2022
11-19
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Histone-Chip
1. Histone-Chip组蛋白(Histone)是什么？组蛋白是真核生物体细胞染色质与原核细胞中的碱性蛋白质，和DNA共同组成核小体结构。它们是染色质的主要蛋白质组分，作为DNA缠绕的线轴，并在基因调控中发挥作用。组蛋白存在五个主要的组蛋白家族：H1/H5、H2A、H2B、H3和H4。 组蛋白H2A，H2B，H3和H4被称为核心织蛋白（Core Histone）。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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掌握这些技巧，让细胞听你指挥
1. Histone-Chip组蛋白(Histone)是什么？组蛋白是真核生物体细胞染色质与原核细胞中的碱性蛋白质，和DNA共同组成核小体结构。它们是染色质的主要蛋白质组分，作为DNA缠绕的线轴，并在基因调控中发挥作用。组蛋白存在五个主要的组蛋白家族：H1/H5、H2A、H2B、H3和H4。 组蛋白H2A，H2B，H3和H4被称为核心织蛋白（Core Histone）。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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motif结果能给到我们些什么信息？
1. 背景简介1.1. 什么是motif？Motif是一段典型的序列或者一个结构。一般来说，我们称为基序。一般情况下是指构成任何一种特征序列的基本结构。通俗来讲，即是有特征的短序列，一般认为它是拥有生物学功能的保守序列，可能包含特异性的结合位点，或者是涉及某一个特定生物学过程的有共性的序列区段。比如蛋白质的序列特异性结合位点，如核酸酶和转录因子。1.2. 研究motif的意义序列基序在基因调控..... 阅 读 全 部 >
2022
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Call Peak 流程简介
对于ChIP-seq实验，我们从比对文件中观察到的是链的不对称性，其中+/-链上的读取密度位于结合位点的中心。所选片段的5'末端将在正链和负链上形成基团。然后使用统计方法评估这些组的分布，并与背景（输入或模拟IP样本）进行比较，以确定富集位点是否可能是真实的结合位点。MACS2MACS2，一个基于模型分析的，常用于ChIP-seq识别转录因子结合位点的工具。 MACS算...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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Chip-seq分析流程
流程的一些关键点分析：我们的Peak是如何找出来的？Callpeak的流程（MACS2) 1. 质控 (quality control)首先要看一下ChIP-seq数据的质量，数据的信号最好比background要强很很多。一般要有control，这样call peaks更准确可信， control主要有Input DNA 和 IgG两种，前一种更常用。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
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什么是lncRNA？长链非编码RNA概述
长链非编码RNA（lncRNA）是一类长度大于200nt的非编码RNA，其在转录沉默、转录激活、染色体修饰、核内运输等均具有重要的功能。一、lncRNA的简介不同的lncRNA参与多种生物学进程RNA是以一条DNA链为模板，以碱基互补配对原则转录形成的单链。RNA分为mRNA、miRNA、tRNA、rRNA、ncRNA等。非编码RNA包含短链非编码RNA和长链非编码RNA。起初，lncRN...阅... 阅 读 全 部 >
2022
11-18
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dplyr包-列变换的方法
《R包学习》专栏·第2篇 文| R学习者3412字 | 9分钟阅读这是dplyr包系列第二篇文章。第一篇文章《dplyr包-列选择的方法 》总结了如何使用dplyr包有效地选择感兴趣的列。本文会总结列变换的方法，以实现按着需求对列做合理处理，例如：衍生新的列，列的离散化，列的拆分与合并等。列的变换操作，会介绍如下内容：增加一列增加多列列的离散化操作...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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如何绘制Science文章的“花式”河流图？
堆叠图简直是万能大法有没有！在各类微生物群落及目前大热的单细胞组学研究的文章中，堆叠图可以说是不可或缺的。我们先一起欣赏下高分文章中的那些好看的柱状堆叠图：Fig1（ Nat Biotechnol ，2021） Fig2（ Nature Cancer ，2021） 这一类图表将不同分组/样本中所有分类数据进行堆叠，并以百分比堆叠柱状图或者常规堆叠柱状图的形式进行展现，从而直观看出各个分类数据在不同... 阅 读 全 部 >
2022
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三分钟教你做出使用TCGA数据发表文章中的图表
TCGA是目前最大的癌症基因信息数据库，通过TCGA不仅可以验证你的实验结果，还可以寻找新的研究方向，围绕TCGA已经有很多重量级文章出现，对它的使用愈发重要。目前使用的方法有两种，一是利用一些在线工具进行检索和查询，例如cBioPortal（http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp）。二是下载肿瘤的三级数据，自行进行分析。在使用这...... 阅 读 全 部 >
2022
11-18
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这个小清新统计可视化工具太赞了~~
来 源：DataCharm/作 者：宁俊骐最近小编在查阅资料的时候发现一个超喜欢的可视化绘制工具- R-smplot，本来想着忙完这段时间给大家直播的时候再系统介绍，但随着对这个工具的学习，还是决定现在就推荐给大家。好了，话不多说，我们直接开始，今天推文的主要内容如下： R-smplot包简单介绍R-smplot包案例介绍R-smplot包简单介绍R-smplot包，s...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
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R语言可视化学习笔记之ggridges包绘制山峦图
作者：严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源。严涛老师的绘图教程还有：gganimate | 诺奖文章里面的动图绘制教程来了！！ggplot2学习笔记之图形排列 R包ggseqlogo |绘制序列分析图 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)简介ggridges包主要用来绘制山峦图。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
