分类目录归档：科研&学习

2023
01-01

ATAC-Seq分析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（二）ChIPQC—科研必备表观遗传学知识

ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程：ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评价（一）phantompeakqualtoo...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
01-01

ATAC-Seq分析教程：用ChIPseeker对peaks进行注释和可视化—科研必备表观遗传学知识

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2023
01-01

ATAC-Seq分析教程：用网页版工具做功能分析和motif分析—科研必备表观遗传学知识

ATAC-Seq分析教程系列ATAC-Seq分析教程：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq分析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq分析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq分析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）phantompeakqualtoo...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
01-01

ChIP-seq基础入门(chip-seq流程)—科研必备表观遗传学知识

理解ChIP-Seq到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等，而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下，基因的表达、调控和性状发生了可遗传变化的分子机制。也就是相同的DNA, RNA，蛋白质经过一定的修饰后会使得生物性状发生了改变。...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
2022
12-31

ATAC-Seq分析教程：重复样本的处理-IDR—科研必备表观遗传学知识

前语ATAC-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理ATAC-Seq要求有必要有2次或更多次生物学重复（非常珍贵或者稀有样本除外，但有必要做至少2次技能重复）。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性，实际情况并不完全与预期一致。怎么点评重复样本的重复性的好坏？怎么得到一致性的peaks?这一节将介绍两种办法：1. 用Bedtools进行简略的overlap合并...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
12-29

ggplot2都有哪些使用不多但是却异常强大的图层函数

要说ggplot2中那些使用不多但是却功能强大的图层函数，我首先想到的就是geom_rect、geom_linerange、geom_segment、geom_ploygon。这四个函数分别定义了ggplot2中的矩形图、垂直线图（线范围图）、线段图、几何多边形图。这四种图表类型独立使用的机会很少，一般都是作为图表的辅助信息，但是如果能恰到好处的使用，你会挖掘出很多新意。geom_rectgeom... 阅 读 全 部 >
2022
12-25

大佬们的柱形图还能怎么玩？看看这块华夫饼！

关于柱形图的实用性和重要性这里就不再过多赘述，通过Excel、Origin、GraphPad Prism等常见科研绘图软件都能够比较轻松获得所需样式的柱形图。但是，在当下内卷的科研环境中，普通的柱形图和条形图显然不够看，那么如何让自己的柱形图更加出彩呢？之前为大家分享过当前一些高分期刊中常用到的变种柱形图表的绘制方法，详细可见推文：《给你的柱形图“烫个头”，跟上科研大佬们的时尚步伐！》 ...阅读... 阅 读 全 部 >
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