GPB | PIGOME：猪功能基因组多组学数据库
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生信计算100+ 数据库：涉及蛋白、代谢、GWAS、动植物、病毒、细菌...
7个常用数据库拿下肿瘤3区文章，你还犹豫什么最常用的生信分析在线数据库＋最简单的生信分析思路=2021年10月发表在Frontiers in genetics（IF：4.772）的肺腺癌生信分析文章——《 RAB11FIP1: An Indicator for Tumor Immune Microenvironment and Prognosis of Lung Adenocarcinom...阅... 阅 读 全 部 >
细胞焦亡（pyroptosis）是一种由炎症小体引发的裂解性程序性细胞死亡形式[1]，该过程由促炎性半胱氨酸蛋白酶（Caspase）-1、4、5、11的底物gasdermin D介导并伴随炎症和免疫反应[2]。研究发现细胞焦亡可以影响肿瘤的增殖、侵袭和转移[3]。因此，有报道认为诱导肿瘤细胞焦亡是一种潜在的癌症治疗策略[4]。乳腺癌（breast cancer）是目前最常见的恶性肿瘤之一，是女性癌... 阅 读 全 部 >
党参Codonopsis pilosula (Franch.) Nannf.是桔梗科多年生草本植物，以干燥根入药，主治脾肺气虚、食少倦怠、咳嗽虚喘、心悸气短、内热消渴等症[1]。在降低血压、提高免疫力、保护血管、改善微循环、增强造血功能等方面疗效显著[2-3]。党参多糖（conopsispolysaccharides，CPPs）是其发挥免疫活性的主要成分，主要由单糖及其衍生物组成，其生物合成主要由... 阅 读 全 部 >
作者：易基因总体来说，DNA甲基化一般遵循三个步骤进行数据挖掘。首先，进行整体全基因组甲基化变化的分析，包括平均甲基化水平变化、甲基化水平分布变化、降维分析、聚类分析、相关性分析等。其次，进行甲基化差异水平分析，筛选具体差异基因，包括DMC/DMR/DMG鉴定、DMC/DMR在基因组元件上的分布、DMC/DMR的TF结合分析、时序甲基化数据的分析策略、DMG的功能分析等。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
开源 Python 和命令行程序 gget 可以高效、轻松地以编程方式访问存储在各种大型公共基因组参考数据库中的信息。 gget 与可获取用户生成的测序数据的现有工具一起使用 ，以取代在基因组数据分析过程中效率低下、可能容易出错的手动网络查询。虽然 gget 模块的灵感来自于繁琐的单细胞 RNA-seq 数据分析任务），但我们预计它们可用于广泛的生物信息学任务。gget文章...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
楔子1最终目的 大家好，我是鑫仔。我们将用三期推文，讨论一个大家比较感兴趣问题：影像组学研究的最终目的是什么？构想一：我们希望构建分类器或者预测模型，能够帮助我们辅助诊断、评估疗效、预测预后； （这个时候我们建立的科学假设往往是影像组学特征可以反应xxx患者的结局信息）构想二：我们希望影像组学可以为我们提供一种易于获得、非侵入、低消费、3D的方式获得客观测量和评估的特征（定量），作为正常生物过程、... 阅 读 全 部 >
国家自然科学基金可以帮助研究型临床医生和科学家成长，在成长过程中国自然标书的申请，以及成果的转化，是一个永恒的话题。我们知道，国自然的转化成果类型包括：期刊论文、专利、会议论文、奖励、专著。那么工具病毒是如何助力老师们的国自然成果转化呢？为了便于老师们理解工具病毒的功能与应用场景，我从国自然官网上检索出了腺相关病毒[1]、慢病毒[2]、腺病毒[3]助力，国自然成果转化的期刊论文，进行简要解读...... 阅 读 全 部 >
川芎Ligusticum chuanxiong Hort.是伞形科藁本属草本植物，以干燥的根茎入药，始载于《神农本草经》， 已有1500多年的种植历史，是我国传统的大宗中药材。川芎广泛分布于我国四川彭州、什邡、眉山等地，在云南、贵州、广西、湖北、江西等省也少量引进种植。川芎性温，味辛、微苦，具有活血行气、祛风止痛的功效，其主要化学成分包含挥发油、生物碱、有机酸和多糖等，在临床上广泛地用于治疗心脏病... 阅 读 全 部 >
单细胞测序技术能够精确细分每个细胞独特的基因表达特征，深入研究细胞间的相互作用关系，在肿瘤免疫等方面成为人们越来越看重的技术，热度也是不断上涨。随着热度的增加，关于单细胞的文献数据也是爆炸性增长！大家在学习单细胞技术和写论文时，很多问题也是爆炸性增长！那么如何快速找到需要的单细胞数据？有哪些好用工具可以帮助我们完成日思夜想的论文？今天小编在这里挑选了一些好用且有特色的单细胞数据库分享给大家。1、P... 阅 读 全 部 >
大肠杆菌和金黄色葡萄球菌是引起奶牛乳腺炎的主要病原体，前者可引起强烈的免疫炎症反应而促进自愈，后者则通常缺乏炎症反应。目前对金葡菌抑制免疫反应的机制研究尚且不足。近期，浙江大学动物病理实验室谭勋老师团队在 Cells 期刊发表了题为“大肠杆菌和金葡菌差异调控 Nrf2 通路导致牛乳腺上皮细胞发生不同免疫炎症反应”的文章。研究团队采用转录组学分析后发现，大肠杆菌和金葡菌差异调控 Nrf2 ...阅读... 阅 读 全 部 >
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