分类目录归档：科研&学习

2023
01-14

50个ggplot2可视化案例

什么类型的可视化用于什么类型的问题？本文可帮助您为特定分析目标选择正确的图表类型，以及如何使用ggplot2在R中实现它。一个有效的图标:在不歪曲事实的情况下传达正确的信息简单而优雅的表达信息内容通过美学表达信息，而不是掩盖信息没有信息负载下面介绍了八类常见的图表可视化情景。在绘图之前，请仔细考虑你准备如何通过可视化的方式...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >

2023
01-14

如何使用MEME预测序列motif？

做基因家族分析或者其他一些需要同时展示一个序列集合的保守序列区域（motif或者pattern的时候），最常用的工具，应该是MEME suite。MEME Suite是集合众多预测和注释motif工具的在线网站，其中MEME是一款强大的分析motif软件，MEME算法是基于最大期望值（EM）算法来识别motif。工具：MEME链接：http://meme-suite.org/ 具体的操作如...阅... 阅 读 全 部 >

2023
01-14

ChIP-seq发现转录因子Zeb1转录调控新机制

上皮-间质转化(epithelial-to-mesenchymal transition,EMT)是肿瘤侵袭和转移的首要步骤。Zeb1EMT的关键转录因子之一,它与多种癌症的发生发展有关，但在胶质母细胞瘤（GBM ）中Zeb1具体调节哪些基因并不清楚。 最近葡萄牙IGC研究所的科学家们发现，Zeb1可以同时调控胶质母细胞瘤干细胞基因表达的激活和抑制，并非传统认为的EMT因子...阅读全文... 阅 读 全 部 >

2023
01-14

ChIP测序报告中的图怎么用来发文章？（二）

ChIP测序报告中有许多结果图，都可以在文章中一展身手，比如我们今天讲解的GO富集分析图。 1. 蛋白结合（修饰）基因的GO富集分析GO即Gene Ontology，http://www.geneontology.org，是一个将全世界所有与基因有关的研究结果进行分类汇总的综合数据库，利用GO数据库，可以根据基因参与的BP(Biological...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >

2023
01-14

只看这张图，就知道ChIP测序的钱没白花

eak在TSS上下游的分布图是ChIP测序中非常关键的一张图。有这张图，我们就能知道目的蛋白（组蛋白或转录因子）在转录起始位点（TSS）及上下游附近的整体分布/结合情况。 图中横坐标为基因位置，纵坐标为reads的覆盖深度，它可以反映目的蛋白分布情况。input由于没有富集，其reads通常分布较低，而IP对目的蛋白及其结合序列的富集作用则会使reads覆盖深度提高，产生相应的...阅读... 阅 读 全 部 >

2023
01-14

ChIP测序结果图怎么用来发文章（一）

ChIP测序中关键的结果图，这些结果即体现了ChIP实验和测序的成功，可以帮助我们了解目的蛋白的结合甚至调控特征，都是撰写文章可以利用的极佳素材。说了这么多好像还是不太会用，没关系，我们结合发表的文章，让它们一较高下。1. Peak在TSS上下游的分布图这张图实际包括两部分，上部整体展示了基因转录起始位点（TSS）及上下游的input和IP的reads的覆盖深度分布，可以看出结合峰...阅读全文&... 阅 读 全 部 >

2023
01-13

果然全面：ATAC-seq分析流程综述全解

表观遗传学领域的研究是近年来生命科学领域的热点之一，高通量测序技术的进步提供了各种破译表观遗传学图谱的方法，其中包括研究染色质可及性的ATAC-seq。2013年Buenrostro J.D.等[1]发表ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing）技术，由于起始细胞数要求低（大... 阅 读 全 部 >

2023
01-13

ChIP测序报告中的图怎么用来发文章？（三）

细胞中DNA结合蛋白数目众多、功能各异，在复杂的细胞环境中，这些蛋白如何知道自己应该结合于基因组的具体位置？这就得依靠DNA序列上的某些特定标识来引导它，motif（结合基序）是DNA上的指路牌，蛋白通过motif 可识别DNA结合位点。不同的motif具有不同的特性，可被不同类型的蛋白识别，与蛋白结合的能力也不尽相同。转录因子通常通过识别motif，与基因的调控区域结合，发挥转录调控作用。mot... 阅 读 全 部 >

2023
01-13

这篇3分文章教你做可变剪接的新思路

今天和大家分享的是2020年3月发表在Frontiers in Genetics（IF：3.517)上的一篇文章，“Modulator-Dependent RBPs Changes Alternative Splicing Outcomes in Kidney Cancer”，文章中作者使用TCGA数据库中的肾透明细胞癌数据集，以MISO软件计算可变剪接事件的包含率，进一步通过构建调...阅读全文... 阅 读 全 部 >

2023
01-13

如何从ENCODE数据库中快速获取组蛋白chip-Seq的可视化数据

在我们平时的科研中，常常需要知道自己研究的基因组区段是否位于一些调控元件上，如enhancer，promoter或者特定蛋白结合位点（如TFBS）等。ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) 作为DNA调控元件百科全书整合了14,046个来自不同组织或细胞系的各类实验数据，并能通过UCSC genome browser快速可视化检索结果。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >