对于Hi-C互作分析而言，不同分辨率水平可以分析不同的结构特征，其中，分析A/B compartment结构需要的分辨率在100kb，分析TAD结构需要的分辨率在40kb，分析loop结构的分辨率在10kb。随着研究的深入，越来越多的研究者希望通过Hi-C技术去分析DNA loop结构。在染色体的折叠过程中，DNA loop环的形成让线性距离上相隔很远的位点有机会靠近并发生互作，这些loop的..... 阅 读 全 部 >
科研的基本研究便是基因的研究，拿到一个新基因，第一步要做的便是查阅文献、数据库，用一切方法来确定基因是否值得研究。下面我就介绍几个常用网站，以模式动物小鼠基因MMP2为例，对基因进行初步分析。一：基因基本信息1.首先通过biogps网站(http://biogps.org/#goto=welcome)看一下基因的组织表达。(1)输入基因名称，选择物种，这样就可以看到该基因在各个组织的表达...阅读... 阅 读 全 部 >
gff3格式注释文件是最常见的基因注释，（https://archive.broadinstitute.org/annotation/argo/help/gff3.html）简单来说，gff3是以tab分隔的文本文件，共有9列，对应信息如下：1、seqname The name of the sequence. Typically a chromosome or a contig. Argo ..... 阅 读 全 部 >