什么是火山图？

火山图（Volcano plot）——顾名思义，因其绘制后图形的效果酷似火山而命名。用于显著差异基因表达的展示，包含显著和差异两个重要信息。显著性一般用T-Test的P值衡量，差异性常用Fold Change值作为筛选标准。

如何看懂火山图？

每个人在使用火山图时的需要可能不一样，绘制出来的效果就不一样。小编汇总了部分火山图的展示效果，给大家一些参考~

看到这些火山图，我们的疑问是：如何看懂这张火山图所包含的信息呢？

简单来说火山图的本质就是一张散点图，被用来展示显著差异表达的基因，故而我们需要两个数据：一个是 p 值，即显著性；另一个是 FC 值（Fold Change），即差异表达倍数。

同时，我们在解读一张火山图时应该如何看懂？我们可以通过观察他的横纵坐标log2（Fold Change）和-log10（p-value）；火山图选用的作图数据是经过log2处理的Fold Change（FC）和经过-log10处理的p-value（T检验显著性P指的负对数）。标准的火山图将所有的数据点分为了 6 个区域，其中A 区代表着显著性差异且下调的数据；C 区为显著差异且上调的数据；其他区为不显著差异的数据。不显著差异的数据具体又分为显著无差异（B）、差异不显著（D、F）、不显著且不差异（E）等不同区域。

所以简而言之一句话，火山图最左上角（A）和右上角（C）的物质是在FC检验和T检验中，显著差异性最大的物质。所以我们火山图最重要的就是左上角和右上角的物质了。

如何绘制火山图？

我们在知道了什么是火山图？如何理解看懂火山图之后？我们进入的第三个问题就是，如何绘制火山图呢？

说起绘图，有些同学脑中可能会浮现出Photoshop、Adobe image 、AutoCAD等，但是生物信息学分析的绘图是基于数据做的可视化。需要的并不是常规的绘图软件，而是可用于数据分析和可视化的变成软件和语言，这里我们给大家介绍的是最普遍、最常见、也是非常容易上手的R语言来做这个火山图。

1.数据处理

我们首先要对数据进行处理，其中包括对数据进行T检验、计算p-value和-log10(P-value)、进行Fold Change(FC)检验、计算Fold Change(FC)和log2（Fold Change）；进行多元统计，得到VIP值。然后根据Fold Change(FC)和VIP的值判断代谢物的上下调，这一步的简单方式可以在excel中计算后粘贴到TXT文件中哦~

示例如下：