本期小编将分享关于小基因组数据NCBI上传流程，那小基因组包含哪些基因组呢？
小基因组主要包括线粒体、叶绿体、病毒、质粒等，由于这些基因组大小通常小于1M，因此统称为小基因组。基于高通量测序技术，对小基因组进行全基因组测序，可以得到其全基因组序列，并预测其重要的功能基因。基于全基因组序列，对于线粒体/叶绿体可以进一步研究物种分类、进化关系等；对于病毒、质粒可以则可以进一步研究致病性、与宿主的相互作用等。对这些基因组进行研究后同样也是需要将基因组的信息上传到NCBI的，那如何上传？上传的具体流程是什么？来和小编一起学习下吧。
本次教程以叶绿体基因组上传到NCBI 为例，其余的小基因组上传步骤和它一样哦。
基本流程
一、 NCBI注册
注册网站：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/？back_url=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fhome%2Fsubmit.shtml&partners-uri=cms:/account/partners
打开NCBI注册网站，按照网页上的要求进行个人信息填写，需要注意的是此处要填写邮箱，一般不建议使用qq邮箱、163邮箱和foxmail邮箱，因为这些邮箱经常会存在接收不到NCBI邮件的现象。所有信息都填写完成后点击Create account，邮箱会接收到NCBI发过来的网站，打开此网站进行激活即可完成账号注册。
二、 基本信息填写
打开NCBI官网https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，输入账号和密码，点击网页上的Submit栏可进入GenBank界面，找到小基因组提交栏，点击进入即可开始本次的提交（或直接点击https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/?form=history&tool=genbank进入提交界面）。具体步骤如下：
1、 点击Start BankIt Submission进入；
2、 进入Contact Information完善个人信息（此处的邮箱仍然不建议使用qq邮箱、163邮箱和foxmail邮箱），然后点击Continue进行下一步；
3、 进入Reference界面，按照顺序填写作者姓名，如果有参考的题目在此处也可以附上，点击Continue进入下一步；
三、 Sequence上传，信息填写
1、 Sequencing Technology填写完全后，点击Continute进入下一步；
必填项：需要填写测序平台、基因组组装软件及版本；其中不同的小基因组的组装软件也会一些差异，具体的可根据我司交付的结题报告上的软件及版本进行填写；
选填项：Assembly name和测序深度；
2、 进入Nucleotide界面，需要填写释放数据日期，序列的分子类型是环状or线性（完整的质粒/线粒体/叶绿体基因组一般为环状，病毒基因组既有线性的也有环状的），以及是否为完整的基因组，然后上传基因组的核苷酸序列（fasta格式文件），上传后点击Continue进入下一步；
3、 进入Organism界面，填写上传物种的拉丁名后，点击Continue进入下一步；
4、 进入Submission Categeory界面，选择是否有NCBI 注释—选择Yes，点击Continue进入下一步；
5、 进入Source Modifiers界面，选择样本类型：线粒体、叶绿体或其他类型；另外需要选填物种的来源，保存单位（xxx单位分离及分离信息 xxx单位保存或 xxx保藏中心保存）和样本收集时间等信息，填写结束后点击Continue进入下一步；
6、 进入Feature界面，上传tbl格式文件，点击Upload File生成注释信息；确认无误后点击Continue进入下一步（Continue在Feature文件的下方，拖动界面很长哦，坚持住）；
四、 数据提交
核查已填入的信息是否有误，有问题的话返回对应的界面进行修改，确认无误后点击Finish Submission完成本次NCBI上传。一般上传一个星期内NCBI会发邮件到邮箱，给出相应的登录号，这个登录号可直接用于后续的文章中。
以上就是小基因组数据上传NCBI的详细步骤，是不是很简单？研究小基因组的亲们赶快动起你的手指，跟随小编的步骤练习一下吧！如果大家在上传过程中有任何疑问，欢迎随时和我们一起探讨，可在文末留言或者邮件交流（[email protected]）。
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