2023
01-16
01-16
Pacbio全长转录组测序
全长转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径。传统二代转录组测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列。基于PacBio三代测序平台的转录组研究，无需打断，直接读取反转录的全长cDNA,能够有效的获取高质量的单个RNA分子的全部序列，准确辨别二代测序无法识别的同源异构体（isoform）、同源基因、超家族基因或等位基因表达的转录本。 分析内容 结...阅读全文... 阅 读 全 部 >
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refTSS：为转录起始位点精准“定位”的数据库
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文献解析 | 联合表观基因组分析揭示了人类皮质类器官中细胞类型
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ROSE 软件挖掘「超级增强子」实战与代码分享
全长转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径。传统二代转录组测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列。基于PacBio三代测序平台的转录组研究，无需打断，直接读取反转录的全长cDNA,能够有效的获取高质量的单个RNA分子的全部序列，准确辨别二代测序无法识别的同源异构体（isoform）、同源基因、超家族基因或等位基因表达的转录本。 分析内容 结...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2020年， 扬州大学和 百迈客生物公司联合开发了基于ONT平台的植物转录组测序新技术，对ONT、PacBio和Illumina转录组测序进行了详细比较和综合评估。此次给大家带来数据的超精细解读~ 摘要 在许多不同的研究领域中，使用Pacifc Biosciences（PacBio）和牛津纳米孔技术（ONT）进行第三代测序的研究数量正在迅速增加。与二代测序技术的短读长（50-500bp）... 阅... 阅 读 全 部 >
2023
01-16
01-16
干货！如何获得两套基因组的差异SNP和INDEL位点
随着测序成本的不断降低，测序通量的不断提升，基因组大数据时代已经到来。无论是拟南芥的 1001 基因组研究项目，还是 3000 株水稻基因组的公布，都让研究者们获得了大量可用的测序数据，同时，不同品系的动植物基因组也逐渐发布，如拟南芥的 col 和 Ler，水稻的 9311 和 Nipponbare，那么如何快速的比较两套不同品系的参考基因组，从而准确鉴别两者之间的差异 SNP &a...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2023
01-15
01-15
超实用！微生物重测序分析软件——bwa的使用
微生物重测序是基于高通量测序数据，与近缘参考基因组进行比对，进行变异检测的方法。通过重测序可以获得目标基因组对于参考基因组的SNP、InDel、SV等一系列变异信息，从中尝试对基因组之间的性状差异进行解析，或作为标记进行大规模的进化分析。本期小编将以微生物重测序分析为例给大家介绍短序列比对软件bwa的使用。一BWA 下载安装下载https://nchc.dl.sourceforge.net/pro... 阅 读 全 部 >
2023
01-15
01-15
【表观遗传学基础】BS技术生物信息分析流程及原理
做个铺垫上次写的表观遗传学第一弹“如何研究DNA甲基化”的推文，反馈不错，小编还是有点小欣喜的！今天，小编打算把上篇提到的DNA甲基化的BS技术单独提出来，跟大伙儿详细介绍一下基于该技术的数据分析流程及实现。读过上篇的童鞋们已经了解到，BS技术就是基于亚硫酸盐将胞嘧啶C转化成为胸腺嘧啶T并测序。 上篇推文入口 >>Lister等在2008年首次通过该技术研究拟南芥和人的全基因组甲...... 阅 读 全 部 >
2023
01-15
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工具篇 | 这个R包，让你迅速提升SCI文章的逼格！
撰写： 小高 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信分析# #生信发文#今天笔者带来的是一篇整合分析RNA-Seq和ChIP-Seq的文章。RNA-seq是用于分析不同细胞类型和状态的差异基因表达的重要工具，基因表达受到多种机制的调控，包括表观遗传学上的翻译后的组蛋白修饰，这可以通过ChIP-Seq获得。单独分析...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
01-15
01-15
一文囊括全基因组测序各步骤工具，值得收藏
作者：叶子转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台高通量测序（HTS）或者说下一代测序（NGS）技术在过去十年中彻底改变了生物医学研究。这项技术能够一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，快速生成非常大的基因组学，表观基因组学和转录组学研究数据集。全基因组测序（WGS）是下一代测序技术，用于快速，低成本地确定生物体的完整基因组序列。基因组的深度测序对于临床研究的意义重...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2023
01-15
01-15
Snakemake：简单好用的生信流程搭建工具
snakemake是什么？大多数生物信息初学者最早接触的生物信息分析流程，大多数是用脚本语言（Perl、shell、R、Python等）将生物信息流程中的各个功能写成一个个脚本，再用大脚本套小脚本的方式将整个流程打包封装。这种方式对编程能力有很高的要求，否则很容易出现流程bug、无法监控任务运行状态、无法有效查看任务日志等问题。等实验室终于出了个大牛将这些问题都解决了，可能大牛又要毕业了，新来的生... 阅 读 全 部 >
2023
01-15
01-15
还在为微生物重测序变异检测发愁？samtools帮助你！
Samtools作为一款操作序列比对结果文件（SAM/BAM）的工具，能够灵活转换sam/bam，并且能基于参考序列和Sam/bam文件进行变异位点检测，并通过bcftools进行变异结果统计。本期将基于上期bwa软件的比对结果，利用samtools进行变异检测。一、软件安装下载地址http://www.htslib.org/download/，利用wget下载得到samtools-1.5.tar... 阅 读 全 部 >
2023
01-15
01-15
三类BSA方法经典文献分享 | BSA专题（二）
一. 常规BSAQTL-seq: rapid mapping of quantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from two bulked populations（The Plant Journal）BSA（Bulk segregation analysis）进行数量性状基因定位的方法由来已久，但是..... 阅 读 全 部 >
