2022
07-09
07-09
16S从实验到数据分析最全流程
本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
-
Bioconductor：助力你的生物信息学研究
-
基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析
-
MEGA:多序列比对软件的下载与安装
本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
07-09
07-09
长链非编码RNA研究进展周刊（15期）
您的小可爱上线啦！“长链非编码RNA研究进展周刊”的专题连载如期更新，小编今日为大家更新第15期lncRNA研究进展周刊，走过路过不容错过！公告通知非编码RNA（ncRNA）是一组缺乏蛋白编码的内源RNA，分为小RNA和长链非编码RNA（lncRNA）。之前的研究多关注蛋白编码基因，对ncRNA功能知之甚少，甚至称其为转录“噪音”。然而，近年来的研究发现，ncRNA在多个生物学过程中起着...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
07-09
07-09
笔记｜基因组与比较基因组学学习整理（3）
2022
07-09
07-09
StringTie中文帮助文档
参考链接：https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input参数简介StringTie的基本用法： stringtie <aligned_reads.bam> [options]*其中，aligned_reads.bam 是输入文件，该输入文件要求必须按其基因组位置排序，如TopHat...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2022
07-09
07-09
快速识别异常值，你可能需要箱线图分析
当你在做数据总结分析，或者科研调查分析，甚至季度年度总结汇报，需要查看数据的分布情况以及是否有异常情况来形成结论辅助进一步分析时，那么哪种图表能够清晰直观地展现出这一信息呢？答案只有一个，那就是...箱线图！什么是箱线图箱线图，又名为盒须图，盒式图，通常用于展示一组数据的分布情况，因为主题形状像一个箱子，所以得名箱线图。它主要用于反映原始数据分布的特征，还可以进行多组数据...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022
07-09
07-09
历时三年，苏宁如何建设多数据中心多活的实践项目？
作者 | 陈跃泉、涂成义、马忠成策划 | 蔡芳芳随着苏宁线下线上业务以及全产业、全业态规模式快速增长，特别是每年苏宁 818 大促、双 11 等大促节点，销售订单基本都呈现倍数级增长态势，需要进行大量资源扩容，单个数据中心的容量有限，已经无法支撑苏宁业务的快速发展。同时，单数据中心在高可用上存在不足，一旦数据中心发生故障，会导致业务受损，用户访问中断，带来严重的影响。针对以上问题，苏...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2022
07-09
07-09
多机房多活架构，究竟怎么玩？
前情提要：《 当年，我们是怎么平滑上云的？ 》一文中提到了上云的背景，将所有的系统，从一个机房，迁移到另一个机房。 如上图：迁移之前，系统部署在机房A（M6）内，是单机房架构。迁移之后，系统部署在机房B（阿里云）内，换了一个机房。《当年，我们是怎么平滑上云的？ 》有三结论：（1）单机房架构的核心是“全连接”；（2）机房迁移方案的设计目标是：平滑迁移，不停服务；可以分批迁移；随时可以回滚；（3）想要... 阅 读 全 部 >
2022
07-08
07-08
dplyr包-行选择的方法
《R包学习》专栏·第3篇 文| R学习者2352字 | 6分钟阅读这是dplyr包系列第三篇文章。前两篇文章如下：前两篇文章是从 数据列的角度做选择和变换处理。这篇文章是从 数据行的角度，描写行选择的一系列操作与方法。数据的行，可以看作为 观察、样例、对象等。 数据的行选择，主要包括如下内容：1 基于比较运算的行选择2 基于字符匹配的行选择3 基于正则模式的行选择4 基于多条件的行选择5 跨越多列... 阅 读 全 部 >
2022
07-08
07-08
R语言颜色综合运用与色彩方案共享
转自：EasyCharts今天这篇主要讲解R语言颜色综合运用，主要跟大家介绍如何提取那些专业色彩包中的颜色搭配用于在基础绘图系统和高级绘图系统中共享。其实无论是R语言的预设配色系统、自定义颜色表还是哪些专属配色包，我们所使用（或者R语言识别的）的仅仅就是一组字符向量所代表的色值而已，并不神秘。通过scales中的色彩获取函数，我们可以将专属配色主题（RColorBrewer、ggthemes）中的... 阅 读 全 部 >
2022
07-08
07-08
组间基因表达值-蜂群图的绘制（R教程）
在文献中，我们经常能够看到这样的散点图。例如，通过RNA-seq或qPCR比较特定基因在不同分组样本中的整体表达水平。文献中的蜂群图与其称它们为散点图，其实它们是有独自名字的—蜂群图。当然原则上它们仍属于散点图的范畴，因为它仍将单个样本直接显示为点。但其特别之处在于，蜂群图采用了一种逻辑，以确保所绘制的点彼此靠近且不会重叠，并能有效呈现出点分布的局部密度信息，直观而不失优雅。...阅读全文>... 阅 读 全 部 >