ROSE 软件挖掘「超级增强子」实战与代码分享
学术分享 | 审稿人谈审稿与投稿：从2篇拒稿说起
当审稿人看到你的论文想拒稿时，他到底看到了什么？
染色质环（或染色质相互作用）是染色质结构的重要组成元素（图1）。染色质环的破坏与癌症、多指畸形等多种疾病有关。目前，ChIA-PET、HiChIP和PLAC-Seq等技术可用于检测特异性蛋白质介导的高分辨率染色质环。近年随着3D基因组研究的快速进展，ChIA-PET、HiChIP和PLAC-Seq的数据集不断积累，亟需对这些数据集进行有效的收集和处理。图1. 染色质环（Chromatin loop... 阅 读 全 部 >
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2020年03月，《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章，详细介绍了染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）的工作流程和高级应用。以下为原文总结分享：一、介绍（Introduction）染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
背景知识：哺乳动物的三维（3D）组织基因组在基因调控中起到重要作用，如增强子对靶基因具有很强的调控作用，拓扑关联域(TADs)是哺乳动物基因组组织的基本单位。Hi-C, ChIA-PET, Capture-C, Capture Hi-C, PLAC-Seq and HiChIP等染色体构象捕获技术的出现，使基因组空间组织的研究越来越得到重视。因此大量的染色体互作数据不断增加，如何高效快速的...阅... 阅 读 全 部 >
Hi-C分析很难吗？生信小白不会写脚本能自己分析吗？当然可以的，今天小编分享了安诺基因Hi–C分析百宝箱里的大宝贝-数据库WashU Epigenome Browser，今天要推荐给大家，让你轻松搞定Hi–C多组学联合分析。这是小编用过最赞的浏览器，没有之一哦，省时省力还省钱！年底将至，如果你的数据还没分析完，快来试试小编今天要推荐的这个神奇的网站吧~WashU EpiGe...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
想验证miRNA和靶基因的靶向互作？想知道转录因子与启动子的调控机制？想研究启动子的结构？想分析转录因子的转录激活……这些统统可以用双荧光素酶报告基因检测实验来实现，是不是很强大！那么如此强大的实验你了解多少呢？这么多的应用你会不会一脸懵呢？双荧光素酶报告基因到底是个啥“玩意儿”可以进行做这么多的实验？这些问题想要找到答案就跟着小远的文章往下看吧！原理简介荧光素酶（Luc...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
荧光素酶因为具有灵敏度高、检测快速、方便等特点而被广泛开发应用。萤光素酶是理想的报告基因，哺乳动物细胞中不含内源性萤光素酶，且其一转录完成立刻就生成功能性的萤光素酶。荧光素酶(Luciferase)报告系统是指以荧光素(luciferin)为底物来检测萤火虫荧光素酶活性的一种报告系统。荧光素酶可以催化luciferin氧化成oxyluciferin，在luciferin氧化的过程中...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
背景介绍荧光素酶（Luciferase）生物检测技术诞生于1990年，距今已有30多年的发展史，1993年第一个萤光素酶专利获批，1996年双萤光素酶报告基因检测系统推出，为研究者的实验提供了更加可靠的工具，成为萤光素酶技术历史上的里程碑事件。荧光素酶是生物体内催化荧光素（luciferin）或脂肪醛（firefly aldehyde）氧化发光的一类酶的总称，来自于自然界...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
确保外源基因在细胞或者动物体内，持续和高水平的表达具有广泛的应用需求及科研价值。当前递送外源基因的生物学手段，主要是运用质粒或者病毒作为媒介表达基因，而启动子是实现基因表达的基础元件。但是，经常有老师反馈，为什么基因表达不强呢？为什么细胞传代几次之后就不表达了呢？今天，小编带您盘点下，常用的组成型启动子表达效率与细胞的关系。启动子是位于结构基因上游的一段可以行使转录起始功能的序列，...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
01 启动子的基本类型启动子是基因的重要组成部分，其主要功能为调控基因表达（转录）的起始时间和表达程度。但启动子本身并不控制基因活动，而是通过与转录因子的结合来控制基因活动。根据启动子对转录水平的调控程度，将其分为弱启动子和强启动子；此外，参照转录模式，其又可被分为：（1）组成型启动子（Constitutive promoter），能够调控基因表达，使其基本恒定在一定程度上，从而使...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
在发育和分化过程中基因的表达涉及许多顺式调控DNA元件和反式作用蛋白的复杂机制的调控。调节基因转录的顺式调控DNA元件是启动子，绝缘子，增强子和沉默子。最近，一类被称为增强子RNA（eRNA）的增强子转录的ncRNA被发现，eRNA的长度为0.5-5kb，因此可以分类为lncRNA。启动子是基因近端调控DNA元件，包括基础启动子元件。 基础启动子与一般转录因子相关联，招募和定位RN...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
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