ROSE 软件挖掘「超级增强子」实战与代码分享
学术分享 | 审稿人谈审稿与投稿：从2篇拒稿说起
当审稿人看到你的论文想拒稿时，他到底看到了什么？
论文：Peripheral whole blood lncRNA expression analysis in patients with eosinophilic asthma（嗜酸粒细胞哮喘患者外周血INcRNA表达分析）MRNA和INcRNA的DGE分析我们分析了外周全血的转录组。电针组与对照组之间的表达模式有显着性差异。用2倍的表达差异作为截止点，共有41份incRNA转录...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
大黄为蓼科植物掌叶大黄Rheum palmatumL.，唐古特大黄R. tanguticumMaxim. ex Balf.或药用大黄R. officinaleBaill.的干燥根及根茎，具有利湿退黄、凉血解毒、逐淤痛经、清热泻火等功效。现代研究表明，大黄酸、大黄素、大黄酚、大黄素甲醚和芦荟大黄素5种蒽醌类物质是大黄主要的药效成分，具有泻下、抗菌、抗炎、抗肿瘤、利尿、抗凝血、抗衰老、免疫调节等多种药... 阅 读 全 部 >
（图片来源：10x Genomics官方素材，侵删）Loupe Cell Browser主要用于打开10X单细胞结果文件中的.cloupe文件，导入数据后，可捕获更多数据信息。在ATAC数据的应用主要在于：用于寻找显著peaks，区分转录因子motif，识别细胞类型，比较细胞群间染色质可接近性，以及探索细胞群内的亚群。在开始学习教程之前，相信各位小伙伴们已经下载并安装...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
新一代测序技术在爆炸式发展的同时，也衍生出许多其他技术创新。RNA深度测序(RNA-Seq)就是其中之一，这项技术使我们对细胞发育及其调控机制的理解，达到了前所未有的深度和广度。尽管研究细胞RNA并不是什么新鲜事，但RNA-Seq的出现大大拓展了转录组研究的规模，取得了累累硕果，这些是传统技术难以企及的。RNA-seq可以获得相当惊人的数据量，而这恰恰是一柄双刃剑。丰富的数据量蕴含...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
lncRNA功能和机制的研究，成为了现如今科学界的“新宠”。超高的关注率，说明在这个领域能发表一篇高水准的科学论文，需要付出更多的努力和超前的思路。今天，就为大家带来Nature Genetics的一篇关于lncRNA的文章，让小编给大家一步步解释作者是如何通过整合公共数据库的结果，验证了作者的科学假设，发表了大N G。简单介绍：论文题目：Modulation of long no...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
传统的全基因组关联分析，是直接阐述DNA与外在表型间的关联。但这一方法也存在一些不足。传统GWAS的不足1难以确定具体功能突变由于连锁不平衡的作用，与特点性状关联的区域往往具有较大的宽度，从而难以确定具体功能突变。如下图[1]，氯吡格雷GWAS分析的结果咋一看是个细峰，实际放大后你会发现这个峰具有1.5Mb的宽度。峰的区域内涵盖了CYP2C18- CYP2C19-CYP2C9- CYP2...阅读... 阅 读 全 部 >
天跟大家分享的是2020年4月发表在Mol. Carcinog.（IF：3.411）杂志上的一篇文章Alternative splicing related genetic variants contribute to bladder cancer risk.在文章中作者作者通过CancerSplicingQTL数据库搜索了位于膀胱癌的sQTL中的SNPs。进行了一项包括580例病例和1,...阅... 阅 读 全 部 >
基因表达的改变是植物适应环境变化的一种机制。热是一种非生物胁迫，可以在许多方面影响植物。平均温度的微小变化会导致平均产量的降低。繁殖期间严重的热胁迫事件会导致结实率的重大变化。营养早期的热胁迫事件会导致叶片衰老和生长速率降低。植物转录组分析发现，许多基因在非生物胁迫下表现出转录物丰度的变化。热休克因子(HSF)转录因子(tf)在热胁迫下被激活，并通过与顺式作用元件的相互作用调节许多基因的表达...... 阅 读 全 部 >
毫无疑问多组学联合的实验设计对于解析生物学问题是十分有效且敏感的。相对于单组学来说，起到的是1+1>2的作用。多组学就像是一条河流，从最初的DNA（基因组）到转录水平（转录组）以及解析来进行翻译（蛋白组），以及下游对于代谢物质的研究（代谢组）。同时还有多种表观修饰发挥作用（表观组学），不同的外部微生物环境也会造成差异（微生物组）。从变异或者表达水平单方面去解析生物学问题，毫无疑问在当今...... 阅 读 全 部 >
在周一（4月2日）的《浅谈选择压力分析》一文周老师向大家介绍了选择压力分析的由来和用途，下面就可看下如何进行选择压力分析。按照群体数量，选择压力分析的方法主要可分成两类：DNA多样性的计算（单个群体内分析）和多样性水平在不同亚群间的比较（多群体分析）。第一类方法DNA多样性的计算（单个群体内分析）。在动植物重测序领域，选择压力分析的方法大多数是在同一个物种内，进行多样性统计和比较。最基础...阅读... 阅 读 全 部 >
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