作者：James D. Miller;翻译：王雨桐;校对：万文菁本文约5300字，建议阅读10+分钟。本文将介绍数据清洗过程的主要步骤，并通过案例和代码演示如何利用R语言进行数据清洗。R是进行运算、清洗、汇总及生成概率统计等数据处理的一个绝佳选择。此外，由于它独立于平台、短期内不会消失，所以生成的程序可以在任何地方运行。并且，它具备非常棒的辅助资源。本文摘录自James D.Miller撰写...... 阅 读 全 部 >
第五天 R语言对象的操作总结R语言主要分析的对象是数据集，R语言数据集主要是向量、矩阵、数据框、列表、数组等，我们主要介绍前4种。前面2文已经进行了4种对象的介绍，现在本文将4种对象的程序方法进行进一步总结和凝练。一、is和as系列函数is 和as系列函数涉及不同类型数据和对象的鉴定和转换。我们经常在R语言编程过程中需要了解某一种数据的类型，也可能进行转换方便计算，所以诸位要熟悉他...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点，轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。之前，在基迪奥生物的微信公众号分享过32个常用的生信在线工具，广受欢迎，这里再补充16个。基因结构绘制1.Exon-Intron Graphic Maker工具链接：http://www.wormweb.org/exonintronRNA二级结构2.Mfold工具链接：h...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
Ensembl（ensembl.org）网站是常用的物种参考基因组来源之一，网站提供的biomart工具可以对物种的基因进行功能注释，以及跨数据库注释。以下介绍使用的操作步骤：1.打开http://asia.ensembl.org/biomart/martview网址然后使用下拉框-CHOOSE DATABASE- 选择数据库，对应基因进行注释我们选则Ensem...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
大家好，我是Leopard。大家在处理生物信息数据，比如RNA-seq数据、芯片数据，或者从TCGA数据库下载的数据时，都会遇到各种各样的ID！这些ID就像是我们每个人的身份证，用于对基因进行标识。由于ID来自于不同的数据库，或者说命名的意图不同，所以对于同一个基因，总是有多个不同的ID，最常见的比如entrze ID、ensembl ID、HGNC ID、refseq ID等。Entrze ID... 阅 读 全 部 >
Linux 中经常看到利用 crontab 留后门，从接触的样本看多利用方式多是:① 是直接利用 crontab 命令；② 直接修改/etc/crontab。不论是样本，还是博客对其它方式讨论较少。本文主要讨论：① 计划任务有哪些类别；② 直接修改数据文件方式创建计划任务及其中的关键点；li...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
一、Crontab查看编辑重启1、查看crontab定时执行任务列表crontab -l2、编辑crontab定时执行任务crontab -e3、删除crontab定时任务crontab -r4、相关命令：sudo service crond start #启动服务sudo service crond ...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
纵观近十年发表的转录组学文章，转录组应用的研究领域越来越广泛，数据的挖掘要求越来越高，实验设计方案涉及的样本数目日趋增多，这就对转录组数据的生物信息分析方法有更多更高的需求。今天跟大家分享的WGCNA（Weighted Gene Co-Expression Network Analysis），就是适合进行复杂转录组数据分析的工具。首先，我们了解一下WGCNA的概念WGCNA其译...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
大家好，我是蟀小伙儿，单基因文章想必大家都不陌生，近年来，单基因的文章层出不穷，内容也是五花八门，今天蟀小伙儿就和大家一起研究一篇发表在Oncoimmunology上的经典单基因文献，这篇文章内容非常丰富，但整体难度不是很大，希望能给想做单基因项目的小伙伴提供一些灵感～ 一、背景①口腔鳞状细胞癌（OSCC）是头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）最常见的亚型，其转移和复发率高，且对传统化疗耐药。 ②CD8... 阅 读 全 部 >
各位医学方的朋友，大家好，我是Flyman，今天给大家分享一篇WGCNA的文章，WGCNA不可否认在样本数目较多的情况下，应用越来越多，特别是基于WGCNA进行biomarker筛选，这篇文章是17年发表在Experimental Eye Research（（IF：3.152）杂志上。今天，我们主要从数据集的搜集与前处理、网络构建、模块识别、功能富集以及hub基因挑选5个方面来解读这篇文章。0..... 阅 读 全 部 >