基于RNA依赖性RNA聚合酶在宏基因组数据中分类RNA病毒RdRp-based sensitive taxonomic classification of RNA viruses for metagenomic data作者：汤旭博，商家煜，孙燕妮*（通讯作者）摘要随着第二代测序技术的进步，病毒宏基因组测序已经成为发现新型病毒的主要来源。对宏基因组数据中的读数进行生物学分类，已经成为确定样本...... 阅 读 全 部 >
一、软件下载以及安装1.进入NCBI官网https://www.ncbi.nlm.nih.gov/2.点击All Resources3.Downloads4.BLAST (Stand-alone)ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/5.根据电脑系统下载相应的安装包（*.exe）6....阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
一、Primer-BLAST 介绍Primer-BLAST，在线设计用于聚合酶链反应（PCR）的特异性寡核苷酸引物。Primer-Blast 可以直接从 Blast 主页（ http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ ）找到， 或是直接用下面的链接进入：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/这个工具整合了目前流行的 P...... 阅 读 全 部 >
一、查找基因序列、mRNA序列进入NCBI 主页，在 search 后面选择 Gene，输入需要查找的基因的名字，点击search，查看结果。以基因P53为例，搜索结果如图：点击红框部分，进入并下拉，可以看到大量的信息，如下图：二、用Probe查找已经公布的引物序列进入NCBI主页，在下拉菜单选择Probe之后填写需要查找的基因名称。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心俗话说，民以食为天，而科研则以数据为天。NCBI包含的各类数据库无疑是科研数据积累的宝藏。今天，小编就用一文带你初步认识NCBI数据库。官方网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/NCBI 开发有 Genba...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
各位芝士的朋友好，今天我们继续聊我们的SNP话题，前面两讲我们分享了SNP发生的位置，发生的类型以及SNP的命名，并且特意提到了SNP的两个数据库，今天我们来学习一下这两个数据库的使用。dbSNPdbSNP 全称为The Single Nucleotide Polymorphism Database，即单核苷酸多态性数据库，意思是“DNA序列中的单一碱基对（base p...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
首先强调这是一篇实用贴，做基因组学研究的朋友们也许经常会碰到准确获取基因或者某一功能位点在基因组上的位置的问题。随着人类基因组计划的完成，这项工作理论上很好解决，但问题是随着基因组数据的不断完善，序列信息在不断更新，所以我们经常会碰到不同的基因组assembly版本，如hg18, hg19, GRCh37, GRCh38等等。因此，使用一个快捷权威的基因组坐标转换工具尤为重要。小编通...阅读全文... 阅 读 全 部 >
毋庸置疑，NCBI，UCSC，Ensembl，UniProt四个数据库功能非常强大，下面给大家介绍下我自己用的最多的功能。NCBI 中BLAST工具NCBI中的Nucleotide BLAST、Protein BLAST、BLAST Genomes（对应图中的1、2、3），这三种比对工具用的最多，其余两种blastx、tblastn（对应图中的4和5），用的相对较少，但是不得不说，...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
上周的干货软文为您介绍了如何在Ensembl数据库查找目标基因序列（Ensembl篇），这周我们将进入NCBI篇，为您讲解如何在该数据库查找目标基因序列。搜索已被RefSeq收录的基因序列NCBI，是美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)的英文缩写。与专攻基因组检索的Ensembl不同，NCBI数据...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
每天和分子生物学打交道的小伙伴，想必也经常被引物不特异搞的头晕脑胀，今天小编给大家推荐屡试不爽的引物设计方法，就是用NCBI在线设计，主要步骤如下：1. 打开NCBI官网，在页面最下方找到“Primer-BLAST”，也可以直接点击（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome）2. 将目的... 阅 读 全 部 >