RNA长度分布图是描述小RNA测序结果概述的重要部分，我们以文献“Characterization of mouse serum exosomal small RNA content: The origins and their roles in modulating inflammatory response”为例，绘制RNA长度分布条形图。
1 准备数据
准备数据需要包括RNA的长度和各个种类的RNA的测序Count值。
使用Excel打开示例文件length.txt，内容如下：
2 安装R包ggplot2
运行脚本前需要安装R包ggplot2。打开Rstudio，点击Tools -> Install Packages。
在Install Packages里输入ggplot2，点击Install。
3 运行脚本
首先设置工作路径，点击Session -> Set Working Directory -> Choose Directory设置工作目录到length.txt文件所在的文件夹。
然后将barplot.R复制到Rstudio中运行。
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#读取数据
data = read.table("length.txt",sep = "\t",header = F,row.names = 1)
data = as.data.frame(t(data))
head(data) #查看读取的数据内容前几行
#数据格式转换，整理成 ggplot2 方便识别的样式
x=rep(data$RNA,times=ncol(data)-1)
y=unlist(data[,2:ncol(data)])
z=rep(colnames(data)[2:ncol(data)],each=nrow(data))
data2=data.frame(x=x,y=y,z=z)
head(data2) #查看整理后的数据内容前几行
#ggplot2 作图
library(ggplot2)
p = ggplot(data2,aes(x=x,y=y,fill=factor(z,levels = colnames(data)[2:5]))) +
geom_bar(stat = "identity",position='stack',width = 0.5) + #绘制柱形图
theme(panel.background = element_blank(), panel.grid = element_blank(), #ggplot2 主题调整，包括背景、边框、字体等
axis.line = element_line(size = 0.6), axis.ticks=element_line(size=0.6), axis.ticks.length=unit(0.18,"cm"),
legend.position = "bottom", text=element_text(size=13,face="bold")) +
labs(fill = "",x="",y="") + #去除坐标轴标签
scale_y_continuous(expand = c(0,0)) + #x和y刻度轴调整
scale_x_continuous(breaks=x,limits = c(min(x)-1,max(x)+1),expand = c(-0.01,0.01))
p
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调整作图区域的大小得到合适的图片，这样我们的图就出来了。
4 输出PDF文件
点击Export -> Save as PDF，
在Save Plot as PDF中的PDF Size选择(Device Size)，并在File name修改文件名（无需添加.pdf文件后缀）后，点击Save保存。
在工作目录下有length.pdf的文件。
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注：!!!*******之间为R脚本内容
搜索微信公众号“纪伟讲测序”- 本文固定链接: https://maimengkong.com/image/935.html
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