近年来，越来越多的研究表明，单一或者少数参考基因组不能涵盖整个种群全部的遗传信息，所以，构建物种的泛基因组成了当前基因组学研究的热点和前沿。本篇文章，小编和大家一起来了解一下泛基因组的构建方式、泛基因组的热点研究内容。一、泛基因组的构建策略泛基因组构建主要分为以下三种方式[1]：（1）选取一个参考基因组，各个材料的测序reads分别比对，将未比对上的reads进行组装，通过“比对-组装”的迭代过程... 阅 读 全 部 >
前期的推文中我们介绍了一种基于末端标签序列研究染色质交互作用的方法（ChIA-PET），本期中，我们再介绍一种应用更加广泛的染色质三维结构信息捕获方法——Hi-C.一、Hi-C技术的发展一提到Hi-C，我们不得不先说下它的老祖宗，3C，即Chromosome Conformation Capture。2002年，Job Dekker团队在《Science》发文，首次报道了...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
二十一世纪之初，在多国科学家的共同努力下，人类基因组草图被成功绘制。但让人们大吃一惊的是在人类基因组中能够编码蛋白质的基因只占整个人类基因组的不到2%，其余超过98%的人类基因组是做什么的还不清楚，有科学家把这些DNA叫做“垃圾DNA”，或基因组里的“暗物质”。为了解析这些所谓“垃圾DNA”的结构和功能，在2003年由美国人类基因组研究所(NHGRI)和欧洲生物信息研究所(EMBL)牵头，开展了E... 阅 读 全 部 >
前言简化基因组测序技术应用方向之群体分析群体遗传学是研究群体的遗传结构及其变化规律的学科，其研究对象是自然群体，一般是某一物种不同的群体（如不同品种、不同地域等作划分），早期的研究方法主要是使用SSR标记或某个基因（如COI）。高通量测序技术的飞速发展促进了群体遗传学的研究，目前主流的方法是基于简化基因组测序从全基因组范围开发大量SNP标记，进而开展群体遗传进化、系统发育、种质资源...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
5月10日，《Plos One》杂志（最新影响因子： 3.057）在线发表了派森诺与上海交通大学合作的简化基因组+重测序项目的一篇文章。下面，小编就来分享一下该文章的内容。研究背景多趾，即趾头数目过多，是脊椎动物中常见的一种遗传性肢体异常。鸡常见趾型为四趾，多趾畸形一般为额外多一个拇趾在一边或两边脚趾。研究目的前人利用混池测序性状定位（BSA）、连锁分析和全基因组关联分析...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
首先强调这是一篇实用贴，做基因组学研究的朋友们也许经常会碰到准确获取基因或者某一功能位点在基因组上的位置的问题。随着人类基因组计划的完成，这项工作理论上很好解决，但问题是随着基因组数据的不断完善，序列信息在不断更新，所以我们经常会碰到不同的基因组assembly版本，如hg18, hg19, GRCh37, GRCh38等等。因此，使用一个快捷权威的基因组坐标转换工具尤为重要。小编通...阅读全文... 阅 读 全 部 >
随着生物科技的迅速发展，每天都会有海量的生物学数据产生，如何有效的分析这些“生物学大数据”？生物信息学的应用变得尤为重要，在生物领域从基因测序，到基因编辑，再到基因疗法的精准医疗，由生物科技引发的又一场变革正悄然而至。试问大家做好准备迎接它到来了吗？本次分享的主题为：如何快速获取海量数据？我们就从物种的DNA或蛋白质序列说起，在我们的科学研究中下载序列是一件简单不过的事情，无非就是...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
来源自：华大科技知识库组学研究细胞、组织或是整个生物体内某种分子（DNA、RNA、蛋白质、代谢物或其他分子）的所有组成内容，称之为“组学”（-omics），”-omics”术语代表了对怎样思考生物学和生物体系工作方式的重新定位。组学研究包括对基因组及基因产物（转录子组和蛋白质组）的系统生物学研究，随后必然要上升到细胞机制、分子机制和系统生物学的水平。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
为什么要做调研图基因组测序现在已经成为生物学研究的一个重要手段，基因组的杂合度和重复序列对后续基因组组装有很大的影响。高杂合的基因组往往无法合并姊妹染色体，导致组装的结果偏大，而重复序列在组装中会被折叠，使组装中出现缺口、错误，导致组装的结果偏小。不同的生物体的基因组之间杂合率和重复序列含量差异巨大，因此在进行基因组测序前往往需要对基因组的特征进行调研，以确定测序方案，周期等。目前常用的调研手段有... 阅 读 全 部 >
为了深入探究物种进化、基因表达调控等生物学问题，组装一个高质量的参考基因组显得尤为重要。在进行基因组组装前，通常会借助Survey分析初步了解基因组的特征。那么，一张不起眼的Survey图究竟暗藏着怎样的玄机呢？下面，小编将与大家一起来揭秘！如何进行Survey分析？提到基因组Survey分析就不得不提K-mer评估，这是目前最常用的基因组Survey方法。所谓K-mer，是指从一...阅读全文&... 阅 读 全 部 >