT2将读段匹配到参考基因组上,可提...阅读全... 阅 读 全 部 >
宏基因组（Metagenome）和宏转录组（Metatranscriptome）是通过鸟枪法测序技术（Shotgun sequencing），结合全微生物组关联分析（Microbiome-Wide Association Studies，MWAS）的策略，分别从DNA/RNA水平，全面精细地展示整个微生物群落的物种组成谱、功能代谢谱、表达谱，进而从原理上阐明微生物群落在生态系统中发挥...阅读全文... 阅 读 全 部 >