GO介绍GO是Gene ontology的缩写，GO数据库分别从功能、参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行标准化描述，即对基因产物进行注释，通过GO富集分析可以了解差异基因富集在哪些生物学功能、途径或者细胞定位，是高通量测序数据解读中比较常用的一种数据分析方法。下面跟着小编一起来来学习如何用excel画GO 功能分类图吧~一.图片结构说明观察上图，发现横坐标有分子类和父类，其次是纵坐标为..... 阅 读 全 部 >
考虑到很多做实验的小伙伴对很多生物信息学概念不是很了解，受实验小白的委托，我给大家写了一个非常简单的工具：KEGG富集分析KEGG是干嘛的捏？我这么跟你说吧：人类的七千多个基因组都是有已知功能的，KEGG把这七千多个基因分成了300个类，就是我们通常说的kegg通路；比如，我现在做了个实验，发现某细胞系里面的两万个基因里面有300个基因变化了，那这300个基因会涉及到KEGG数据库的哪几个通路？这... 阅 读 全 部 >
Pathview是一个可视化KEGG通路的R包，它会在线从KEGG网站上下载KEGG通路，并进行个性化处理，例如填上不同的颜色。今天就来分享一下如何用Pathview画出高大上的基因与代谢通路热图。基因热通路图在此之前现在R中把必要的包安装好，并加载上if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages(...阅读... 阅 读 全 部 >
本文转自组学大讲堂，侵删KEGG数据库应该是我们最常见的、使用频率最高的数据库之一了，它是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立。是国际最常用的生物信息数据库之一。在KEGG分析结果中，总还是有人分不清例如K01000和ko01000这样的编号的生物学意义，下面我给大家再介绍一遍：K01000：由大写K+五位数字组成，对应... 阅 读 全 部 >
最近，云平台小姐姐被5组韦恩图魔咒环绕，困扰不已。所以，翻了一堆资料，终于找到原来还有进阶版展示交集情况的结果图。那就让我们一起来看看，到底是何方神圣如此强大。云平台网址：https://www.lc-bio.cn/tool/43## 致谢首先的首先，让我们给生信前辈大神们致敬，比如在此感谢大名鼎鼎的Y叔叔，请收下小侄（迷）女（妹）们崇拜的追随目光。感谢前辈对于经验和技能的无私分享（转UpSe..... 阅 读 全 部 >
韦恩（Venn）图是常见统计图之一，用于展示各样本（或分组）之间共有（或特有）元素的数量（或比例）。例如做RNA-seq的最直接目的，大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到多分组情况时，常需要展示多组间共享的差异基因数量，这个时候就要使用到韦恩Venn图。例如以下示例，植物组织中响应7天氮缺乏（-N_7d）、7天磷酸盐缺乏（-Pi_7d）和盐胁迫（d）、冷胁迫（e）或干旱胁迫（f）...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
Venn图经常用于表现组间重叠元素的数量信息。但是随着分组数量的增多，Venn图的结构会越渐复杂，如下所示，当分组数量为5组时，已经不容易从中识别交集概况了。因此，这也是为什么很少见到5组以上的Venn图的原因。3组、4组、5组的韦恩图样式，分组越多越复杂可是有些时候，确实有待于展现大于5组的集合。如果不使用Venn图，应该怎样做呢？此时不妨试下UpSet图，它是在较多分组条件时取代Ve...阅读... 阅 读 全 部 >
如果您是数据科学家或机器学习工程师，那么您应该熟悉最高效的机器学习 IDE。IDE（集成开发环境）是 允许软件开发人员更轻松地编写、测试、调试和使用代码的工具。它的其他用途还有代码验证、文本编辑器、语法突出显示、补全、上下文建议、调试工具、方法和类规范、资源管理以及轻松访问帮助。IDE 通常具有广泛的功能集合。因此，它们也有利于数据科学编程。它们使程序员的生活变得更加轻松。...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
R Markadown 作为一款通过R语言创建动态文档的写作排版工具，为数据科学提供了现成的写作框架。通过 R Markdown 不仅可以运行和保存R代码，还可以生成高质量的数据分析报告并以HTML、PDF或者word的形式分享。1，get started很早就对R语言可以制作高质量的报告有所耳闻，但也没有很强的意愿去研究一番。究其缘由在于写公众号时无法不会优雅的插入代码块，便有意...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
博士生涯终于走到了最后一步了。这次全程用 R 和 Rmarkdown 相关的包完整写完了论文，现在总结一下个人经验和踩过的坑，希望给后来人提供参考经验，同时安利一下 Rmarkdown 这个提高生产力的工具。选择 Rmarkdown 的理由大部分大学的毕业论文对排版都着严格的排版要求，具体需要注意的细节可能有图表要编号，并经常需要在文中交叉引用引...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >