在我们平时的科研中，常常需要知道自己研究的基因组区段是否位于一些调控元件上，如enhancer，promoter或者特定蛋白结合位点（如TFBS）等。ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) 作为DNA调控元件百科全书整合了14,046个来自不同组织或细胞系的各类实验数据，并能通过UCSC genome browser快速可视化检索结果。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
人类基因组计划（Human Genome Project，HGP）的完成标志着科学家们已将人类的一个完整的遗传密码握在手中。而与这些密码相关的其他内容同时也在静静地参与导演着生命的全过程。于是，一场更加盛大的探究基因组中功能元件的活动拉开了帷幕， DNA 元件百科全书（the Encyclopedia of DNA Element，ENCODE）计划应运而生。ENCODE 项目的目标是建立人类..... 阅 读 全 部 >
之前我们在介绍很多转录调控相关的数据库的时候，都会提到这些数据库包含了ENCODE数据库。那么ENCODE数据库是什么样的数据库呢？ENCODE（Encyclopedia of DNA Elements, https://www.encodeproject.org/），翻译成中文就是 DNA元素百科全书，其主要目的是为了了解这个基因组当中的调控反应，主要方法还是利用高通量的测序技术来...阅读全文... 阅 读 全 部 >
二十一世纪之初，在多国科学家的共同努力下，人类基因组草图被成功绘制。但让人们大吃一惊的是在人类基因组中能够编码蛋白质的基因只占整个人类基因组的不到2%，其余超过98%的人类基因组是做什么的还不清楚，有科学家把这些DNA叫做“垃圾DNA”，或基因组里的“暗物质”。为了解析这些所谓“垃圾DNA”的结构和功能，在2003年由美国人类基因组研究所(NHGRI)和欧洲生物信息研究所(EMBL)牵头，开展了E... 阅 读 全 部 >