尽管从一群细胞中获得全基因组范围的mRNA表达量对理解生物学机制非常有用，但这种方法只能获得平均基因表达水平，有时候会掩盖，甚至误导一些有意思的生物学现象。幸运的是，随着高通量测序技术的迅速发展，我们可以获得单个细胞的转录组。与大体积（bulk）RNA测序相比，单细胞RNA测序的数据结构虽然与其相同，但也有它不一样的特征：起始RNA极其稀少、分辨率高（resolution，即存在大量的基因有0..... 阅 读 全 部 >
本篇为植物circRNA系列文献阅读第三篇，接下来几篇内容都将围绕模式植物拟南芥circRNA数据型文章报道，通读以后能够快速了解不同的circRNA数据常规分析流程。今天分享的文章题目为：Genome-Wide Identification of Circular RNAs in Arabidopsis thaliana，文章链接为 https://doi.org/10.3389/...阅读全文... 阅 读 全 部 >
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期，我们讲讲cfDNA重亚硫酸盐测序(cfDNA-RBS)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程等方面详细介绍。一、cfDNA重亚硫酸盐测序(cfDNA-RBS)技术概述在⼈类基因组中，90%以上的CpG位点是被甲基化的，CpG位点的分布有两种形式，⼀种是少量分散在基因组中，另⼀种就是集中在启动⼦周...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
我们拿到测序的数据后，首先根据barcode区分每个样本，然后进行生信分析。这里先抛个砖，简单说说生信分析,下面以细菌为例说明我们的分析结果。生物信息分析流程主要分为6大步：n 序列优化n 优化序列OTU聚类及注释n OTU分析及注释物种分析n 基于alpha多样性分析n 基于beta多样性分析n 差异分析详细流...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期，我们讲讲m5C RNA甲基化重亚硫酸盐测序测序（RNA-BS）实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程等方面详细介绍。一、m5C RNA甲基化测序（RNA-BS）技术原理m5C 是 RNA 百余种修饰中研究较多的⼀种。m5C 存在于 tRNA 上时，可以对翻译进⾏调节；存在于 rRNA 上时，可以...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
全基因组测序（Whole Genome Sequencing），简称WGS，目前默认指的是人类的全基因组测序。所谓全（Whole），指的就是把物种细胞里面完整的基因组序列从第一个DNA开始一直到最后一个DNA，完完整整地检测出来并排列好。因此这个技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。这种从头测序和组装通常应用于没有参考基因组可用或可用参考质量较差的生物体。之前未测序的基因组...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
最早接触PCR是在做科创和本科毕业论文相关实验的时候，通过扩增野生型菌株和突变体菌株的某个基因，然后通过AS-PCR方法，设置温度梯度，筛选一对能够区别S和M菌株的特异性引物。那个时候对PCR有一个大概的影响，其实在操作方面是没什么问题的。但是仔细想起来，和其他实验一样，都是一知半解，对PCR亦是如此。因此，我觉得有必要重新学习一下PCR相关的各种技术和原理。第一部分——PCR原理及各种衍生技术【... 阅 读 全 部 >
偶然听说别人做的转录组和你知道的那个mRNA测序不太一样，都是转录组，他们好像讨论的是lncRNA、miRNA、cricRNA，这么多种类的RNA数据，竟然还是测一次就都有的了，怎么办到的？这其实做的是全转录组测序。全转录组是特定细胞在某一状体下所有转录产物的集合，就包括了上述提到的编码和非编码RNA等。大家都不是小孩子了，基迪奥知道你也想全都要。在你着急送样马上想有全转录组数据之前，先来了解一下... 阅 读 全 部 >
起始材料：RNA定量逆转录PCR（quantitative reverse tranion PCR, RT-qPCR）是应用于以RNA作为起始材料的PCR实验中的一种实验方法。 在该方法中，总RNA或信使RNA（mRNA）首先通过逆转录酶转录成互补DNA（cDNA）。随后，以cDNA为模板进行qPCR反应。RT-qPCR已被用于多种分子生物学的应用中，其中包括基因表达分析、RNA干...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
好的图形展示方式能够简明扼要地表达数据，而好的配色一方面能够突出数据的重点，另一方面能够使所有的数据和谐共存。好的配色是图的二次进化，能够赋予图片“生命”。1，日常生活中使用的颜色日常生活中，我们经常提到各种颜色，例如赤橙黄绿青蓝紫，中国红，香蕉黄等，一般用来定性描述物体的颜色属性，不够精确，例如，红色，是红绿灯的红色，还是苹果的红色？所以一般不在科技论文中使用。2，RGB配色方案最常用的颜色方案... 阅 读 全 部 >