Hi，大家好，我是晨曦最近晨曦在处理一些单细胞的数据，所以在不断的处理中，也是感觉到以前学习的一些知识或多或少有了些许的遗忘，感觉确实需要反复且用笔记录一下自己学习的痕迹，MR分析并不会就此搁浅，会穿插在单细胞中间断性更新那么本期推文的主题，我们来聊一聊单细胞基因集富集分析~那么，我们开始吧一、单细胞基因富集分析算法一个不算正式的引言：目前来说，基于基因集进行分析已经开发出来了很多成体系的R包或者... 阅 读 全 部 >
目录1. 矩阵相关性计算方法 base::cor/cor.test psych::corr.test Hmisc::rcorr 其他工具 2. 相关性矩阵转化为两两相关 3. 可视化 corrplot gplots::heatmap.2 pheatmap 1. 矩阵相关性计算方法base::cor/cor.testR基础函数cor或cor.test都可计算相关性系数，但cor可直接计算矩阵的...... 阅 读 全 部 >
关键词：测序技术、序列格式、数据质控 阅读用时：全文共6小节，约4800字，约9分钟 关键词：测序技术、序列格式、数据质控 作为一名生信老鸟，深知一入生信深似海。俗话说，不了解数据格式的程序猿不是好科研工作者，今天我们就聊聊随着高通量测序技术的发展，不同测序原理、不同测序仪的的原始下机文件格式都有哪些，走过了怎样的发展演化史？2005年454公司的 Genome Seque...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
微生物重测序是基于高通量测序数据，与近缘参考基因组进行比对，进行变异检测的方法。通过重测序可以获得目标基因组对于参考基因组的SNP、InDel、SV等一系列变异信息，从中尝试对基因组之间的性状差异进行解析，或作为标记进行大规模的进化分析。本期小编将以微生物重测序分析为例给大家介绍短序列比对软件bwa的使用。一BWA 下载安装下载https://nchc.dl.sourceforge.net/pro... 阅 读 全 部 >
BSA在遗传学、基因组学和育种中的应用摘要以前生物学分析需要基于样本群体中的所有个体开展，但是混合样本分析（Bulked sample analysis, BSA）这种通过挑选个体并进行混合分析的方法渐渐在遗传绘图方面得到了广泛运用，方式包括构建双亲本遗传群体、测序重要基因突变体或是对极端突变体进行GWAS分析等。与传统的基于整个样本群体的分析相比，BSA显著降低了测序的规模（数据量）和花...阅... 阅 读 全 部 >
技术简介BSA（Bulked Segregant Analysis），又称集群分离分析法或混合分组分析法，针对目标性状，选择表型极端差异的亲本构建家系，同时对两亲本和该家系目标性状表型极端的子代分别混合得到的两个混池进行全基因组重测序，检测到的两混池间DNA差异片段即为候选区域，并注释该区域基因，可进一步定位到目标性状相关的基因或标记。利用该方法，可以快速的对单一性状在基因组上进行定位。随...阅... 阅 读 全 部 >
原文Zou C, Wang P, Xu Y. Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop improvement[J]. Plant biotechnology journal, 2016.PerspectivesBSA既有前面讨论的一些优势，也存在一些限制。尽管BSA已经广泛应用于遗传学和基因组学研...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
SNP-index这个词，作为BSA的最常用的核心算法，给出的是BSA类项目最重要的QTL定位结果。SNP-index通过结果的可视化，可以非常直观地看出BSA定位得到的QTL在基因组上的位置。例如下图是一个典型的SNP-index的展示结果：上图中，第一行和第二行分别代表两个子代极端性状混池的SNP-index结果，第三行是两个子代池的△SNP-index的结果。通过第三行我们可以看出，QTL被... 阅 读 全 部 >
5月10日，《Plos One》杂志（最新影响因子： 3.057）在线发表了派森诺与上海交通大学合作的简化基因组+重测序项目的一篇文章。下面，小编就来分享一下该文章的内容。研究背景多趾，即趾头数目过多，是脊椎动物中常见的一种遗传性肢体异常。鸡常见趾型为四趾，多趾畸形一般为额外多一个拇趾在一边或两边脚趾。研究目的前人利用混池测序性状定位（BSA）、连锁分析和全基因组关联分析...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
来自：一口Linux一、变量的运用1. 变量命名界说变量时，变量名不加美元符号（$，PHP言语中变量需求），如：your_name= "yikoulinux"留神，变量名和等号之间不能有空格，这或许和你了解的悉数编程言语都不相同。一同，变量名的命名须遵从如下规矩：命名只能运用英文字母，数字和下划线，首个字符不能以数字开端。中心不能有空格，能够运用下划线（_）。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >