转录调控位点预测
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短串联重复序列（short tandem repeat, STR）是核心序列为2-6个碱基的短串联重复结构。20世纪90年代初，STR基因座首次作为一种重要的遗传标记在人类亲权鉴定中被使用（Edwards et al.,1992；Edwards et al.1991）。细胞STR分型（cell line STR genotyping）D19S433、D5S818、D21...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
楔子细胞是生物学实验的重要材料，也是生物细胞学实验的基础，药物、基因功能、疾病机理等的相关研究多数需要在细胞水平进行阐释。而细胞培养，受人员操作和环境条件的影响比较大，在细胞培养中常常会遇到很多的细节问题，而每个问题都有可能导致细胞培养的失败。赛库生物不仅致力于提供高品质的细胞材料，而且我们还要帮大家把买到的细胞养好，助力大家细胞实验的顺利开展。于是我们汇总了公司细胞实验室多年来的细胞培养经验..... 阅 读 全 部 >
原创作者：Xiankun Zhao1.小鼠细胞也需要进行细胞鉴定吗？答：作为基础研究中的第二大常用细胞株模型，小鼠细胞目前也面临着错误识别、交叉污染的问题。因此，与人源细胞株一样，越来越多的SIC期刊以及资金机构都要求提供小鼠细胞鉴定报告。2.通过什么方法可以对小鼠细胞进行身份鉴定？答：与人源细胞株一样，STR分型是小鼠细胞鉴定的标准方法。小鼠特异性的...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
DNA样品质控尽管最佳的裂解和孵育条件可从FFPE样品中释放DNA，部分逆转甲醛修饰，但对于纯化后DNA的下游分析，仍有一些限制。首先，固定过程中的化学修饰可能引入不想要的序列变化，降低DNA稳定性和酶学分析的效率，让A260/A280的纯度分析变得困难。其次，由于FFPE样品中的DNA随时间而逐渐片段化，故只能分析短序列（例如在PCR应用中，应当设计产生短扩增子的引物）。此外，较短的D...阅读... 阅 读 全 部 >
FFPE（formalin fixation and paraffin embedding）样本，即福尔马林固定石蜡包埋的组织样本。它承载了众多疾病的关键信息，又可长期室温保存，所以是病理科当之无愧的“瑰宝”。在世界范围内，大约有数十亿份组织样品存储在医院或生物样本库中，其中绝大多数是FFPE样本。但是，FFPE样本也因为福尔马林的固定容易使组织中的核酸发生不同程度的降解和分子间...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
FFPE样本是医学领域常见的生物材料。此类样本已经被广泛应用于高通量测序、原位杂交、免疫组织化学等研究领域。目前，全球约有数亿FFPE组织样本,这些组织样本已经是疾病诊断和科学研究的最为宝贵的生物学资源之一。从FFPE中获得高质量核酸，是顺利推进下游实验的第一步。那么，如何从FFPE样本中获得高品质的核酸来进行下游实验呢？今天小编就来为您支招儿！01什么是FFPE样本？FFPE（For...阅读全... 阅 读 全 部 >
上期我们介绍了空间转录组冰冻组织样本的制备，那么这期就来聊一聊空间转录组FFPE样本的那些事儿。FFPE样本常用于储存临床上的病理组织，是珍贵的医学研究材料，但由于FFPE样本固定时福尔马林的使用和保存时间久等原因，导致核酸存在不同程度的降解，使得研究基因表达颇为棘手。10x Genomics经过探索推出了Visium FFPE空间基因表达解决方案，不仅突破了这个障碍，能从 FFPE 样本...阅... 阅 读 全 部 >
上期回顾：FFPE样本制备及分析（上篇）| 实验技术专题0 1样本切片石蜡样本在提取前需要进行切片处理，一般需要5-6个切片，一片镜检确定肿瘤细胞含量，其他进行后续提取处理。切片的薄厚程度对后续观察和提取会有一定影响。切片过厚不利于后续染色和组织学观察，而且组织脱蜡和蛋白酶消化困难增加；切片过薄易造成DNA的机械损伤，同时切片总面积的增加，其表面黏附的PCR抑制因子将可能...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本自诞生以来，凭借着保存时间长、可关联临床及多组学数据等诸多优点，是生物技术研究、药物发现和回顾性基因研究的宝贵资源。不过令人遗憾的是，FFPE样本目前在单细胞研究中的使用却非常少，组学检测项目也相当有限，究其原因是FFPE处理使得样本中的RNA质量下降且存在片段化，所以难以准确评估转录本的表达。为突破这一壁垒，10x Genomics 经过不断优化...阅读全文... 阅 读 全 部 >
肿瘤组织是几乎唯一一种病人愿意让医生切下来的组织，医生对这些组织进行回顾性研究，有助于阐明疾病机制，发现治疗靶标和指示预后恢复。但离体的组织容易丧失原有正常的结构和功能，一般医院没有太好的超低温冷藏条件，而使用福尔马林固定石蜡包埋处理的样本（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE）可以在常温保留很久，所以对肿瘤组织进行石蜡包埋保存就成了医院里最常用的..... 阅 读 全 部 >