提到代谢组学峰比对，不得不提到一款老牌的比对软件，它就是MZmine2。它发表于2010年，前身是MZmine，发表于2006年，可谓是十分经典的一款代谢组学峰比对软件。MZmine 2的功能有很多，它是一款基于JAVA开发的开源软件，可以用于处理代谢组学profile数据，并且具有可视化和很多的分析功能。MZmine 2的一部分功能基于R，所以首先需要安装R环境，并且安装一些依赖包：instal... 阅 读 全 部 >
在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天就来介绍一下如何使用在线分析工具DAVID与KOBAS的进行KEGG通路富集分析。操作步骤进入DAVIDhttps://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp上传基因列表选择物种开始分析选择转换选择格式，按照ENTREZ_GENE_ID转... 阅 读 全 部 >
对高通量测序数据进行比对，就是将测序得到的reads定位到基因组序列上，对illumina或454得到的short reads比对的软件主要有Bowtie BWA HISAT Tophat。SAM格式，是序列比对文件的格式。分为头部区和主体区，都以tab分列。@HD VN:1.0 SO:unsorted头部区第一行，VN是格式版本，SO是比对的类型，有unknown,unsorted,q...阅读... 阅 读 全 部 >
透过期刊论文被引用的次数（Time Cited），可以反映这篇论文对之后研究的影响程度。一般而言，引用次数愈高者，表示有愈多人参考引用这篇文章，其影响也就愈深远。除了观察引用次数的高低、计算引用次数的平均值 (Average Citation) 之外，还可以利用 h-index 得知某一作者或系所整体论文发表的质与量喔。J.E. Hirsch 于 2005 年提出统计指标 ...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
首先我们百度百科一下，什么是H-index：h-index ，又称为h指数或h因子（h-factor），是一种评价学术成就的新方法。h代表“高引用次数”（high citations），一名科研人员的h指数是指他至多有h篇论文分别被引用了至少h次。h指数能够比较准确地反映一个人的学术成就。一个人的h指数越高，则表明他的论文影响力越大。例如，某人的h指数是20，这表示他已发表的论文中，每篇被引用了至... 阅 读 全 部 >
新一代测序技术的发展使测序成本大为降低，测序数据也呈现爆炸式的增长。其中，转录组数据RNA-seq最受研究人员欢迎。通过分析感兴趣的器官/组织/细胞中的基因表达模式，研究人员可以更好地了解基因在不同发育时期、不同环境或是处理条件下表达水平的变化，从而进一步分析基因功能。处理大型RNA-seq数据集的工具eFP‐Seq Browser实现了用户友好的基因表达分析和可视化。说起可视化工具，大家最熟悉的... 阅 读 全 部 >
编译 |生信宝典，May校对 |生信宝典生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础 、 高颜值在线绘图和分析 、转录组分析 （ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程 ）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医...阅读... 阅 读 全 部 >
在这篇指南中，我们会逐步对进程做基本的了解，然后简要看看如何用特定命令管理Linux进程。进程process是指正在执行的程序；是程序正在运行的一个实例。它由程序指令，和从文件、其它程序中读取的数据或系统用户的输入组成。进程的类型在Linux中主要有两种类型的进程：前台进程（也称为交互式进程）–这些进程由终端会话初始化和控制。换句话说，需要有一个连接到系统中的用...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
前言Linux中的一些小技巧可以大大提高你的工作效率，本文就细数那些提高效率或者简单却有效的linux技巧。命令编辑及光标移动这里有很多快捷键可以帮我们修正自己的命令。接下来使用光标二字代替光标的位置。删除从开头到光标处的命令文本ctrl + u，例如：$ cd/proc/tty; ls-al光标如果此时使用ctrl + u快捷键，那么该条命令都会被清除，而不需要长按backspace键。删除从.... 阅 读 全 部 >
在我们的工作生活中，不管是程序员还是非程序员，都会遇到一个需求，那就是对一堆文件进行重命名。在 Windows 下有很多优秀的软件可以帮助我们完成这个需求，而在 Linux 环境下，我们可以简单敲一些代码就可以完成这个需求。本文将介绍三种最基本的文件重命名方法，因为比较基础，所以老司机可以到此为止。rename 命令顾名思义，rename 命令就是用来进行重命名文件名的。rename 命令有非常强... 阅 读 全 部 >