ChromImpute是一款用于大规模系统表观基因组分析的软件。在大规模的系统表观组学分析中，缺失值的存在是不可避免的，为了尽可能的减小缺失值对结果的影响，这个时候我们就需要一款这样的软件，可以基于大量的数据集进行训练，从而对缺失值进行科学的插补，达到即使存在缺失值也不对最终的结果形成影响的效果。上图是经ChromImpute处理的数据，可以看到，蓝色部分是真实的观察值，红色部分是插值后的结果，经... 阅 读 全 部 >
GO分析相信是所有小伙伴都需要用到的，那么，我们如何使用R中的GOplot包绘制一张完美的GO富集分析图呢？首先，我们打开R，用以下命令进行 G O p l o t 包的安装install.packages('GOplot')#安装GOplot包安装完后，我们将R包及分析好的GO数据导入library(GOplot)#导入R包data(EC) #导入数据head(EC$david)#...阅读全文... 阅 读 全 部 >
Cytoscape是一个优秀的生物软件平台，可以完成很多的生物学分析，我们可以使用cytoscape中的bingo插件，完成模式物种的GO富集分析。首先，打开cytoscape，安装bingo插件运行bingo输入保存名称输入差异基因输入检验方式与阈值输入要聚类的条目选择物种保存运行，得到富集结果可以看到，颜色越深，代表越显著，圆圈越大，代表富集到的基因越多颜色表示的数值可以将网络图导出...阅读... 阅 读 全 部 >
ChIP-seq主要用来研究蛋白质和DNA的相互作用，ChIPseeker 可以用来对ChIP-seq数据进行注释与可视化，下面我们就来介绍一下如何用ChIPseeker对chip-seq数据进行可视化操作。操作步骤把所有sample_peaks文件放在工作路径下，格式为#安装程序#source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #biocL...阅读全文... 阅 读 全 部 >
Linux系统是生物信息分析中需要用到的系统，我们可以在服务器上或者个人电脑上安装Linux系统，从而使用生物信息软件进行生物信息数据分析，下面我们一步步的开始进行Linux系统的安装。安装步骤：准备一个U盘，电脑插上U盘，打开UltraISO软件，文件---打开，选择你下载好的CentOS-6.5-x86_64-bin-DVD1文件，点启动光盘--写入硬盘镜像，在硬盘驱动器里面选择你的...阅读... 阅 读 全 部 >
今天分享的是使用CAMERA对代谢物加和峰进行注释。下面我们就来介绍一下具体方法。操作步骤#载入R包library(CAMERA)#单个样品file <- system.file('mzdata/MM14.mzdata', package = "CAMERA") xs <- xcmsSet(file,method="centWave",ppm=30,peakw...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
xcms是基于R语言设计的程序包(R package)，可以用分析代谢组数据等。下面我们就来介绍一下使用方法。操作步骤示例数据是fatty acid amide hydrolase (FAAH) 基因敲除鼠的脊柱LC-MS，六个基因敲除个体，六个野生型，使用的是centroid mode ，正离子模式，200-600 m/z ，2500-4500 seconds。source("htt...阅读全... 阅 读 全 部 >
RSeQC是一个RNA-Seq质控工具，提供了一系列有用的小工具能够评估高通量测序。其中一些基本模块：检查序列质量、核酸组分偏性、PCR偏性、GC含量偏性，还有RNA-seq特异性模块：评估测序饱和度、映射读数分布、覆盖均匀性、链特异性、转录水平RNA完整性等。下面我们就来介绍一下RSeQC的使用方法：#安装RSeQCtar zxf /opt/biosoft/RSeQC-2.6.4.tar.gz.... 阅 读 全 部 >
主要介绍Linux进程相关知识 及部分命令参考1.概述Linux是一个多用户、多任务的系统，能同时运行多个程序，从而产生多个进程。Linux进程中，进程和线程没有什么区别。Linux中的进程是一个数据结构，如下：struct task_struct { // 进程状态 long state; // 虚拟内存结构体 struct mm_struct *mm; // 进程...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
在这篇指南中，我们会逐步对进程做基本的了解，然后简要看看如何用特定命令管理 Linux 进程。进程(process)是指正在执行的程序;是程序正在运行的一个实例。它由程序指令，和从文件、其它程序中读取的数据或系统用户的输入组成。进程的类型在 Linux 中主要有两种类型的进程：前台进程(也称为交互式进程) - 这些进程由终端会话初始化和控制。换句话说，需要有一个连接到...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >