首先强调这是一篇实用贴，做基因组学研究的朋友们也许经常会碰到准确获取基因或者某一功能位点在基因组上的位置的问题。随着人类基因组计划的完成，这项工作理论上很好解决，但问题是随着基因组数据的不断完善，序列信息在不断更新，所以我们经常会碰到不同的基因组assembly版本，如hg18, hg19, GRCh37, GRCh38等等。因此，使用一个快捷权威的基因组坐标转换工具尤为重要。小编通...阅读全文... 阅 读 全 部 >
毋庸置疑，NCBI，UCSC，Ensembl，UniProt四个数据库功能非常强大，下面给大家介绍下我自己用的最多的功能。NCBI 中BLAST工具NCBI中的Nucleotide BLAST、Protein BLAST、BLAST Genomes（对应图中的1、2、3），这三种比对工具用的最多，其余两种blastx、tblastn（对应图中的4和5），用的相对较少，但是不得不说，...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
上周的干货软文为您介绍了如何在Ensembl数据库查找目标基因序列（Ensembl篇），这周我们将进入NCBI篇，为您讲解如何在该数据库查找目标基因序列。搜索已被RefSeq收录的基因序列NCBI，是美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)的英文缩写。与专攻基因组检索的Ensembl不同，NCBI数据...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
每天和分子生物学打交道的小伙伴，想必也经常被引物不特异搞的头晕脑胀，今天小编给大家推荐屡试不爽的引物设计方法，就是用NCBI在线设计，主要步骤如下：1. 打开NCBI官网，在页面最下方找到“Primer-BLAST”，也可以直接点击（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome）2. 将目的... 阅 读 全 部 >
在上一期的内容 中，我们分享了NCBI测序数据上传的主要步骤和资料填写的注意事项。今天跟大家分享最后一步：原始测序数据的上传以及上传后项目编号的相关类型和含义。图1 NCBI测序数据上传步骤原始测序数据上传完成样本属性和样本测序建库相关信息的填写后，下一步（第7步）即为测序数据上传。当然，如果测序数据量比较大，也可以在申请账号后就开始数据预上传，然后在第7步选择对应文档就可以。预上传和第... 阅 读 全 部 >
当克隆得到一个基因后，就需要对基因信息向NCBI提交，获得一个登录号，以后写文章就可以直接引用登录号，而不需要在文章中列出序列信息，这里主要介绍比较常见的提交DNA和cDNA信息。1、打开NCBI的数据提交页面，DNA和cDNA就是第一个，有两种方式，Banklt是网页在线形式，Sequin是本地批量形式，网页形式的话应先点右上角的NCBI注册，注册好后再返回到这个页面点击Bank...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
近期收到不少售后咨，老师发表文章需要将数据上传到NCBI数据库，下面小编就把最新版的详细流程介绍给大家，记得收藏哦1、注册NCBI账号如果已经注册过NCBI ，直接登陆。2、登录后转入NCBI主页点击进入“Submit ”( 红框所示)3、选择上传数据的类别如图红框所示，选择“Sequence Read Archive(SRA)”，然...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >