基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析
MEGA:多序列比对软件的下载与安装
ESPript：轻松绘制多序列比对结果，打造出版级Figure！
来 源：DataCharm/作 者：宁俊骐最近小编在查阅资料的时候发现一个超喜欢的可视化绘制工具- R-smplot，本来想着忙完这段时间给大家直播的时候再系统介绍，但随着对这个工具的学习，还是决定现在就推荐给大家。好了，话不多说，我们直接开始，今天推文的主要内容如下： R-smplot包简单介绍R-smplot包案例介绍R-smplot包简单介绍R-smplot包，s...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
作者：严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源。严涛老师的绘图教程还有：gganimate | 诺奖文章里面的动图绘制教程来了！！ggplot2学习笔记之图形排列 R包ggseqlogo |绘制序列分析图 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)简介ggridges包主要用来绘制山峦图。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
关于柱形图的实用性和重要性这里就不再过多赘述，通过Excel、Origin、GraphPad Prism等常见科研绘图软件都能够比较轻松获得所需样式的柱形图。但是，在当下内卷的科研环境中，普通的柱形图和条形图显然不够看，那么如何让自己的柱形图更加出彩呢？之前为大家分享过当前一些高分期刊中常用到的变种柱形图表的绘制方法，详细可见推文：《给你的柱形图“烫个头”，跟上科研大佬们的时尚步伐！》...阅读全... 阅 读 全 部 >
Thomas Lin Pedersen简直是个天才，最近patchwork动作很大，看到我都准备转投它的怀抱，把旧爱cowplot给扔了。我们知道patchwork一出来，就推出+号来拼图，最近又搞出了|和/两个操作符。让整个拼图看起来很舒服。先来画几张图：library(ggplot2)p1 <-ggplot(mtcars) +ge...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
作者简介Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/公众号：生信大讲堂上次提了下theme(),本文将专门讲解一下。凡是与数据无关的图形设置可以归为主题类，ggplot2中主题设置十分多，根本不可能讲解完，只能稍微讲点皮毛，灵活运用才是关键，本文只是总体上略作介绍。正如R语言大神Hadley Wickham..... 阅 读 全 部 >
图片美不美，关键看色彩。毫无疑问，图表的色彩搭配直接决定图表给读者的感受和印象，漂亮的图表自然会给文章增色不少。因此，学会自定义图表的配色非常重要。那么，怎么给图表选择一组漂亮的颜色呢？本文以R语言（ggplot2）作图为例，介绍3种色彩搭配（获取一组配色颜色值）的方法。1从R包中提取配色集配色的本质就是得到一组搭配十分“和谐”的颜色。R中的常见颜色的表示方式有16进制颜色码，英文代码，...阅读... 阅 读 全 部 >
Twitter是一个流行的社交网络，这里有大量的数据等着我们分析。Twitter R包是对twitter数据进行文本挖掘的好工具。 本文是关于如何使用Twitter R包获取twitter数据并将其导入R，然后对它进行一些有趣的数据分析。第一步是注册一个你的应用程序。为了能够访问Twitter数据编程，我们需要创建一个与Twitter的API交互的应用程序。注册后你将收到一个...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
小RNA中的丰度分布十分不均，少数种类小RNA的丰度占全部的比例较高，研究重点也都放在丰度较高的小RNA上，小RNA长度分布图可以有效筛选丰度较高的小RNA，我们以文献“Characterization of mouse serum exosomal small RNA content: The origins and their roles in modulating inflammato...... 阅 读 全 部 >
给直方图和线图添加误差棒 准备数据这里使用ToothGrowth 数据集。它描述了维他命C对Guinea猪牙齿的生长影响。包含了三种不同的剂量（Vitamin C (0.5, 1, and 2 mg)）和相应的两种不同使用方法（ [orange juice (OJ) or ascorbic acid (VC)]）。library(ggplot2) df <...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
导语GUIDE ╲我们平时说的小提琴图其实是箱式图与核密度图的结合，箱式图展示了分位数的位置，小提琴图则展示了任意位置的密度，小提琴图可以展示密度较高 的位置。下面我们一起来看看几种绘图R包。 小提琴图是通过使用密度曲线描述一组或多组的数值数据分布。每条曲线的宽度对应于各区域数据点的近似频率。通常密度会随附一种叠加的图表类型，如箱形图，以提供一些其他的数据信息，即矩形上下边框代表第一个和第三个四分... 阅 读 全 部 >