癌症是一种复杂疾病，与多个基因的突变相关，包括表观遗传变异、染色体易位、基因缺失和拷贝数变异。非编码RNA(non-coding RNA，ncRNA) 是一种具有基因组的编码域但大部分都没有翻译成蛋白质的新兴转录本，在各种细胞的生理功能中，ncRNAs扮演关键角色，特别是长非编码RNA(long non-coding RNA，lncRNA)，在染色质动力学、基因表达、细胞生长和分...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
根据前文表观遗传学研究你知道多少？——ATAC-seq可知，开放染色质的研究，对于寻找转录前调控核心因子至关重要。本次小编重点给大家介绍几种利用现有测序技术快速获取开放染色质区域的全部信息。1、最直接的开放染色质区域检测技术——DNase-seq技术2008年面市的DNase-seq技术是比较早出现的，基于二代测序平台的开放染色质区研究技术。该技术使用核酸内切酶DNase I。...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
在做完16S、18S或ITS等微生物多样性研究后，我们常常还会想进一步了解微生物群落的功能。通常情况下，会采用宏基因组、宏转录组或宏代谢组等方法深入分析，但相对于扩增子测序，宏基因组等测序手段的价格还是相对较高，因此需要从已测完的样本中再挑选合适的样本进行宏基因组测序。那么，这个时候就遇到一个问题——我们该如何挑选样本呢？图1.16s+宏基因组关联分析思路1.What——什么是microPITA在... 阅 读 全 部 >
Life is just a series of trying to make up your mind生活只是由一系列下决心的努力所构成下定决心去做一件让你改变的事的开始是一件很痛苦的事情（至少我有这种感觉），其实人长大积累了各种各样的习惯，也是这些习惯构成了你现在的生活，让你抛弃一种习惯去学习新的习惯（即使这个习惯会使你成为更好的自己）就犹如蛇蜕皮迎新生，旧的习惯就像...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
首先放一张测序示意图，在DNA片段两端所加的序列即接头序列，也就是我们今天要讲述的主角。测序示意图1 基本概念1.1 adapter接头，为一段已知的短核苷酸序列，用于链接未知的目标测序片段1.2 index或barcode几个碱基组成的寡核苷酸链，用于在混合测序时，区分不同样本1.3 insert待测序的目标序...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
刚接触高通量测序的同学，可能会接触到barcode index等名词。为什么要有barcodes ？原因很简单，一个lane有效数据30来G我们并常常不可能拿一个样品测那么大数据量，尤其是RNA-seq，哈哈，所以在建库的时候，对每一个样品接头上加上不同的标签序列，然后用于测序，在测序结果中，依据之前标签与样品的对应关系，就可以获得对应样品的数据，从而...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
在做生物信息的过程中，经常需要进行各种文件格式。每一种生物软件都有固定的文件格式要求。因此，需要非常每一种数据的文件格式，从某种意义上来说，生物信息分析的过程就是进行各种文件格式的转换过程。例如当前很多分析都可以概括为从fastq到bam，从bam到vcf的过程。fasta文件格式FASTA文件主要用于存储生物的序列文件，例如基因组，基因的核酸序列以及氨基酸等，是最常见的生物序列格...阅读全文&... 阅 读 全 部 >