一、不求甚解系列软件下载及配置conda安装： conda install -c bioconda homer使用configureHomer.pl完成HOMER软件的配置# 下载配置文件wget http://homer.salk.edu/homer/configureHomer.pl# 使用配置文件进行软件配置perl configureHomer.pl -ins...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
之前我们在介绍很多转录调控相关的数据库的时候，都会提到这些数据库包含了ENCODE数据库。那么ENCODE数据库是什么样的数据库呢？ENCODE（Encyclopedia of DNA Elements, https://www.encodeproject.org/），翻译成中文就是 DNA元素百科全书，其主要目的是为了了解这个基因组当中的调控反应，主要方法还是利用高通量的测序技术来...阅读全文... 阅 读 全 部 >
比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的，共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。Mauve是一款非常简便高效的基因组比对工具，可以用它来画基因组共线性图。下面我们就来介绍一下使用方法。操作步骤安装Geneious安装Mauve插件将基因组导入选中要比对的序列选择比对全基因组默认参数，OK等待程序运行完结果出来了，紫色部位是重排区放大之后的效果，可以看到基因组位点间的线性关系再放大可看... 阅 读 全 部 >
ChIP-seq主要用来研究蛋白质和DNA的相互作用，ChIPseeker 可以用来对ChIP-seq数据进行注释与可视化，下面我们就来介绍一下如何用ChIPseeker对chip-seq数据进行可视化操作。操作步骤把所有sample_peaks文件放在工作路径下，格式为#安装程序#source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #biocL...阅读全文... 阅 读 全 部 >
ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程：ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评价（一）phantompe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程：ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评价（一）phantompe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
ATAC-Seq简介ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing） 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang试验室开发的用于研讨染色质可及性（通常也了解为染色质的敞开性）的办法， 原理是经过...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）phantompeakqualtoo...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程：ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评价（一）phantompeakqualtoo...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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