前言简化基因组测序技术应用方向之群体分析群体遗传学是研究群体的遗传结构及其变化规律的学科，其研究对象是自然群体，一般是某一物种不同的群体（如不同品种、不同地域等作划分），早期的研究方法主要是使用SSR标记或某个基因（如COI）。高通量测序技术的飞速发展促进了群体遗传学的研究，目前主流的方法是基于简化基因组测序从全基因组范围开发大量SNP标记，进而开展群体遗传进化、系统发育、种质资源...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
前期的推文中我们介绍了一种基于末端标签序列研究染色质交互作用的方法（ChIA-PET），本期中，我们再介绍一种应用更加广泛的染色质三维结构信息捕获方法——Hi-C.一、Hi-C技术的发展一提到Hi-C，我们不得不先说下它的老祖宗，3C，即Chromosome Conformation Capture。2002年，Job Dekker团队在《Science》发文，首次报道了利用Nuc...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
整理自：https://github.com/LangilleLab/microbiome_helper/wiki/Metagenomics-standard-operating-procedure-v2分析流程使用FastQC软件对原始数据进行质量检测，其结果包括reads各位置的碱基质量值分布、碱基的总体质量值分布、reads各个位置上碱基分布比例、GC含量分布、reads各个...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
文章信息文章：An atlas of the aging lung mapped by single cell transcriptomics and deep tissue proteomics期刊：Nature Communications组学技术：scRNA-seq、mass spectrometry-based proteomics、bulk RNA-seq材料：scRNA-s...阅读全... 阅 读 全 部 >
载请：解螺旋·临床医生科研成长平台高通量测序，或称下一代测序（Next Generation Sequencing，NGS）方法在研究中的运用已经很广泛了，它能产生非常丰富的信息量，有助于探索几乎所有性状、疾病的遗传学特征，已经对许多疾病的研究都做出了贡献。但放下研究者的满腔热血，还是要冷静地想，这种方法并不是没有偏倚，不恰当的设计仍然会带来错误的结论。要避免偏倚则要从研究设计阶段就做好控制，..... 阅 读 全 部 >
近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体，而大量复杂的微生物群体存在培养困难，构成复杂（包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物）。因此如何用高通量精准的了解这些群体的构成，基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况成为首要问题。高通量测序技术的发展，让我们可以不经过培养，一次性了解微生物群落构成甚至基因代谢组成。随着技术的进步，检测方法也逐渐丰富，对应的分析...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
软件及参考基因组BWA, Samtools, Hisat2, HTseq, gffcompare, Stringtie, Ballgown，RB73-V3, B73-V4(Enzampl database)流程protocol首先从原始RAN-seq数据入手，先经过质控fastqc，之后检测rRNA占比，去除杂的reads之后进行数据处理；使用HISAT2将读段匹配到参考基因组上,可提...阅读全... 阅 读 全 部 >
宏基因组（Metagenome）和宏转录组（Metatranscriptome）是通过鸟枪法测序技术（Shotgun sequencing），结合全微生物组关联分析（Microbiome-Wide Association Studies，MWAS）的策略，分别从DNA/RNA水平，全面精细地展示整个微生物群落的物种组成谱、功能代谢谱、表达谱，进而从原理上阐明微生物群落在生态系统中发挥...阅读全文... 阅 读 全 部 >
案例在手，思路不愁！今天继续为大家分享几篇微生物组+代谢组多组学应用在肠道样本中的文献案例。案例1：原名：Microbiome-metabolome reveals the contribution of gut-kidney axis on kidney disease译名：微生物-代谢组学揭示了肠道-肾轴对肾脏疾病的贡献期刊：Journal of Translational M...阅读全文&... 阅 读 全 部 >