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2022
05-10

GO富集分析不求人

Cytoscape是一个优秀的生物软件平台，可以完成很多的生物学分析，我们可以使用cytoscape中的bingo插件，完成模式物种的GO富集分析。首先，打开cytoscape，安装bingo插件运行bingo输入保存名称输入差异基因输入检验方式与阈值输入要聚类的条目选择物种保存运行，得到富集结果可以看到，颜色越深，代表越显著，圆圈越大，代表富集到的基因越多颜色表示的数值可以将网络图导出...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
05-10

用ChIPseeker对ChIP-seq数据进行可视化，图表直观颜值高

ChIP-seq主要用来研究蛋白质和DNA的相互作用，ChIPseeker 可以用来对ChIP-seq数据进行注释与可视化，下面我们就来介绍一下如何用ChIPseeker对chip-seq数据进行可视化操作。操作步骤把所有sample_peaks文件放在工作路径下，格式为#安装程序#source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #biocL...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2022
05-10

想用Linux做生信数据分析，不会安装怎么办？

Linux系统是生物信息分析中需要用到的系统，我们可以在服务器上或者个人电脑上安装Linux系统，从而使用生物信息软件进行生物信息数据分析，下面我们一步步的开始进行Linux系统的安装。安装步骤：准备一个U盘，电脑插上U盘，打开UltraISO软件，文件---打开，选择你下载好的CentOS-6.5-x86_64-bin-DVD1文件，点启动光盘--写入硬盘镜像，在硬盘驱动器里面选择你的...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
05-09

分析代谢组数据，大名鼎鼎的xcms来了！

xcms是基于R语言设计的程序包(R package)，可以用分析代谢组数据等。下面我们就来介绍一下使用方法。操作步骤示例数据是fatty acid amide hydrolase (FAAH) 基因敲除鼠的脊柱LC-MS，六个基因敲除个体，六个野生型，使用的是centroid mode ，正离子模式，200-600 m/z ，2500-4500 seconds。source("htt...阅读全... 阅 读 全 部 >
2022
05-08

想知道转录组测得怎么样？快来RSeQC一下

RSeQC是一个RNA-Seq质控工具，提供了一系列有用的小工具能够评估高通量测序。其中一些基本模块：检查序列质量、核酸组分偏性、PCR偏性、GC含量偏性，还有RNA-seq特异性模块：评估测序饱和度、映射读数分布、覆盖均匀性、链特异性、转录水平RNA完整性等。下面我们就来介绍一下RSeQC的使用方法：#安装RSeQCtar zxf /opt/biosoft/RSeQC-2.6.4.tar.gz.... 阅 读 全 部 >
2022
05-08

关于Linux进程状态相关知识学习整理

主要介绍Linux进程相关知识 及部分命令参考1.概述Linux是一个多用户、多任务的系统，能同时运行多个程序，从而产生多个进程。Linux进程中，进程和线程没有什么区别。Linux中的进程是一个数据结构，如下：struct task_struct { // 进程状态 long state; // 虚拟内存结构体 struct mm_struct *mm; // 进程...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
05-07

关于Linux进程你所需要知道的一切

在这篇指南中，我们会逐步对进程做基本的了解，然后简要看看如何用特定命令管理 Linux 进程。进程(process)是指正在执行的程序;是程序正在运行的一个实例。它由程序指令，和从文件、其它程序中读取的数据或系统用户的输入组成。进程的类型在 Linux 中主要有两种类型的进程：前台进程(也称为交互式进程) - 这些进程由终端会话初始化和控制。换句话说，需要有一个连接到...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
05-06

如何使用NIST数据库检索代谢物？

NIST数据库提供谱库检索，图谱解析，同位素计算等多种功能，对质谱检索及解析很有帮助，是非常好用的代谢物检索工具。下面我们就来介绍一下使用方法：操作步骤进入网站，选择检索方式，可以是化学式，化合物名称等等。http://webbook.nist.gov/chemistry/填入信息进行检索选择需要的化合物进行查看选择相应的信息进行查看结果包括化学式，分子量，化学结构，还可以下载2D和3D的结构进行... 阅 读 全 部 >
2022
05-05

没有服务器想快速查看高通量比对数据？Tablet可以帮你

高通量序列比对文件一般可以使用服务器查看，但是如果没有服务器，我们该如何查看呢？这时，就该Tablet软件出场了！操作步骤我们首先下载安装好Tablet软件首先，我们准备好高通量序列比对的结果文件，可以是以下格式。BAMSAMACEAFGMAQSOAPAligner这里，我们以BAM文件为例，首先，点击open这里，我们准备好BAM文件和基因组注释GTF文件打开后，可以看到CONTIG界面，我们可... 阅 读 全 部 >
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