不知各位小伙伴是否有过这样的体验：拿到一份新鲜出炉的转录组测序结果，热火朝天地查找文献、挖掘信息，最终确定了目标基因，正准备设计引物进行qPCR验证时，却发现怎么都找不到基因的序列。于是便有了以下这段对话：由于篇幅有限，这次我们先来学习一下如何在Ensembl数据库查找目标基因序列。话不多说，让我们开始吧！在Ensembl数据库查找目标基因序列利用Ensembl数据库查找目标序列较...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
今天我们要讲的主题是RNA的甲基化修饰。是的，不是DNA不是蛋白，也不是前面我们介绍过的microRNA、lncRNA与甲基化（（策略篇）甲基化：一个与lncRNA剪不断理还乱的主题，（文章篇）S3E15: 组蛋白甲基化修饰在lncRNA水平调控中的作用），就是RNA水平的甲基化修饰。1. 什么是RNA甲基化修饰？我们知道DNA的甲基化修饰是发生在胞嘧啶（C）上的，而最常见的RNA的甲基...阅读... 阅 读 全 部 >
标记基因筛选（差异分析）与可视化类似普通RNA-seq，10X ScRNA-seq也会进行差异分析。但两者的分析目标通常不同，所以策略上也有所不同，具体请见下表。1分析目标与策略10X ScRNA-seq在细胞分为若干亚群后，一般需要对细胞亚群进行鉴定。亚群鉴定则依赖于标记基因。例如，如果是血液样本，高表达CD79A的亚群为B细胞；高表达CD3D和CD8A的亚群为T细胞。因此，...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
10X genomics ScRNA-seq数据的分析，属于群体单细胞数据分析的范畴。分析大体可以分为以下四个步骤（图1）。除了数据质控与过滤属于二代测序通用的步骤外，后续的三个步骤是群体单细胞转录组分析特有的内容，我们下文来一一解析。图1 基础分析步骤细胞过滤10X ScRNA-seq数据可以每个样本获得数千个单细胞的转录组信息。但并非每个单细胞的数据都是合格的，因此需要设立标准进行过...阅读... 阅 读 全 部 >
如果大家想要了解测序原理，参考文章（ 测序产生了那么多数据，你知道测序的原理吗？ ）； 如果大家想要了解测序数据格式，参考文章（）本文介绍RNA-seq的具体分析流程。1、cutadapt去接头我们拿到的测序数据一般是带有接头的fastq格式文件，需要用cutadapt把接头去掉。具体代码如下：#cut NAT sample#-u 20(正值u表示切除R1的前20个碱基) -u -30（负值u表示... 阅 读 全 部 >
近年来，ATAC-seq技术成为研究基因表观组学的新利器，在Cell、Nature等顶级期刊发表了多篇高分文章。这些研究主要通过ATAC-seq来研究表观遗传学调控，包括信号通路、细胞发育、疾病发生等，同时结合motif分析来识别哪些转录因子参与基因表达调控。表1 ATAC-seq发表的部分高分文章什么是ATAC-seq？染色质开放区：真核生物染色体是由DNA分子包裹组蛋白形成的核小体结构通过一系... 阅 读 全 部 >
ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing，中文可理解为结合高通量测序技术的靶向开放染色质的研究方法。这个方法是2013年由斯坦福大学的William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室共同开发的用于研究染色质可及性/开放性的方法。目前，通过A... 阅 读 全 部 >
尽管从一群细胞中获得全基因组范围的mRNA表达量对理解生物学机制非常有用，但这种方法只能获得平均基因表达水平，有时候会掩盖，甚至误导一些有意思的生物学现象。幸运的是，随着高通量测序技术的迅速发展，我们可以获得单个细胞的转录组。与大体积（bulk）RNA测序相比，单细胞RNA测序的数据结构虽然与其相同，但也有它不一样的特征：起始RNA极其稀少、分辨率高（resolution，即存在大量的基因有...... 阅 读 全 部 >
2014年，单细胞测序被列为《Nature Methods》年度最重要的方法学进展。通常说的单细胞测序，是指单细胞的mRNA测序。随着单细胞RNA测序技术日渐成熟，可预计将来会有越来越多的单细胞测序应用于科研和临床。细心的读者可能发现，转录时空已经推送了很多单细胞测序领域的文章。针对火热的单细胞测序，我们将对单细胞测序的特点、实验设计、分析方法将一一进行介绍，分享给大家。1-RNA测序特点...阅... 阅 读 全 部 >
转录组项目有很多老师反馈自己的RNA-Seq样本提取完整性差、提取量不足，下机数据质量差，分析结果不理想等问题，影响自己的课题进度。目前有针对分析条件的优化，但“RNA-Seq千里之行，始于样本”，保证RNA提取的完整性与总量，是RNA-Seq的第一步，也是很重要的一步！从源头分析，您的样本准备做好了吗？由于RNA样本的特殊性：1）结构的特殊性，（相比于DNA）极易降解；2）RNA酶非...阅读全... 阅 读 全 部 >