一、根底知识1. 解密表观遗传学的三个方向与测序办法1. 探究染色质的敞开性（chromatin accessibility）ATAC-seq: Assay of Transposase Accessible Chromatin sequencingDNase-seq: DNase I hypersensitive sites sequencingFAIRE-s...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
理解ChIP-Seq到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等，而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下，基因的表达、调控和性状发生了可遗传变化的分子机制。也就是相同的DNA, RNA，蛋白质经过一定的修饰后会使得生物性状发生了改变。...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
前语ATAC-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理ATAC-Seq要求有必要有2次或更多次生物学重复（非常珍贵或者稀有样本除外，但有必要做至少2次技能重复）。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性，实际情况并不完全与预期一致。怎么点评重复样本的重复性的好坏？怎么得到一致性的peaks?这一节将介绍两种办法：1. 用Bedtools进行简略的overlap合并...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
今天要介绍一下数据挖掘，从大量已有的数据来产生新的hypothesis。正如我在ChIPseeker的文章里写的：There are increasing evidences shown that combinations of TFs are important for regulating gene expression (Perez-Pinera et al., 2013; ...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
要说ggplot2中那些使用不多但是却功能强大的图层函数，我首先想到的就是geom_rect、geom_linerange、geom_segment、geom_ploygon。这四个函数分别定义了ggplot2中的矩形图、垂直线图（线范围图）、线段图、几何多边形图。这四种图表类型独立使用的机会很少，一般都是作为图表的辅助信息，但是如果能恰到好处的使用，你会挖掘出很多新意。geom_rectgeom... 阅 读 全 部 >
关于柱形图的实用性和重要性这里就不再过多赘述，通过Excel、Origin、GraphPad Prism等常见科研绘图软件都能够比较轻松获得所需样式的柱形图。但是，在当下内卷的科研环境中，普通的柱形图和条形图显然不够看，那么如何让自己的柱形图更加出彩呢？之前为大家分享过当前一些高分期刊中常用到的变种柱形图表的绘制方法，详细可见推文：《给你的柱形图“烫个头”，跟上科研大佬们的时尚步伐！》 ...阅读... 阅 读 全 部 >
学习章节https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/r-and-bioconductor-for-everyone-an-introduction.html#introduction-to-bioconductor文章目录学习章节1. Bioconductor的一些补充小用法2. Working ...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
ChIP-seq试验普遍用于探究蛋白质与核酸的结合作用。例如最常见的，期望获得某个转录因子的功能，查看它结合到哪些基因启动子区域并调控它们的转录，以及更高级的分析识别该转录因子的motif位点等，就可通过ChIP-seq来实现。作了ChIP-seq试验，经过初步下机处理并比对参考基因组之后，获得了目标蛋白在基因组区域的结合峰位置。接下来，就需要对峰位置进行注释，获得这些峰结合在了哪...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
感谢老俊俊的大力支持。我们会每日跟新，欢迎您关注老俊俊的生信笔记。神器之 computeMatrix + 绘图介绍上期 ” Deeptools 神器之 bamCoverage” 讲到如何将 bam 文件转化为 bigwig 文件可视化每个基因的 reads 覆盖情况，此外如果想对某些特定类型的区域例如 TSS（transcription start site）、TES（transcrip...阅读... 阅 读 全 部 >
摘自生信草堂今天的文章中我给大家介绍环状RNA预测的另一款重要的软件——CIRCexplorer2. 该软件是由中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组和计算生物学研究所杨力研究组共同开发的，他们团队已经在《Cell》, 《Mol Cell》和《Genome Res》等国际顶尖杂志发表多篇环状RNA研究文章。CIRCexplorer2继承...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >