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基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析
MEGA:多序列比对软件的下载与安装
目录1. 矩阵相关性计算方法 base::cor/cor.test psych::corr.test Hmisc::rcorr 其他工具 2. 相关性矩阵转化为两两相关 3. 可视化 corrplot gplots::heatmap.2 pheatmap 1. 矩阵相关性计算方法base::cor/cor.testR基础函数cor或cor.test都可计算相关性系数，但cor可直接计算矩阵的...... 阅 读 全 部 >
关键词：测序技术、序列格式、数据质控 阅读用时：全文共6小节，约4800字，约9分钟 关键词：测序技术、序列格式、数据质控 作为一名生信老鸟，深知一入生信深似海。俗话说，不了解数据格式的程序猿不是好科研工作者，今天我们就聊聊随着高通量测序技术的发展，不同测序原理、不同测序仪的的原始下机文件格式都有哪些，走过了怎样的发展演化史？2005年454公司的 Genome Seque...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
微生物重测序是基于高通量测序数据，与近缘参考基因组进行比对，进行变异检测的方法。通过重测序可以获得目标基因组对于参考基因组的SNP、InDel、SV等一系列变异信息，从中尝试对基因组之间的性状差异进行解析，或作为标记进行大规模的进化分析。本期小编将以微生物重测序分析为例给大家介绍短序列比对软件bwa的使用。一BWA 下载安装下载https://nchc.dl.sourceforge.net/pro... 阅 读 全 部 >
21世纪是生命科学的世纪。人类基因组DNA测序计划的完成，RNA干扰技术、干细胞技术、CRISPR/Cas9基因编辑技术等一系列重大生物技术的诞生，极大推动了生命科学的发展，为保障人类健康、提高人类生活质量提供了重大技术支撑。而21世纪全球经济的迅猛发展、科研合作的深度融合，也推动了全球高质量科研产出的快速增长。今天，我们一起来了解下21世纪头20年被WOS数据库收录（SCIE论文）的全...阅读... 阅 读 全 部 >
BSA在遗传学、基因组学和育种中的应用摘要以前生物学分析需要基于样本群体中的所有个体开展，但是混合样本分析（Bulked sample analysis, BSA）这种通过挑选个体并进行混合分析的方法渐渐在遗传绘图方面得到了广泛运用，方式包括构建双亲本遗传群体、测序重要基因突变体或是对极端突变体进行GWAS分析等。与传统的基于整个样本群体的分析相比，BSA显著降低了测序的规模（数据量）和花...阅... 阅 读 全 部 >
早在1991年，一位来自法国的生物学家Michelmore首次将BSA技术应用到莴苣的霉病抗性基因位点的验证之中，他利用RFLP和RAPD两种标记对两个不同抗性的莴苣混合样本进行探究，根据不同混池样本的RFLP和RAPD凝胶电泳成像结果，最终找到了3个与霉病抗性基因紧密相关的标记[1]，这一结果标志着BSA的“诞生”，由此拉开了BSA的序幕。高通量测序技术的不断发展，推进了BSA技...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
技术简介BSA（Bulked Segregant Analysis），又称集群分离分析法或混合分组分析法，针对目标性状，选择表型极端差异的亲本构建家系，同时对两亲本和该家系目标性状表型极端的子代分别混合得到的两个混池进行全基因组重测序，检测到的两混池间DNA差异片段即为候选区域，并注释该区域基因，可进一步定位到目标性状相关的基因或标记。利用该方法，可以快速的对单一性状在基因组上进行定位。随...阅... 阅 读 全 部 >
想要做性状定位，家系群体、自然群体傻傻分不清楚？单性状、多性状无从下手？BSA、遗传图谱、GWAS不知该如何选择？不要着急，今天小编为大家带来性状定位干货分享，教大家正确选择适合自己研究的性状定位方法。►BSA性状定位（Bulk Segregate Analysis, BSA），指利用混池分组分析法，对家系群体目标性状表型极端的子代分别混合...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
原文Zou C, Wang P, Xu Y. Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop improvement[J]. Plant biotechnology journal, 2016.PerspectivesBSA既有前面讨论的一些优势，也存在一些限制。尽管BSA已经广泛应用于遗传学和基因组学研...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
SNP-index这个词，作为BSA的最常用的核心算法，给出的是BSA类项目最重要的QTL定位结果。SNP-index通过结果的可视化，可以非常直观地看出BSA定位得到的QTL在基因组上的位置。例如下图是一个典型的SNP-index的展示结果：上图中，第一行和第二行分别代表两个子代极端性状混池的SNP-index结果，第三行是两个子代池的△SNP-index的结果。通过第三行我们可以看出，QTL被... 阅 读 全 部 >