2022 08-21 ggplot2学习笔记系列之利用ggplot2绘制误差棒及显著性标记 taoyan:伪码农,R语言爱好者,爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/公众号:生信大课堂绘制带有误差棒的条形图library(ggplot2)#创建数据集df <- data.frame(treatment = factor(c(1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 3)),response = c(2, 5, 4, 6, 9, 7, 3, 5... 阅 读 全 部 >
2022 08-20 ggplot2中的颜色设置,几行代码搞定! 真不想要ggplot2的默认配色,毫无美感呐~可以自己设置的呀!详细教程奉上,拿走不谢哟~ggplot2是R语言中常用的包,它具有强大的绘图功能,在生物学数据可视化过程中,有很多图都是用ggplot2画出来的。但是有时候我们并不想要ggplot2的默认配色,如何修改呢?下面我们来告诉大家,如何在ggplot2中设置自己想要的颜色!一步一步往下看好看就右下边给我一朵小花花示例数据:...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
2022 08-20 ggalluvial:冲击图展示组间变化、时间序列和复杂多属性alluvial diagram 冲击图(alluvial diagram)是流程图(flow diagram)的一种,最初开发用于代表网络结构的时间变化。实例1. neuroscience coalesced from other related disciplines to form its own field. From PLoS ONE 5(1): e8694 (2010)实例2. Science...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022 08-20 kaggle:R可视化分析金拱门餐厅食物营养性(二) 作者:邬书豪,车联网数据挖掘工程师 ,R语言中文社区专栏作者,R语言中文社区负责人之一。微信ID:wsh137552775知乎专栏:https://www.zhihu.com/people/wu-shu-hao-67/activities第一篇请戳:kaggle:R可视化分析金拱门餐厅食物营养性(一)公众号后台回复“金拱门”下载数据集。#比较不同的脂肪率(类别=牛肉和猪肉 & 鸡...阅读... 阅 读 全 部 >
2022 08-20 简单!目标基因怎么挑?这个小众分析,堪称高分文章标配!一刻钟包你学会!你一定要试试! 差异基因富集方法之Friends分析大家好,我是阿琛。今天,我们来给大家介绍一种常见的拓展生信分析方法。在常规的⽣信文章中,我们往往能够得到⼀大堆的显著差异表达基因。然而,从⾥面挑选哪⼀个基因出来进行验证常常让我们感到困扰。 通常,我们会从这些特定的蛋白功能信息出发,根据差异基因的条⽬进⾏富集分析,查找与其功能相似或相关的蛋白质,关联、比较、量化,看看是否富集在某个GOterm或者KEGG通路当中... 阅 读 全 部 >
2022 08-20 R语言学习ggplot2之颜色设置,你学会了吗? ggplot2是由Hadley Wickham创建的一个十分强大的可视化R包。在使用R作图时,如何使用ggplot2来调整图像中的颜色呢?下面跟着我们一起学习ggplot2的颜色修改函数,制作出更加绚丽多彩的图片。1简单颜色分配在ggplot2中,对于线和点的颜色调整可以直接改变colour参数,如设置colour=“red”等。而对于一些作为对象填充的颜色,如直方图中条形的颜色,...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022 08-20 新一代配色R包,还不赶快升级你的配色方案? 当我开始使用R时,像任何初学者一样,我想要一个真正能够工作的代码和一个最低限度可理解的图像,并且很长一段时间这是我的主要目标,但是一旦这一点完成后,我意识到我的可视化看起来很糟糕,特别是在比较和审查其他博客和网站之后,我开始搜索如何改进我的可视化。下面,创建一个简单且专业的图像的一些技巧,以吸引读者的注意力。01 创建可视化让我们开始一个简单的可视化,来自diamonds数据集的直方图。1.1 包... 阅 读 全 部 >
2022 08-19 如何改造你的图片,让你的单细胞测序分析图向CNS看齐? 单细胞转录组学测序是目前比较火热的组学技术,单细胞测序在很多高分文章中露脸的次数非常频繁。然而数据拿到手,分析后的可视化也是发文章时的重点内容。看到CNS或者其他高质量文章中单细胞的可视化总是一种高大上的感觉,可是自己手里的数据可视化却是与别人有很大差距。那么,接下来就随着笔者初探单细胞作图的修饰,抛弃默认出图,修饰作图,提高档次,向好的文章看齐!也让自己的数据有一个更好的呈现!为了方便演示,示例... 阅 读 全 部 >
2022 08-19 PCA、LDA、MDS、LLE、TSNE等降维算法的Python实现 整理 | 夕颜【导读】网上关于各种降维算法的资料参差不齐,但大部分不提供源代码。近日,有人在 GitHub 上整理了一些经典降维算法的 Demo(Python)集合,同时给出了参考资料的链接。PCA资料链接:https://blog.csdn.net/u013719780/article/details/78352262https://blog.csdn.net/u013719780/articl... 阅 读 全 部 >