火山今始见,突兀蒲昌东。——岑参《经火山》 大家好，我是阿琛。当我们通过分析得到基因在不同分组中的表达情况，以及显著上调或下调的差异基因时，如何将该结果进行可视化展示随之出现。在生信分析中，火山图和热图是两种最为常见的展示方法。火山图，Volcano Plot，因其形状类似喷发的火山而得名。1.R包得安装与读取首先，自然是R包的选择与安装。经过多期内容的讲解，相信大家对于R语言绘图也基本有了一个基... 阅 读 全 部 >
误差线通常用于统计或科学数据中，显示潜在的误差或相对于系列中每个数据标志的不确定程度。一般通用的误差线为标准差（平均偏差）或标准误差。今天介绍两种使用R语言添加误差线的方法，分别是大家常用的ggplot2和基于它的ggpubr。方法A首先介绍大家比较熟悉的ggplot2包第一步：包的安装和数据准备这里使用R中的范例数据集：ToothGrowth。它描述了维他命C...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1. CHIP-seqChIP-Seq技术是研究蛋白质与DNA相互作用的有力工具，利用该技术可以检测转录因子与DNA的动态调控作用，各种组蛋白修饰，染色质调控因子等，转录因子与组蛋白修饰的ChIP-Seq示意图如下：ChIP-Seq技术包括两部分：建库和测序，建库和测序的质量对于后续分析尤为关键，但是建库前ChIP实验的设计也同样重要。从实验的操作来讲ChIP主要分为两大类，一类是X...阅读全文... 阅 读 全 部 >
circRNA 如何预测其靶基因？在完成与参考基因组的比对后，我们的流程从宿主基因中进行circRNA的鉴定，并计算排名。 对于鉴定结果的宿主基因，即为circRNA的靶基因。对于具有circRNA鉴定结果，并在两组间存在显著差异结果的genelist，后续我们对其进行了富集分析。circRNA分析流程如下：circ鉴定结果展示如下：IGV示意如下...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
lncRNA如何预测其靶基因？整个流程可以用两句话总结：将IP与input进行callPeak的结果与已知lncRNA进行相交，将交集得到的lncRNA进一步查找其附近具有功能的Protein-coding基因，随后对这些基因进行功能富集分析。 如下图所示，流程图展示了如何使用RNA数据进行lncRNA的查找与其靶基因功能注释，IGV则将这个过程找到的基因进行可视化。流...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1. CircRNA背景及分析流程简介1.1. 背景简介环形RNA是一类在真核生物中广泛存在的具有特殊环状结构的非编码RNA分子。已有文献表明，在生物体内，环形RNA有着miRNA海绵、RBP海绵以及翻译短肽等多项功能，在许多生物学过程中发挥着重要作用。目前研究表明，大部分环形RNA来源于蛋白编码基因的外显子区域。在pre-mRNA剪接的过程中，除典型的内含子剪接事件外，还...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
1. 工作流程RNA免疫共沉淀（RIP）是一种用于研究蛋白质与 RNA 的体内相互作用的经典实验技术。采用特异性抗体将目的蛋白进行免疫沉淀，由此可以把目的蛋白所结合的RNA片段也富集下来。通过与高通量测序技术的结合，对 RIP 后的RNA 产物进行测序分析， 从全基因组范围内寻找目的蛋白的 RNA 结合位点，以高效率的测序手段得到高通量的数据结果。1.1. RIP ...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
micRNA测序与分析报告1. 建库测序工作流程1.1. 建库测序流程MicroRNA (miRNA) 是一类长度约为20-24个核苷酸长度的具有调控功能的非编码RNA，miRNA 是生物体内一类重要的特殊分子，诱导基因沉默，参与细胞生长、发育、基因转录和翻译等诸多生命活动的调控过程。从RNA样品到最终分析结果数据，需要经过样品检测、建库、测序和信息分析等过程，其中测序过程...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
文库构建样品质检合格后，Input样品，使用去核糖体转录组建库，IP样品，核糖体含量低，采用全转录组建库。文库构建完成后，随后使用 Agilent 2100 Bioanalyzer 对文 库大小范围进行检测，插入的目的片段大小符合预期后，使用 Q-PCR 方法对文库的有效浓度进行准确定量（文库有效浓度 ＞3nM），以保证文库质量库检合格后，将不同文库按照有效浓度及目标下机数据...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
1. 建库测序流程1.1. Total RNA 样品制备和检测(1)使用 NanoDrop 2000 分光光度计对 RNA 样品进行初步定量；(2)使用 Aglient 2100 对 RNA 样品浓度精确定量。 RNA 总量、浓度、完整性 （RIN 值，RNA Integrity Number）、纯度（OD260/OD280 比 值）符合收样立项标准后，进入下一...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >