refTSS：为转录起始位点精准“定位”的数据库
文献解析 | 联合表观基因组分析揭示了人类皮质类器官中细胞类型
ROSE 软件挖掘「超级增强子」实战与代码分享
今天就跟大家聊聊有关HACER human增强子数据库的示例分析，可能很多人都不太了解，为了让大家更加了解，小编给大家总结了以下内容，希望大家根据这篇文章可以有所收获。大多数的增强子数据库利用chip_seq,DNase_seq和CAGE_seq的数据来鉴定增强子, HACER则通过GRO_seq和PRO_seq来分析增强子RNA，从而达到鉴定已经激活的增强子的目的。与其...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
这期内容当中小编将会给大家带来有关人和小鼠中的超级增强子数据库dbSUPER该怎么理解，文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述，阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。dbSUPER是超级增强子数据库的开山之作，文章发表在Nucleic Acids Research上，链接如下https://academic.oup.com/nar/article/44/D1/D164...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
增强子作为基因组上的顺式作用元件，在调控网络中发挥重要作用。随着研究的不断深入，科学家提出了超级增强子super-enhancer的概念，将基因组上富集了增强子的区域定义为超级增强子。类似于将富集CpG位点的区域定义为CpG岛，这种将富集某种元件的区域单独定义并进行研究的思想在生物学领域非常常见，体现了不同元件功能层次的多样性，由单个位点到一组位点，这种功能研究的层次性也对应了生命...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
超级增强子概念 超级增强子 (Super enhancer, SE) 是一类具有超强转录激活特性的顺式调控元件，2013年由美国学者Richard A. Young首次提出。与普通增强子 (Typical enhancer, TE) 相比，超级增强子区域跨度范围通常可达8~20Kb，远高于普通增强子...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
复杂基因组测序技术研究进展内容来自遗传, 2018, 40(11): 944-963 doi: 10.16288/j.yczz.18-255高胜寒, 禹海英, 吴双阳, 王森, 耿佳宁, 骆迎峰, 胡松年中国科学院北京基因组研究所中国科学院基因组科学与信息重点实验室, 北京 100101摘要：复杂基因组指的是无法使用常规测序和组装手段直接解析的一...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
表达谱分析中，经常会使用到相关性分析，探索一组基因间的共表达特征。例如，这些基因间的表达是否存在较强的协同性，一个基因表达值的改变是否与另一个基因表达值改变显著相关，它们之间是共激活还是抑制关系等。对于相关性分析结果的可视化，通常有多种方法，例如相关性散点图、弦图、共表达网络图。本篇教程则主要带大家了解如何基于基因表达值的相关性，绘制弦图。如下弦图来自文献“CUL4B pro...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
对于Hi-C互作分析而言，不同分辨率水平可以分析不同的结构特征，其中，分析A/B compartment结构需要的分辨率在100kb，分析TAD结构需要的分辨率在40kb，分析loop结构的分辨率在10kb。随着研究的深入，越来越多的研究者希望通过Hi-C技术去分析DNA loop结构。在染色体的折叠过程中，DNA loop环的形成让线性距离上相隔很远的位点有机会靠近并发生互作，这些loop的..... 阅 读 全 部 >
原文链接：http://tecdat.cn/?p=22945原文出处：拓端数据部落公众号动态时间规整（DTW,Dynamic time warping,动态时间归整/规整/弯曲）是一种衡量两个序列之间最佳排列的算法。线性序列数据如时间序列、音频、视频都可以用这种方法进行分析。DTW通过局部拉伸和压缩，找出两个数字序列数据的最佳匹配，同时也可以计算这些序列之间的距离。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信分析# #生信发文# #肿瘤单基因#昨天的讲座（详情见文末视频）Paper小师妹Rika已经为大家浅析了一下“数据驱动”和“假设驱动”类型文章的差异，今天咱们更进一步，仔细看看昨天提到的那篇 “药理+生信”的文章是如何将“数据驱动”的单细胞数据融入“假设驱动”的整体风格，...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
摘要：目的基于文本挖掘技术和生物医学数据库对新型冠状病毒肺炎（COVID-19 ）相关文献进行数据挖掘分析，探究COVID-19 及其主要症状发热、咳嗽、呼吸障碍相关基因靶点，筛选潜在有效的化学药和中药。方法使用GenCLiP 3 网站获取COVID-19 和其主要症状咳嗽、发热、呼吸障碍共4 个关键词的共有靶点，在METASCAPE 数据库中对其进行基因本体（GO ）和通路富集分析，再利用Str... 阅 读 全 部 >
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