作者简介Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/R语言学习笔记之聚类分析Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了，ggpl...阅读... 阅 读 全 部 >
暑假到了，在这个火热的夏日，还有比一张美丽的文章主图更能让我们充满激情和力量吗？在这组学撑起生物信息学半边天的时代，火山图，在转录组、蛋白组、代谢组等多种组学数据中，都占有举足轻重的地位。那么，什么是火山图（Volcano Plot）。正如名称所描述，火山图的图形非常像火山喷发的形状。火山图通常用来展示差异表达的基因，常常出现在芯片、转录组、蛋白组、代谢组等组学检测技术的结果中，并且通常...阅读... 阅 读 全 部 >
如果一篇科研论文没有 bar图，那它可能就不是一篇合格的科研论文。很多同学也许会问，bar图有什么难的，我科研论文做第一张图就是bar图，so~so~easy。其实bar图也有很多种的，最大的差别，就是我们家的 bar图和别人家的bar图。为什么别人家的 bar图可以上CNS，我们家的bar图match却只能在一两分的角落里画圈圈呢。当然实验设计和内容绝对占99...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
火山今始见,突兀蒲昌东。——岑参《经火山》 大家好，我是阿琛。当我们通过分析得到基因在不同分组中的表达情况，以及显著上调或下调的差异基因时，如何将该结果进行可视化展示随之出现。在生信分析中，火山图和热图是两种最为常见的展示方法。火山图，Volcano Plot，因其形状类似喷发的火山而得名。1.R包得安装与读取首先，自然是R包的选择与安装。经过多期内容的讲解，相信大家对于R语言绘图也基本有了一个基... 阅 读 全 部 >
误差线通常用于统计或科学数据中，显示潜在的误差或相对于系列中每个数据标志的不确定程度。一般通用的误差线为标准差（平均偏差）或标准误差。今天介绍两种使用R语言添加误差线的方法，分别是大家常用的ggplot2和基于它的ggpubr。方法A首先介绍大家比较熟悉的ggplot2包第一步：包的安装和数据准备这里使用R中的范例数据集：ToothGrowth。它描述了维他命C...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1. CHIP-seqChIP-Seq技术是研究蛋白质与DNA相互作用的有力工具，利用该技术可以检测转录因子与DNA的动态调控作用，各种组蛋白修饰，染色质调控因子等，转录因子与组蛋白修饰的ChIP-Seq示意图如下：ChIP-Seq技术包括两部分：建库和测序，建库和测序的质量对于后续分析尤为关键，但是建库前ChIP实验的设计也同样重要。从实验的操作来讲ChIP主要分为两大类，一类是X...阅读全文... 阅 读 全 部 >
circRNA 如何预测其靶基因？在完成与参考基因组的比对后，我们的流程从宿主基因中进行circRNA的鉴定，并计算排名。 对于鉴定结果的宿主基因，即为circRNA的靶基因。对于具有circRNA鉴定结果，并在两组间存在显著差异结果的genelist，后续我们对其进行了富集分析。circRNA分析流程如下：circ鉴定结果展示如下：IGV示意如下...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
lncRNA如何预测其靶基因？整个流程可以用两句话总结：将IP与input进行callPeak的结果与已知lncRNA进行相交，将交集得到的lncRNA进一步查找其附近具有功能的Protein-coding基因，随后对这些基因进行功能富集分析。 如下图所示，流程图展示了如何使用RNA数据进行lncRNA的查找与其靶基因功能注释，IGV则将这个过程找到的基因进行可视化。流...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1. CircRNA背景及分析流程简介1.1. 背景简介环形RNA是一类在真核生物中广泛存在的具有特殊环状结构的非编码RNA分子。已有文献表明，在生物体内，环形RNA有着miRNA海绵、RBP海绵以及翻译短肽等多项功能，在许多生物学过程中发挥着重要作用。目前研究表明，大部分环形RNA来源于蛋白编码基因的外显子区域。在pre-mRNA剪接的过程中，除典型的内含子剪接事件外，还...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
1. 工作流程RNA免疫共沉淀（RIP）是一种用于研究蛋白质与 RNA 的体内相互作用的经典实验技术。采用特异性抗体将目的蛋白进行免疫沉淀，由此可以把目的蛋白所结合的RNA片段也富集下来。通过与高通量测序技术的结合，对 RIP 后的RNA 产物进行测序分析， 从全基因组范围内寻找目的蛋白的 RNA 结合位点，以高效率的测序手段得到高通量的数据结果。1.1. RIP ...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >