Python作为胶水语言的强大之处已经不需要我过多描述了，它在机器学习领域、大型网站搭建框架等都有非常广泛的应用，比如TensorFlow的python接口，基于Python的Tornado和Django框架，国内的知乎和豆瓣、以及Youtube大部分是基于这些python的框架。当然最为重要的是它在生物信息领域的应用也较为广泛，比如基于扩增子的测序，还有一些全基因组测序等后期分析的软件很多都是基... 阅 读 全 部 >
-
Bioconductor：助力你的生物信息学研究
-
基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析
-
MEGA:多序列比对软件的下载与安装
Python作为胶水语言的强大之处已经不需要我过多描述了，它在机器学习领域、大型网站搭建框架等都有非常广泛的应用，比如TensorFlow的python接口，基于Python的Tornado和Django框架，国内的知乎和豆瓣、以及Youtube大部分是基于这些python的框架。当然最为重要的是它在生物信息领域的应用也较为广泛，比如基于扩增子的测序，还有一些全基因组测序等后期分析的软件很多都是基... 阅 读 全 部 >
2022
07-08
07-08
实习僧招聘网爬虫数据可视化
我本来对实习僧网站是没什么好感的，因为之前自己在实习僧上投的实习简历几乎全部都石沉大海了（一个文科生偏要去投数据分析岗不碰壁才怪~_~）！然鹅看到最近知乎爬虫圈儿里的两大趋势：爬美图；爬招聘网站。后来大致观察了下，几乎各类大型招聘文章都被别人爬过了，自己再去写免不了模仿之嫌，而且大神们都是用Python去爬的（Python我刚学会装包和导数据），自己也学不来。现在只能选一个还没怎么被盯上的招聘网站... 阅 读 全 部 >
2022
07-08
07-08
科研巨佬的“万水千山图”是如何绘制的？
最近，在文献中看到这样一个令人惊艳不已的组合图，如下。很明显，这个图至少是由8个小图表组合而成的，通过坐标轴粗细和图表间隔的不一致可以看出来。可见，熟练使用Ai(Adobe illustrator)也是成为科研巨佬的必备技能。(The Plant Cell, 2020)除去两侧的聚类树和条形图，组合图的中间部分其实是一种比较新颖的山峦图，也称作山脊线图(Ridgeline plots)，可以用作图... 阅 读 全 部 >
2022
07-08
07-08
R 语言的高颜值的配图法则 | 论文写作
笔者前一段时间忙于为新文章制作配图，多处搜集配图优雅美观的优质论文。最后终于找到一篇发表在 Science Advances 的文章——通过高通量测序分析揭示了小 RNA 在小鼠卵母细胞和早期胚胎中的调控作用。文章中除了复杂的 RNA Seq、Chip Seq 分析，图表的搭配十分美观。虽说我们是崇高的科（ke）学 (yan) 家 (gou)，但关乎我们毕业大计的 SCI 也得要「高颜值」。以常见... 阅 读 全 部 >
2022
07-08
07-08
技术专栏丨10大机器学习算法速览，带你开启AI之旅
转自：TalkingData原文作者：Sunil Ray译者：TalkingData 张永超原文链接：https://www.analyticsvidhya.com/blog/2017/09/common-machine-learning-algorithms/“简介”从广义上讲，机器学习算法有三种类型：监督学习该算法是由一个目标/结果变量（也成为因变量）组成，该变量可以从一组给定的预测...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
07-06
07-06
数据开发常用的几种数据预处理和数据整理方法
翻译｜谢旭审校｜张卫滨本文比较了用于数据准备的几种方法，它们分别是提取-变换-加载批处理（ETL）、流式获取和数据整理。本文还讨论了数据准备如何与可视化分析相关联，以及不同用户角色（如数据科学家或业务分析人员）应如何共同构建分析模型的最佳实践。要点在常见的机器学习/深度学习项目里，数据准备占去整个分析管道的60％到80％。市场上有...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
07-05
07-05
hisat2比对率批量统计的方法
grep 'Overall alignment rate: ' *.log |sed 's/Overall alignment rate: //'|sed 's/.log://'可以重定向阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
07-04
07-04
linux中文件名带？号的解决方案
windows中写了一个shell脚本批量mv改名，导致文件名结尾出现？ls -b 显现原形rename方法失败循环+mv方法可用代码如下：for i in *.log?;doi=${i%.log?}echo $imv ${i}.log? ${i}.logdone成功！阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
07-03
07-03
实用帖-手把手教你如何上传GEO数据库
还在为不知如何上传GEO数据库而发愁吗？还在为不愿意看繁琐的英文帮助而不知所措吗？一篇帖子教你如何上传GEO数据库，建议收藏，再也不用愁“书到用时方恨少”了。1、创建账号如果要上传GEO数据库，首先要创建NCBI帐号， 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/登录成功后，回到GEO的主页，点击 Submissi...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
07-03
07-03
如何0编程操作FASTA和FASTQ
现在搞科研，动不动就要接触高通量测序，想要来篇高分文章，没有高通量感觉都不太好意思，所以如果你还不知道什么是FASTQ和FASTA，那就太OUT了，其实他们在我们用的最多的PUBmed里随处可见：FASTQ是基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式。其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示。FASTQ格式中，每个序列通常有四行：第一行，序列标识以及相关的描述信息... 阅 读 全 部 >