分类目录归档：科研&学习

2023
03-02

怎么使用ROSE鉴定超级增强子

本篇文章给大家分享的是有关怎么使用ROSE鉴定超级增强子，小编觉得挺实用的，因此分享给大家学习，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获，话不多说，跟着小编一起来看看吧。ROSE是最经典的超级增强子预测软件，由Richard A. Young大牛团队开发，源代码的网址如下http://younglab.wi.mit.edu/super_enhancer_code.html...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
03-01

基因表达相关性可视化—弦图（R语言）

表达谱分析中，经常会使用到相关性分析，探索一组基因间的共表达特征。例如，这些基因间的表达是否存在较强的协同性，一个基因表达值的改变是否与另一个基因表达值改变显著相关，它们之间是共激活还是抑制关系等。对于相关性分析结果的可视化，通常有多种方法，例如相关性散点图、弦图、共表达网络图。本篇教程则主要带大家了解如何基于基因表达值的相关性，绘制弦图。如下弦图来自文献“CUL4B pro...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2023
03-01

Hi-C信息分析，你的数据量够了吗？

对于Hi-C互作分析而言，不同分辨率水平可以分析不同的结构特征，其中，分析A/B compartment结构需要的分辨率在100kb，分析TAD结构需要的分辨率在40kb，分析loop结构的分辨率在10kb。随着研究的深入，越来越多的研究者希望通过Hi-C技术去分析DNA loop结构。在染色体的折叠过程中，DNA loop环的形成让线性距离上相隔很远的位点有机会靠近并发生互作，这些loop的..... 阅 读 全 部 >
2023
02-28

如何将单细胞数据整理成文？这篇近9分的文章给你答案！

来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信分析# #生信发文# #肿瘤单基因#昨天的讲座（详情见文末视频）Paper小师妹Rika已经为大家浅析了一下“数据驱动”和“假设驱动”类型文章的差异，今天咱们更进一步，仔细看看昨天提到的那篇 “药理+生信”的文章是如何将“数据驱动”的单细胞数据融入“假设驱动”的整体风格，...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
02-06

手把手教你做全基因组DNA甲基化测序分析

大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期，我们讲讲全基因组DNA甲基化实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。一、全基因组甲基化测序技术原理表观修饰不需要改变 DNA 序列便能实现对性状的改变，表观修饰的改变与基因功能乃至细胞状态、发育、衰老、疾病等存在重要的关联。在众多的表观遗传修饰中，最为重要且研究最为...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
02-05

基于生物信息学的乳腺癌细胞焦亡相关基因多组学分析及相关中药筛选预测

细胞焦亡（pyroptosis）是一种由炎症小体引发的裂解性程序性细胞死亡形式[1]，该过程由促炎性半胱氨酸蛋白酶（Caspase）-1、4、5、11的底物gasdermin D介导并伴随炎症和免疫反应[2]。研究发现细胞焦亡可以影响肿瘤的增殖、侵袭和转移[3]。因此，有报道认为诱导肿瘤细胞焦亡是一种潜在的癌症治疗策略[4]。乳腺癌（breast cancer）是目前最常见的恶性肿瘤之一，是女性癌... 阅 读 全 部 >
2023
01-29

DNA甲基化研究的测序数据挖掘思路：干货分享

作者：易基因总体来说，DNA甲基化一般遵循三个步骤进行数据挖掘。首先，进行整体全基因组甲基化变化的分析，包括平均甲基化水平变化、甲基化水平分布变化、降维分析、聚类分析、相关性分析等。其次，进行甲基化差异水平分析，筛选具体差异基因，包括DMC/DMR/DMG鉴定、DMC/DMR在基因组元件上的分布、DMC/DMR的TF结合分析、时序甲基化数据的分析策略、DMG的功能分析等。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
01-29

别和我说影像组学卷不动了,搞懂这个还愁发不到一区?

楔子1最终目的 大家好，我是鑫仔。我们将用三期推文，讨论一个大家比较感兴趣问题：影像组学研究的最终目的是什么？构想一：我们希望构建分类器或者预测模型，能够帮助我们辅助诊断、评估疗效、预测预后； （这个时候我们建立的科学假设往往是影像组学特征可以反应xxx患者的结局信息）构想二：我们希望影像组学可以为我们提供一种易于获得、非侵入、低消费、3D的方式获得客观测量和评估的特征（定量），作为正常生物过程、... 阅 读 全 部 >
2023
01-29

一文读懂工具病毒如何助力国自然研究？

国家自然科学基金可以帮助研究型临床医生和科学家成长，在成长过程中国自然标书的申请，以及成果的转化，是一个永恒的话题。我们知道，国自然的转化成果类型包括：期刊论文、专利、会议论文、奖励、专著。那么工具病毒是如何助力老师们的国自然成果转化呢？为了便于老师们理解工具病毒的功能与应用场景，我从国自然官网上检索出了腺相关病毒[1]、慢病毒[2]、腺病毒[3]助力，国自然成果转化的期刊论文，进行简要解读...... 阅 读 全 部 >
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