分类目录归档：科研&学习

2020
01-27

绘制韦恩图（Venn plot）和花瓣图（Flower plot）的几个常用R包及在线网站

此处结合微生物群落研究中的16S扩增子分析数据，给大家分享怎样在R中进行韦恩图（Venn plot）和花瓣图（Flower plot）绘制。 在R中，可用于绘制韦恩图的R包有很多可供选择，本文中选择了VennDiagram、venn、UpSetR共3个R包进行介绍。同时在本篇博文的最后，给出了3个可在线绘制韦恩图的网站，以提供更多的可选方法。 作图示例文件、R脚本等，已上传至百度盘，无提取码（若失... 阅 读 全 部 >

2020
01-27

重要知识点!!微生物多样性分析详解及步骤

微生物多样性或者宏基因组分析中，往往有几个出现频率很高的词，比如 OTU，群落结构，alpha多样性， beta多样性。今天就来通过分析思路上（主要围绕微生物多样性）给大家解释一下这些高频词汇。一、OTU分类OTU[1]全称为Operational Taxonomic Unit, 直译过来是操作分类单元，其实是人为进行定义的分类单元， 即一般是在微生物多样性分析中，对序列以97%的...... 阅 读 全 部 >

2020
01-25

美女小编的学习笔记|用服务器进行FastQC的基本步骤

Life is just a series of trying to make up your mind生活只是由一系列下决心的努力所构成下定决心去做一件让你改变的事的开始是一件很痛苦的事情（至少我有这种感觉），其实人长大积累了各种各样的习惯，也是这些习惯构成了你现在的生活，让你抛弃一种习惯去学习新的习惯（即使这个习惯会使你成为更好的自己）就犹如蛇蜕皮迎新生，旧的习惯就像...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >

2020
01-24

高通量测序中的接头（adapter）到底是什么

首先放一张测序示意图，在DNA片段两端所加的序列即接头序列，也就是我们今天要讲述的主角。测序示意图1 基本概念1.1 adapter接头，为一段已知的短核苷酸序列，用于链接未知的目标测序片段1.2 index或barcode几个碱基组成的寡核苷酸链，用于在混合测序时，区分不同样本1.3 insert待测序的目标序...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >

2020
01-24

二代测序中barcodes index的介绍

刚接触高通量测序的同学，可能会接触到barcode index等名词。为什么要有barcodes ？原因很简单，一个lane有效数据30来G我们并常常不可能拿一个样品测那么大数据量，尤其是RNA-seq，哈哈，所以在建库的时候，对每一个样品接头上加上不同的标签序列，然后用于测序，在测序结果中，依据之前标签与样品的对应关系，就可以获得对应样品的数据，从而...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >

2020
01-05

生信分析必须了解的4种文件格式

在做生物信息的过程中，经常需要进行各种文件格式。每一种生物软件都有固定的文件格式要求。因此，需要非常每一种数据的文件格式，从某种意义上来说，生物信息分析的过程就是进行各种文件格式的转换过程。例如当前很多分析都可以概括为从fastq到bam，从bam到vcf的过程。fasta文件格式FASTA文件主要用于存储生物的序列文件，例如基因组，基因的核酸序列以及氨基酸等，是最常见的生物序列格...阅读全文&... 阅 读 全 部 >

2019
06-28

DNA提取过程中各种试剂的作用

EDTA螯合Mg2＋、Ca2＋等金属离子；抑制脱氧核糖核酸酶（DNase）对DNA的降解作用（DNase作用时需要一定的金属离子作辅基）；EDTA的存在，有利于溶菌酶的作用，因为溶菌酶的反应要求有较低的离子强度的环境。SDSSDS是离子型表面活性剂;溶解细胞膜上的脂质与蛋白，因而溶解膜蛋白,从而破坏细胞膜；解聚细胞中的核蛋白；SDS能与蛋白质结合成为R-O-SO3-...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >

2019
02-11

酵母浸出物和牛肉膏、蛋白胨的区别？

酵母浸出物分为酵母浸粉和酵母浸膏：酵母浸粉：采用新鲜酵 母经酵母自溶、过滤、 浓缩、喷雾干燥而得到 的一种浅黄色至类白色 干燥粉末。有酵母自然 香味，易溶于水，水溶 液呈淡黄色。本品极具 吸湿性，请放阴凉干燥 处保存。酵母粉当中含有氨基酸类、肽类、水溶性维生素、及酵母多糖、酵母核酸组成的一种混合物，它当中含有丰富的B族维生素和各种氨基酸。核苷酸类、有机酸类、矿物质类及...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >

2019
02-09

脱纤维血的制备方法

先准备一个采血瓶里面放入少量玻璃珠，连接好采血的管道和针头，用牛皮纸包好进行灭菌。然后无菌采血马上封住瓶口快速而柔和地摇晃直到看见上层出现白色的纤维蛋白，这样除掉纤维就是脱纤血了。 用力太大摇晃会导致红细胞溶血。 最简单的制备方法就是将羊血抽到事先放好玻璃珠的无菌烧瓶中，然后不断摇动烧瓶，纤维蛋白就会裹到玻璃珠子上。一般4度可保存两个星期。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >

2019
01-20

16S 基础知识、分析工具和分析流程详解

16S概念什么是16S？S是什么意思？16S分析是用来干嘛的？能分析什么？16S大致的分析原理是什么？有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关，但大多数还是搞不清楚它们之间的关系。先明确一些概念：核糖体：Ribosome，由 RNA(rRNA）和蛋白质 组成，配合 tRNA 来翻译 mRNA。核糖体按沉降系数来分类，S就是沉降...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >