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2023
01-27

涨知识!助力生信发文之糖基化修饰研究还可以这样做!

之前详细介绍过糖基化这一研究热点,详见: 【涨知识】生信新天地!发文神热点之糖基化修饰 我们再来回顾一下基于糖基化研究的生信文章示例。

生信发文案例解析

文献案例一:多组学数据探究高级别浆液性卵巢的肿瘤分型特征及临床预后预测

研究背景:肿瘤间的异质性是基因组、转录、翻译和翻译后分子特征的结果。为了探讨蛋白糖基化在高级别浆液性卵巢癌(HGSC)异质性中的作用,作者基于自测数据和公共数据库数据对HGSC组织进行了基因组学、转录组学、蛋白质组学和糖蛋白组学的联合分析。

研究方法:基于多组学数据生信分析,该文章探究了mRNA、蛋白质、糖位点和完整糖肽的表达特征,确定了与不同HGSC亚型相关的糖基化变化,并进一步研究了底物蛋白和糖基化酶在糖蛋白生物合成中的作用。

研究结论:这项研究揭示了糖基化在卵巢癌异质性中的潜在作用,并为基于糖蛋白表达模式的患者分层提供了理论基础,可能为精确医学和肿瘤靶向治疗提供重要线索。

重要结果展示:

基于mRNA、蛋白质、糖位点和完整糖肽的表达特征进行HGSC肿瘤分型

小编有话说:这篇基于糖基化进行肿瘤分型的纯生信的高分文章分析项不算多,能发NC贵在多组学数据联合分析(尤其是有糖蛋白组学数据),那没有糖蛋白组学数据能做糖基化生信分析吗?能呀!且看下一步文献案例如何利用转录组数据进行糖基化研究!

文献案例二:糖基转移酶基因标记检测预后不良的胰腺导管腺癌患者

研究背景:在癌变过程中,糖基化转移酶的表达水平及活性发生改变将导致肿瘤细胞表现出异常的糖基化结构,进而促进肿瘤的进展。该文章旨在确定胰腺导管腺癌(PDAC)是否可以通过糖基转移酶表达谱进行分层,以改善预后不良患者的检测。

研究方法:对PDAC异种移植瘤(PDX)进行RNA测序数据生信分析,通过糖基转移酶(GT)基因表达谱对PDAC进行肿瘤分型,并探究了特定GTs基因与患者临床特征及预后的关系。

研究结论:该研究提出了一个基于GT基因表达的糖信号,通过其可以对PDAC患者进行更好的分类,且这种糖信号可以通过预测患者的预后结果和确定对特定疗法的敏感性来指导临床决策。

重要结果展示:

小编有话说:这篇文章用到的数据是自测及公共数据库的转录组数据;研究主题是肿瘤预后及肿瘤异质性;研究思路及研究方法都是中规中矩。总之,糖基化这一研究切入点完全可以算是文章的亮点了。所以,要想文章故事讲的好,研究热点少不了!

小编补充说:为什么这两篇文章都基于糖基化探究了肿瘤异质性呢?因为近年来肿瘤异质性、肿瘤分型的研究热呀!已有研究表明 蛋白质糖基化增加了分子的异质性以及细胞群体内的功能多样性,进而增加了肿瘤的异质性。那基于糖基化对肿瘤进行肿瘤分型研究就很合适哦!

小明童鞋:想做肿瘤分型的研究,有没有更好的思路呢?

小编:有!基于糖基化研究热点,再加上我们生信团队最新打造的Bulk RNA+scRNA联合分析探究肿瘤异质性,进而对肿瘤分型,简直完美组合!详细的研究思路你值得拥有,赶紧咨询!

参考文献:

文献详解丨Bulk多组学联合单细胞转录组分析揭示了乳腺癌的代谢异质性 【涨知识】生信新天地!发文神热点之糖基化修饰 开年助力:最全最干scRNA与bulk RNA联合分析生信思路大总结

最后编辑:
作者:萌小白
一个热爱网络的青年!

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