分类目录归档：科研&学习

2023
01-02

ATAC-Seq分析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）phantompeakqualtools—科研必备表观遗传学知识

ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程：ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评价（一）phantompe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
01-02

ATAC-Seq分析教程：原始数据的质控、比对和过滤—科研必备表观遗传学知识

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2023
01-02

ATAC-Seq分析教程：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同—科研必备表观遗传学知识

ATAC-Seq简介ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing） 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang试验室开发的用于研讨染色质可及性（通常也了解为染色质的敞开性）的办法， 原理是经过...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2023
01-02

ATAC-Seq分析教程：用MACS2软件call peaks—科研必备表观遗传学知识

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2023
01-01

ATAC-Seq分析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（二）ChIPQC—科研必备表观遗传学知识

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2023
01-01

ATAC-Seq分析教程：用ChIPseeker对peaks进行注释和可视化—科研必备表观遗传学知识

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2023
01-01

ATAC-Seq分析教程：用网页版工具做功能分析和motif分析—科研必备表观遗传学知识

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2023
01-01

ChIP-seq基础入门(chip-seq流程)—科研必备表观遗传学知识

理解ChIP-Seq到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等，而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下，基因的表达、调控和性状发生了可遗传变化的分子机制。也就是相同的DNA, RNA，蛋白质经过一定的修饰后会使得生物性状发生了改变。...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
2022
12-31

ATAC-Seq分析教程：重复样本的处理-IDR—科研必备表观遗传学知识

前语ATAC-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理ATAC-Seq要求有必要有2次或更多次生物学重复（非常珍贵或者稀有样本除外，但有必要做至少2次技能重复）。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性，实际情况并不完全与预期一致。怎么点评重复样本的重复性的好坏？怎么得到一致性的peaks?这一节将介绍两种办法：1. 用Bedtools进行简略的overlap合并...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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