AnimalTFDB：动物转录因子注释和预测tool
经验分享：非编码RNA（non-coding RNA, ncRNA）简介
山东农科院、北林等开发异源多倍体亚基因拆分新算法
国际顶级期刊经过四个多月的评选，《Cell》“Best of 2017”特刊中刊登其评选结果，包括“2017年度十大最佳论文”以及“2017年度四大最佳综述”。不出意料的是这些文章涵盖癌症、免疫学、干细胞、神经科学等热门研究领域，以及很火的AI技术在生物医学领域的研究进展。但是有一篇综述的入选确实有点出乎意外，就是这篇题为“Putting p53 in Context”的文章。为什么仅...阅读全... 阅 读 全 部 >
马上2019就过完了，实验还没眉目？标书还没开始？我想起了那句名言：Deadline是第一生产力。今天师兄又给大家送温暖，送干货，讲解一个Cell大牛总结的lncRNA研究套路。据说看懂这张图，lncRNA研究易如反掌，咳咳咳师兄似乎看懂了 看是看得懂，就是没钱啊这张图是不是很厉害的样子，咳咳咳，师兄装作自己看得懂的样子给大家继续讲解（1）人家一篇review都能发Cell能在CNS上面... 阅 读 全 部 >
目前RNA修饰研究最多的是m6A甲基化，那么除了m6A，其他的修饰如m7G、m1A、m5C等也是一个研究热点。云序生物提供多种类型的RNA修饰测序，在不同领域均能找到发文契机。近期，云序客户东南大学附属中大医院章锐锋课题组和广东医科大学张晶晶课题组在BMC Genomics杂志上发表了两篇关于m7G修饰谱的文章。分别揭示了缺氧性肺动脉高压中的RNAm7G甲基化谱以及缺氧下斑马鱼脑中甲基化...阅读... 阅 读 全 部 >
数据科学家通过许多工具软件利用庞大或者混杂数据去解决回答许多复杂的难题。数据科学问题种类包括：描述性分析（deive analyses）探索性分析（exploratory analyses）推断分析（inferential analyses）预测分析（predictive analyses）因果分析（casual analyses）...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
老规矩我们先上个链接https://genome.ucsc.edu/UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz于2000年7月创立的旨在通过它迅速而且可靠地浏览任何一部分基因组，并同时获得与该部分相关的基因注释信息，包含但不限于已知基因,预测基因，表达序列标签，信使RNA，CpG岛，小鼠同源性等等此类基因组学...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
在表观多组学联合分析中，我们经常会遇到想对某个区域可视化，每当看到高分文章里漂亮的tracks图，就羡慕不已。今天小编就给大家介绍一款非常好用的python包—pyGenomeTracks，它能够满足Hi-C、ChIP-seq/ATAC-seq、RNA-seq和BS-seq等多种组学数据类型。接下来，就让我们一步步了解下如何实现的吧！pyGenomeTracks的使用方法很简单易懂，首先需要生成相... 阅 读 全 部 >
本期和大家分享糯米饭在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips，时间宝贵，直接上干货。1.明确Project：SRP119720，打开浏览器，输入：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP119720&o=acc_s%3Aa2.下载：Accession List「获得SRR_Acc_Lis...阅读全文... 阅 读 全 部 >
RNA 代表核糖核酸和 siRNA——小干扰 RNA（也称为沉默 RNA）。siRNA 是分子中的一种短 (21-23 bp) 双链 RNA 核苷酸，在细胞中发挥各种生物系统的功能。siRNA转染是“转移”，将siRNA细胞内转移到细胞中，这是一个涉及基因沉默的过程。为了成功优化 siRNA 转染，需要合适的转染试剂和转染方法来进行体外和体内RNAi 实验。这些过程因细胞类型...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
终端是一个非常强大的工具，它可能是 Unix 中最有趣的部分。在你可以使用的大量有用的命令和脚本中，有些似乎不太实用，如果不是完全没用的话。这里有一些很有趣的 Bash 命令，其中一些也很有用。让我们一起来看看。1、cal很少有人知道这一点，但任何 Unix 系统都带有内置日历。要访问它，您只需键入：linuxmi@linuxmi:~/www.linuxmi.c...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
基于RNA依赖性RNA聚合酶在宏基因组数据中分类RNA病毒RdRp-based sensitive taxonomic classification of RNA viruses for metagenomic data作者：汤旭博，商家煜，孙燕妮*（通讯作者）摘要随着第二代测序技术的进步，病毒宏基因组测序已经成为发现新型病毒的主要来源。对宏基因组数据中的读数进行生物学分类，已经成为确定样本...... 阅 读 全 部 >