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2022
05-25

小RNA长度分布条形图的绘制(R语言)

RNA长度分布图是描述小RNA测序结果概述的重要部分,我们以文献“Characterization of mouse serum exosomal small RNA content: The origins and their roles in modulating inflammatory response”为例,绘制RNA长度分布条形图。

1 准备数据

准备数据需要包括RNA的长度和各个种类的RNA的测序Count值。

使用Excel打开示例文件length.txt,内容如下:

2 安装R包ggplot2

运行脚本前需要安装R包ggplot2。打开Rstudio,点击Tools -> Install Packages

Install Packages里输入ggplot2,点击Install

3 运行脚本

首先设置工作路径,点击Session -> Set Working Directory -> Choose Directory设置工作目录到length.txt文件所在的文件夹。

然后将barplot.R复制到Rstudio中运行。

!!!**************************************************

#读取数据

data = read.table("length.txt",sep = "\t",header = F,row.names = 1)

data = as.data.frame(t(data))

head(data) #查看读取的数据内容前几行

#数据格式转换,整理成 ggplot2 方便识别的样式

x=rep(data$RNA,times=ncol(data)-1)

y=unlist(data[,2:ncol(data)])

z=rep(colnames(data)[2:ncol(data)],each=nrow(data))

data2=data.frame(x=x,y=y,z=z)

head(data2) #查看整理后的数据内容前几行

#ggplot2 作图

library(ggplot2)

p = ggplot(data2,aes(x=x,y=y,fill=factor(z,levels = colnames(data)[2:5]))) +

geom_bar(stat = "identity",position='stack',width = 0.5) + #绘制柱形图

theme(panel.background = element_blank(), panel.grid = element_blank(), #ggplot2 主题调整,包括背景、边框、字体等

axis.line = element_line(size = 0.6), axis.ticks=element_line(size=0.6), axis.ticks.length=unit(0.18,"cm"),

legend.position = "bottom", text=element_text(size=13,face="bold")) +

labs(fill = "",x="",y="") + #去除坐标轴标签

scale_y_continuous(expand = c(0,0)) + #x和y刻度轴调整

scale_x_continuous(breaks=x,limits = c(min(x)-1,max(x)+1),expand = c(-0.01,0.01))

p

!!!**************************************************

调整作图区域的大小得到合适的图片,这样我们的图就出来了。

4 输出PDF文件

点击Export -> Save as PDF

Save Plot as PDF中的PDF Size选择(Device Size),并在File name修改文件名(无需添加.pdf文件后缀)后,点击Save保存。

在工作目录下有length.pdf的文件。

注:!!!*******之间为R脚本内容

搜索微信公众号“纪伟讲测序”

最后编辑:
作者:萌小白
一个热爱网络的青年!

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