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2021
08-22

生物信息分析入门全攻略

生物信息学是生命科学研究的重大前沿领域，未来将占据生命科学研究的半壁江山。已经有越来越多的小伙伴投入到生物信息的学习中，但是入门难、深入慢、摸不到方向等都成为持续学习的拦路虎。本文根据生物信息技术大牛成长经历和华大人才培养经验总结入门攻略，带领小伙伴们全面破解生物信息学习难题。谁可以来学什么是生物信息学？现在已有的定义都非常宽泛，例如这个：“生物信息学利用应用数学、信息学和计算机科...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2021
08-20

多快好省的宏基因组研究技巧——资深专家分享

近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体，而大量复杂的微生物群体存在培养困难，构成复杂（包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物）。因此如何用高通量精准的了解这些群体的构成，基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况成为首要问题。高通量测序技术的发展，让我们可以不经过培养，一次性了解微生物群落构成甚至基因代谢组成。随着技术的进步，检测方法也逐渐丰富，对应的分析...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2021
08-17

【干货分享】宏组学最新最潮分析方法大盘点

宏基因组（Metagenome）和宏转录组（Metatranscriptome）是通过鸟枪法测序技术（Shotgun sequencing），结合全微生物组关联分析（Microbiome-Wide Association Studies，MWAS）的策略，分别从DNA/RNA水平，全面精细地展示整个微生物群落的物种组成谱、功能代谢谱、表达谱，进而从原理上阐明微生物群落在生态系统中发挥...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2021
08-15

研究思路|微生物组+代谢组多组学应用案例解读

案例在手，思路不愁！今天继续为大家分享几篇微生物组+代谢组多组学应用在肠道样本中的文献案例。案例1：原名：Microbiome-metabolome reveals the contribution of gut-kidney axis on kidney disease译名：微生物-代谢组学揭示了肠道-肾轴对肾脏疾病的贡献期刊：Journal of Translational M...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2021
08-14

宏基因组分析——基因预测篇

在前两期的推送稿中，我们为大家介绍了宏基因组组装的基本原理和操作。基于组装序列，我们可以实现基因预测、物种注释、功能注释等相关分析，从而研究微生物菌群结构、菌属功能及作用机制。因此，本期我们将从基因预测的原理和操作两个部分出发，为大家介绍基于组装序列的基因预测。1基因预测原理宏基因组基因预测一般包括同源预测和从头预测。同源预测是通过与基因的同源序列比对，从而获得与已知基因序列最大匹配，其预测依赖于... 阅 读 全 部 >
2021
08-13

什么是基因组Survey？为什么要做基因组Survey？

为什么要做调研图基因组测序现在已经成为生物学研究的一个重要手段，基因组的杂合度和重复序列对后续基因组组装有很大的影响。高杂合的基因组往往无法合并姊妹染色体，导致组装的结果偏大，而重复序列在组装中会被折叠，使组装中出现缺口、错误，导致组装的结果偏小。不同的生物体的基因组之间杂合率和重复序列含量差异巨大，因此在进行基因组测序前往往需要对基因组的特征进行调研，以确定测序方案，周期等。目前常用的调研手段有... 阅 读 全 部 >
2021
08-13

干货分享|四张图教你看懂基因组Survey分析

为了深入探究物种进化、基因表达调控等生物学问题，组装一个高质量的参考基因组显得尤为重要。在进行基因组组装前，通常会借助Survey分析初步了解基因组的特征。那么，一张不起眼的Survey图究竟暗藏着怎样的玄机呢？下面，小编将与大家一起来揭秘！如何进行Survey分析？提到基因组Survey分析就不得不提K-mer评估，这是目前最常用的基因组Survey方法。所谓K-mer，是指从一...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2021
08-12

k-mer 如何影响宏基因组组装 ？

宏基因组组装有两种常见策略，一种是基于序列overlap关系进行拼接，代表软件有Omega；另一种就是基于de Bruijn图进行组装。基于序列overlap策略组装所要求的序列长度都比较长，因此这种策略更有利于跨越短重复序列，降低宏基因组中复杂的重复序列因素带来的干扰，参见上一篇文章《为什么宏基因组组装比一般的组装困难?》。由于现阶段的主流测序方法是二代短片段测序，序列短而且数目庞大，如果利用o... 阅 读 全 部 >
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