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2022
01-02

技能篇 | NCBI的5种常见使用方法(二)

一、查找基因序列、mRNA序列

进入NCBI 主页,在 search 后面选择 Gene,输入需要查找的基因的名字,点击search,查看结果。

以基因P53为例,搜索结果如图:

点击红框部分,进入并下拉,可以看到大量的信息,如下图:

二、用Probe查找已经公布的引物序列

进入NCBI主页,在下拉菜单选择Probe之后填写需要查找的基因名称。

点击search,出现下面界面:

点击第一个链接,序列结果如下图所示:

三、上传数据到NCBI

NCBI对可提交的数据类型有详细列表,不同类型的数据分别提交到不同的数据库。

具体可查看:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/submit-sequence-data/

由于测序平台应用在不同类型的项目长会有不同分析结果,所以分析数据的提交要根据测序项目类型来定。

1. 建立一个属于自己的NCBI登录账户,用以提交数据。

打开下方链接:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/

点击图中标注的“Register for a NCBI account”,进入到注册页面,如实填写信息;

如何创建My NCBI账户,也可详细见:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3842/#MyNCBI.Registering_with_My_NCBI

2. 为提交的数据申请BioProject和BioSample号。

一个BioProject代表一项测序研究项目,它可包含多次实验(experiments):

Step1:打开

https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/,点击“BioProject”进入新建页面;

Step2:点击“New submission”,进行提交;

Step3:根据研究项目实际情况,填写一系列信息,每填写完一个步骤,都要点击页面下方的continue,保存已填写的信息。点击“submit”即可;

3. 在NCBI网站上登录自己的账户,进入数据提交的Submit界面后,点击相应的数据库进行数据的提交。

https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/)

四、如何用NCBI批量下载基因序列

1. 登入NCBI主界面,在下拉菜单里选择nucleotide,将基因的Accession number都排列在一起,用空格隔开,不要有回车符;

例如:NM_181571 NM_012319 NM_016651 NM_007678NM_004642 NM_145918 NM_024504 NM_014847 NM_004196 NM_002295:

填好后Search,然后会出现这样一个界面:

2. 点击上面的summary下拉标记,在Format选项中选择FASTA;

点击Apply,就会出现下一个界面:

3. 点击右上角的Send下拉标记,选中CompleteRecord和File,然后在下面Format中选择FASTA,Sort by不变(默认),最后点击Create File保存数据即可;

五、如何用NCBI下载物种的全基因组序列

1. 打开NCBI,在下拉栏里选择Genome,之后输入下载物种的拉丁名;

以拟南芥Arabidopsis thaliana为例:

搜索结果如下图所示:

2. 点击上图的“GenomeAssembly and Annotation report”进入下面的界面:

一般来说,选择level这一列中测序水平最高的一组就是黑色部分占据面积最多的。

3. 点击Assenbly这一列中的基因组编号,可进入全基因组下载界面;

4. 点击该界面的右侧,即可进行全基因组的下载;

参考资料

https://wenku.baidu.com/view/f86d817165ce0508763213df.html

https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9550410.html

https://mp.weixin.qq.com/s/7EPj0lJGz2gesnLK_k_oGg

最后编辑:
作者:萌小白
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