近年来，ATAC-seq技术成为研究基因表观组学的新利器，在Cell、Nature等顶级期刊发表了多篇高分文章。这些研究主要通过ATAC-seq来研究表观遗传学调控，包括信号通路、细胞发育、疾病发生等，同时结合motif分析来识别哪些转录因子参与基因表达调控。表1 ATAC-seq发表的部分高分文章什么是ATAC-seq？染色质开放区：真核生物染色体是由DNA分子包裹组蛋白形成的核小体结构通过一系... 阅 读 全 部 >
ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing，中文可理解为结合高通量测序技术的靶向开放染色质的研究方法。这个方法是2013年由斯坦福大学的William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室共同开发的用于研究染色质可及性/开放性的方法。目前，通过A... 阅 读 全 部 >
尽管从一群细胞中获得全基因组范围的mRNA表达量对理解生物学机制非常有用，但这种方法只能获得平均基因表达水平，有时候会掩盖，甚至误导一些有意思的生物学现象。幸运的是，随着高通量测序技术的迅速发展，我们可以获得单个细胞的转录组。与大体积（bulk）RNA测序相比，单细胞RNA测序的数据结构虽然与其相同，但也有它不一样的特征：起始RNA极其稀少、分辨率高（resolution，即存在大量的基因有...... 阅 读 全 部 >
2014年，单细胞测序被列为《Nature Methods》年度最重要的方法学进展。通常说的单细胞测序，是指单细胞的mRNA测序。随着单细胞RNA测序技术日渐成熟，可预计将来会有越来越多的单细胞测序应用于科研和临床。细心的读者可能发现，转录时空已经推送了很多单细胞测序领域的文章。针对火热的单细胞测序，我们将对单细胞测序的特点、实验设计、分析方法将一一进行介绍，分享给大家。1-RNA测序特点...阅... 阅 读 全 部 >
转录组项目有很多老师反馈自己的RNA-Seq样本提取完整性差、提取量不足，下机数据质量差，分析结果不理想等问题，影响自己的课题进度。目前有针对分析条件的优化，但“RNA-Seq千里之行，始于样本”，保证RNA提取的完整性与总量，是RNA-Seq的第一步，也是很重要的一步！从源头分析，您的样本准备做好了吗？由于RNA样本的特殊性：1）结构的特殊性，（相比于DNA）极易降解；2）RNA酶非...阅读全... 阅 读 全 部 >
癌症是一种复杂疾病，与多个基因的突变相关，包括表观遗传变异、染色体易位、基因缺失和拷贝数变异。非编码RNA(non-coding RNA，ncRNA) 是一种具有基因组的编码域但大部分都没有翻译成蛋白质的新兴转录本，在各种细胞的生理功能中，ncRNAs扮演关键角色，特别是长非编码RNA(long non-coding RNA，lncRNA)，在染色质动力学、基因表达、细胞生长和分...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
根据前文表观遗传学研究你知道多少？——ATAC-seq可知，开放染色质的研究，对于寻找转录前调控核心因子至关重要。本次小编重点给大家介绍几种利用现有测序技术快速获取开放染色质区域的全部信息。1、最直接的开放染色质区域检测技术——DNase-seq技术2008年面市的DNase-seq技术是比较早出现的，基于二代测序平台的开放染色质区研究技术。该技术使用核酸内切酶DNase I。...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
在做完16S、18S或ITS等微生物多样性研究后，我们常常还会想进一步了解微生物群落的功能。通常情况下，会采用宏基因组、宏转录组或宏代谢组等方法深入分析，但相对于扩增子测序，宏基因组等测序手段的价格还是相对较高，因此需要从已测完的样本中再挑选合适的样本进行宏基因组测序。那么，这个时候就遇到一个问题——我们该如何挑选样本呢？图1.16s+宏基因组关联分析思路1.What——什么是microPITA在... 阅 读 全 部 >
Life is just a series of trying to make up your mind生活只是由一系列下决心的努力所构成下定决心去做一件让你改变的事的开始是一件很痛苦的事情（至少我有这种感觉），其实人长大积累了各种各样的习惯，也是这些习惯构成了你现在的生活，让你抛弃一种习惯去学习新的习惯（即使这个习惯会使你成为更好的自己）就犹如蛇蜕皮迎新生，旧的习惯就像...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
首先放一张测序示意图，在DNA片段两端所加的序列即接头序列，也就是我们今天要讲述的主角。测序示意图1 基本概念1.1 adapter接头，为一段已知的短核苷酸序列，用于链接未知的目标测序片段1.2 index或barcode几个碱基组成的寡核苷酸链，用于在混合测序时，区分不同样本1.3 insert待测序的目标序...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >