GPB | PIGOME：猪功能基因组多组学数据库
OMIM数据库使用指南
生信计算100+ 数据库：涉及蛋白、代谢、GWAS、动植物、病毒、细菌...
伴随测序成本的降低、测序技术的快速发展，基因数据的获取不再是难题，面对海量基因数据，解读环节成高原地带，基因解读需求激增，而真正实现解读环节的人力解放，数据库整合是基础！经过长期的实践和积累，整合了一些权威和专业的数据解读库，分享给大家。❂ HGMD(The Human Gene Mutation Database, HGMD®)功能：（1）简单、快速确认实验得到的某种...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
细胞器基因组研究相对于微生物基因组来说，要相对容易的多，因为细胞器基因组不大（高等植物叶绿体基因组大小基本在130~160kb左右，动物线粒体基因组基本都在20kb以内），拷贝数高，GC含量与基因组有较大差别（针对大部分物种），所以在高通量测序技术应用非常普通的今天，细胞器基因组很容易从total DNA测序数据中拼接分离出来。而且，细胞器基因组的基因构成相对很稳定，所以细胞器基因组研究的初步工作... 阅 读 全 部 >
基因Panel 常称之为“基因包”，也可以称之为“基因组合”，商业化的市场习惯称之为“基因套餐”。就 基因Panel 本身来说，其实并没有指明所检测的基因数目应该是多少。几个基因可以是一个 Panel，几十个基因也可以是一个 Panel，几百成千上万个基因也可以是一个 Panel。就 Panel大小来说，不仅需要看检测基因的数目，还需要看基因所覆盖的区域大小。经过近百年的努力直至近年来...阅读全... 阅 读 全 部 >
今天，小编将为大家介绍一个无需代码，并且免费使用的TCGA子数据库——cBioportal网站。毋庸置疑，这是一个科研汪们集万千宠爱的网站。首先，我们进入网站了解一下。官网网址为http://www.cbioportal.org/。进入官网后，主页分为以下三个区域，左侧的为选择研究的区域(按器官对各肿瘤分类)，中间是下载研究数据的区域，右侧区域是对各研究数据的一个总结及该癌种的临床信息。...阅读... 阅 读 全 部 >
前言随着测序技术的发展，一些大规模的癌症基因组项目，例如癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas ,TCGA）和国际癌症基因组联盟（International Cancer Genome Consortium ,ICGC）收集了大量多维度的癌症基因组数据，同时这也给癌症基因组数据的整合、研究和分析带来了更大的挑战。因此，今天给大家介绍一款比较经典且好用的综合性数...阅读全文... 阅 读 全 部 >
TCGA生信挖掘必备数据库合集小伙伴们大家好，肿瘤相关的生信文章绝大多数离不开TCGA数据库（ https://portal.gdc.cancer.gov/）。但新手小白们可能对这个网站中的数据无从下手，或者仅仅知道寥寥几个相关网站还没能探索到相关的神奇功能。那么，我就来为大家总结一下TCGA生信挖掘必备的数据库合集吧！ 最权威的网站资源1.cBioPortal（http://www.cbiopo... 阅 读 全 部 >
数据集为“2012年TCGA发表的乳腺癌的研究”；分析类型，确定数据分析类型，以突变数据、拷贝数数据和表达数据为例；检索的基因，以“ERBB2”为例。点击Submit后会得到如下结果。OncoPrint页面显示的是检索的基因在所有样本中的突变、拷贝数、表达情况，如ERBB2在463个乳腺癌样本中发生变化的样本数目是89个，其中图中一个小竖条代表一个样本。把鼠标放到某个样本上可以显示更多信息，点击其... 阅 读 全 部 >
基因序列是大多数生物医学研究僧经常碰到的一种的数据。不同于长达几kb的序列，在一些情况下，我们需要在文中展现局部的，比如仅有10-20bp，序列突变情况，这就构成了一个seqlogo。那seqlogo是啥？长啥样，请看下图：在openi网站，输入关键词sequence logo，就可以发现有非常多的seqlogo，这些图都来自于已经发表的SCI论文（是不是又给大家透露了一个科研神器）。简单来说，s... 阅 读 全 部 >
DNA在染色体上是高度折叠的，DNA与DNA片段之间不可避免的形成了高强度的交互作用。最先提出的3C（Chromosome Conformation Capture）技术，用于测定染色体特定位点之间的交互作用。之后发展出了4C、5C 技术, 分别用于测定染色体上一点到多点和多点与多点之间的交互作用。在2009年Job Dekker 又开发出了Hi-C 技术实现了全基因组范围内的染色体片段间的相互作... 阅 读 全 部 >
2018年5月8日，中国农业科学院棉花研究所所长李付广研究员、武汉大学朱玉贤院士及中棉所杜雄明研究员与北京百迈客生物科技有限公司合作的亚洲棉基因组文章发表在NatureGenetics上，该研究是以全新的亚洲棉基因组为基础，进行遗传进化和全基因组关联分析，对亚洲棉的品质、产量和抗病性等重要性状进行了研究。以下是对该文章的详细解读。1.摘要亚洲棉（Gossypium arboreum）和草棉（...... 阅 读 全 部 >
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