R语言基础 | 一起认识Rstudio的界面！
高通量测序原始数据上传教程
【干货】小基因组数据NCBI上传流程
上一期我们介绍了Rstudio的安装：详细教程 | 手把手教你安装Rstudio部署生信环境 本期我们一起来认识下Rstudio的界面探索 RstudioRStudio是一个集成开发环境（IDE），为R语言设计，提供了编写、测试和调试R代码所需的所有工具。其界面设计旨在提高R语言开发者的效率，包含多个面板和选项卡，每个都有特定的功能。以下是对RStudio界面主要部分...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
必备软件Aspera 插件 下载网址 ： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra_sub/sub.cgi“每个过程对应的网址：NCBI注册 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/申请BioProject 网址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
本期小编将分享关于小基因组数据NCBI上传流程，那小基因组包含哪些基因组呢？小基因组主要包括线粒体、叶绿体、病毒、质粒等，由于这些基因组大小通常小于1M，因此统称为小基因组。基于高通量测序技术，对小基因组进行全基因组测序，可以得到其全基因组序列，并预测其重要的功能基因。基于全基因组序列，对于线粒体/叶绿体可以进一步研究物种分类、进化关系等；对于病毒、质粒可以则可以进一步研究致病性、...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
高通量测序时代，大量的原始测序数据都流向了NCBI的SRA数据库。尽心尽责的将文章有关的测序数据上传至公共平台发布，一方面，是对生物领域科学研究的奉献，方便数据再利用，进行新探索；另一方面，可进行数据分析重现、验证等，为课题研究的真实性提供依据。 但是，很多操作过数据上传的小伙伴们都发现，认真做好这件事可真不容易，成功拿到传说中的SRA accession number（序列检索号码）仿佛经历..... 阅 读 全 部 >
每年的1-3月份是很多老师撰写国自然本子的主要时期，但是每年这个时期都会有老师因为各种各样的原因，导致实验计划延迟而拿不到需要的实验数据，因此需要借助数据库已有的数据做数据分析为基金申请做理论支撑。另外由于很多突发的因素产生，科研人员往往无法及时开展实验工作，因此更需要借助数据库数据，这在今年的新冠肺炎疫情中体现特别明显，在疫情发生的早期，就陆续发表了多篇研究论文，分析讨论新冠肺炎病毒靶向蛋白血管... 阅 读 全 部 >
引很多老师在写文章的时候，精力通常会放在文章中的技术或者实验细节，而疏忽原始数据上传的工作。文章准备接收时，审稿人需要老师提供文章中使用数据的登录号，一般时间要求较紧，对于没接触过数据上传的老师来说，可能会成为文章接收最后的绊脚石，为此我们撰写了一份高通量测序数据上传指南，可以让老师快速掌握数据上传的技能，助力老师文章发表。目前高通量测序原始数据通常上传到NCBI的SRA(The ...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
最近很多老师的单细胞文章都纷纷开始投稿，却被文章发表前的临门一脚——GEO数据上传难住了，今天我们就来一起学习下单细胞数据上传GEO的具体操作步骤吧~跟着这份操作指南，上传从此不再犯难！· GEO数据库简介 ·GEO数据库全称Gene Expression Omnibus，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库，主要用来储存二代测序、芯片以及其...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
上期我们安装好了R语言及RTools，本期我们接着安装Rstudio。在安装Rstudio之前建议已经安装好了R语言，可参考上期内容：详细教程 | 手把手教你安装R语言及RTools 1 RStudio 简介RStudio 是一个专为 R 语言设计的集成开发环境(IDE),旨在提供一个高效、直观和功能丰富的工作空间,以帮助统计学家、数据科学家和分析师进行数据分析、编程...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1R语言简介R语言是一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图以及数据挖掘。R由新西兰奥克兰大学的统计学家罗斯·伊哈卡和罗伯特·杰特曼开发，现在由R核心小组负责开发，同时也有其他用户编写了诸多外挂的软件包。R以S语言为基础，其词法作用域语义来自Scheme。R的后台程序大多由C语言、FORTRAN语言和R自己写成。在TIOBE2022年1月对编程语言人气的排名中，R排名第12...阅读... 阅 读 全 部 >