天跟大家分享的是2020年4月发表在Mol. Carcinog.（IF：3.411）杂志上的一篇文章Alternative splicing related genetic variants contribute to bladder cancer risk.在文章中作者作者通过CancerSplicingQTL数据库搜索了位于膀胱癌的sQTL中的SNPs。进行了一项包括580例病例和1,...阅... 阅 读 全 部 >
在周一（4月2日）的《浅谈选择压力分析》一文周老师向大家介绍了选择压力分析的由来和用途，下面就可看下如何进行选择压力分析。按照群体数量，选择压力分析的方法主要可分成两类：DNA多样性的计算（单个群体内分析）和多样性水平在不同亚群间的比较（多群体分析）。第一类方法DNA多样性的计算（单个群体内分析）。在动植物重测序领域，选择压力分析的方法大多数是在同一个物种内，进行多样性统计和比较。最基础...阅读... 阅 读 全 部 >
近日，北京博奥晶典生物技术有限公司合作中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）慈维敏教授团队和北京大学第三医院泌尿外科马潞林教授、刘承教授团队在 Genome Biology（IF: 13.583）发表了应用单细胞转录组测序揭示肾癌和癌栓肿瘤微环境差异的研究成果。本研究中10x 单细胞转录组测序由北京博奥晶典生物技术有限公司提供。【发表期刊】Genome Biology【影响因子】...阅读... 阅 读 全 部 >
前言多细胞生物是由不同类型的细胞组成开放社会，这个社会中的单个细胞间必须协调它们的行为，为此，细胞建立通讯联络是必需的。细胞通讯是指一个细胞发出的信息通过介质传递到另一个细胞产生相应的反应，通过化学信号分子进行细胞间通讯是动物和植物最普遍采用的通讯方式。配体-受体复合物介导的细胞-细胞通讯对协调发育、分化和炎症等多种生物学过程具有至关重要的作用。复杂的细胞外反应始于配体与其同源受体...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
你的非肿瘤单细胞结合普通转录组分析模板已经到位，还不赶快产出你的第一篇单细胞生信文章？Hi，大家好，我是晨曦机器学习的旅程让我们稍作停留，新的一年，我们继续聚焦在单细胞年前，我们总共介绍了十几种单细胞数据库，这些数据库可以为我们的单细胞分析提供强大而又可靠的数据支持，在单细胞数据库方面我们准备的已经足够多了，接下来我们进入下一个板块——单细胞文献阅读在这一个板块，我们将通过阅读单细胞文献来逐步丰富... 阅 读 全 部 >
作者：华大时空来自美国加州大学的冯根生团队，利用scRNA-seq绘制了从新生儿到成年的单细胞分辨率小鼠肝脏发育图谱，证明了肝细胞与内皮细胞、星状细胞和Kupffer细胞协同作用的功能成熟，以及巨噬细胞群的短暂出现。这项研究提供了一个全面的图谱，涵盖了所有的肝细胞类型，并有助于进一步剖析肝脏发育、代谢和疾病。该文章在2022年2月7日发表在Developmental Cell，...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
大家好，又和大家见面了，之前我们医学方推出了两篇帖子关于基因ID的转化，分别是借助biomaRt和clusterprofiler包，来帮助大家实现同一物种ID的转化，当然这里的物种一般指的是人类，ID呢，通常是三类：entrez gene ID, HUGO symbol, ensembl ID，关于各类ID的介绍之前的帖子里面也有介绍，这里我就不在累赘了。今天呢，我的主题是不同物种之间ID...阅... 阅 读 全 部 >
“葡萄美酒夜光杯，欲饮琵琶马上催。”葡萄自古以来就是非常重要的水果，无论是直接食用、酿酒还是制成葡萄干，都深受世界各地人们的喜爱，同时葡萄（包括晶莹剔透的葡萄美酒）也经常成为文学家、艺术家笔下描绘的对象。时至今日，人们对葡萄的青睐有增无减，于是培育出更加美味的葡萄也就成了当务之急。对于那些重要的果实性状，若能将它们在基因组上进行定位，育种工作将会事半功倍。对于自然群体的性状定位而言，GWAS（Ge... 阅 读 全 部 >
全基因组关联分析(genome wide association study, GWAS) 是利用全基因组范围内筛选出的高密度分子标记对所研究的群体进行扫描, 使用扫描得到的分子标记数据与表型性状之间进行关联分析的方法。GWAS的出现为全面、系统地研究基因组学掀开了新的一页, 在医学中已经利用该方法鉴定出大量与人类复杂疾病或数量性状相关的遗传变异, 成为研究人类基因组学的关键手段。而在植物基因组中... 阅 读 全 部 >
在Genome-wide association study（GWAS，全基因组关联研究）关联分析的时候，我们经常会看到一些非常漂亮的曼哈顿图，能对候选位点的分布和数值一目了然。请输入就用R语言中CMplot包，帮你绘制高质量的曼哈顿图。请输入1. 安装CMplot包> install.packages("CMplot")> ...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >