分类目录归档：科研&学习

2022
10-01

ChIP-seq和ATAC-seq基础知识（视频）

前言：后天我们的多组学文献精读会分享一篇有关 染色质可接近性的文章，考虑到大部分人可能对其中的一些概念还不了解，所以今天我们就来提前学习一下有关ChIP-seq和ATAC-seq的一些基础知识。（视频讲者：张健教授团队张月明）主要内容启动子、增强子的概念什么是基序（motif）什么是染色质可接近性什么是组蛋白修饰研...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
10-01

叙说“热图”

原理提起热图，大家可能马上就能领会：热图不就是差异表达基因在不同分组样品中的表达水平吗？一般一列表示一个样品，一行表示一个基因，其中的颜色表示的相对表达值。但说到热图与机器学习，很多人都会惊讶：一个简单的热图与高大上的机器学习能扯上什么关系？都说“越熟悉越陌生”，这话放这一点儿不假；大部分人都接触或亲手绘制过热图，但在这个“过度包装”的时代（很多软件和在线工具都实现了“一...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022
09-30

多种荧光蛋白GFP、RFP的研究及应用

荧光蛋白（fluorescent protein）属于一种可视化的报告基因编码蛋白，在一定的波长下可发出明亮荧光，它的特点有荧光稳定、容易检测、对细胞无毒害、无需底物和无物种特异性等。常见的有绿色荧光蛋白、红色荧光蛋白等。绿色荧光蛋白（GFP）简述及应用：绿色荧光蛋白（GFP）是一个由约238个氨基酸组成的具有潜力的标记物，分子量约27kDa。荧光基团能够自身催化组成生色团，通过紫外光或蓝光激..... 阅 读 全 部 >
2022
09-30

ChIP-seq应用领域、研究思路、数据挖掘、下游实验、实验关键

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP），是一种用来在体内鉴定及分析基因组内部蛋白质-DNA 相互作用的有力研究技术。在ChIP的基础上，用二代测序检测ChIP实验的DNA产物，将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DN...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
2022
09-30

小众但对科研帮助非常大的数据库--引物、结构域、功能

一：GETPrime数据库我们经常为寻找基因和特定转录本的qPCR引物所犯难，不用怕，在GETPrimer你可以得到所有基因的引物，并且考虑了SNP等情况。直接可视化设计出来基因的位置。二 InterPro分析蛋白的相关结构域信息三 ReFOLD蛋白质3D模型的细化可以被认为是蛋白质结构预测的“终末游戏”。通常需要对预测模型进行微妙的改进，将它们移动到“最后一公...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
09-30

生物极客大讲堂 | 教你如何设计gRNA

第一步 确定您想要定位的基因组区域您需要首先找到哪些外显子存在于您的靶基因的所有转录物中。要在Benchling中获取此信息，请点击右上角的“create”，然后点击“create CRISPR”。 在下一个对话框中，您可以搜索您感兴趣的基因。以下是在人类基因组（hg38）中搜索Ano6的示意图。在Advanced Settings中，您可以选择所有转录物以在基因组上应用注释。...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2022
09-30

科研小萌新，掌握这些技巧，轻松玩转各个基因！

科研的基本研究便是基因的研究，拿到一个新基因，第一步要做的便是查阅文献、数据库，用一切方法来确定基因是否值得研究。下面我就介绍几个常用网站，以模式动物小鼠基因MMP2为例，对基因进行初步分析。一：基因基本信息1.首先通过biogps网站(http://biogps.org/#goto=welcome)看一下基因的组织表达。(1)输入基因名称，选择物种，这样就可以看到该基因在各个组织的表达...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
09-30

献给初学者：手把手教你在线预测蛋白质结构（免费送 PyMOL 安装包）

蛋白质是生命活动的体现者，其结构决定着功能。由线性氨基酸组成的蛋白质需要折叠成特定的空间结构才具有相应的生理活性和生物学功能。解析蛋白质的空间结构对于认识蛋白质的功能、功能的执行、生物大分子间的相互作用，以及医学和药学的发展（如药物靶点的设计等）具有重要意义。为了更快速地了解蛋白质功能，不能只等待蛋白质的测定结果，尤其是对未知蛋白质开展研究之前，通过对蛋白质结构进行预测具有明显的优势。理论基础蛋白... 阅 读 全 部 >
2022
09-30

蛋白编码能力预测软件pfam流程

一、分析背景蛋白一般由一个或多个功能域所组成，在不同蛋白质组合中出现的不同结构域导致了自然界中蛋白质复杂的多样性。鉴定一个蛋白中的结构域有助于更深入地理解蛋白功能。Pfam是一个大型蛋白结构域家族的数据库，每个蛋白家族都由多个序列比对和HMMs（hidden Markovmodels，隐马尔可夫模型）所体现。最新版本为27.0（2013年3月，包含14831个蛋白家族）Pfam包括两个质量级别的家... 阅 读 全 部 >
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