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2023
04-24

全基因组关联分析GWAS专题2——连锁不平衡

连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）分析是群体遗传学研究中常见的分析内容，也是关联分析的基础，在很多的GWAS文章中都会出现LD衰减图及单倍型block图，接下来一起连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）初探。图1 水稻自然群体连锁不平衡衰减与桃果糖含量位点相关单倍型区块1、LD的概念当位于某一座位的特定等位基因与另一座位...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
2023
04-21

karyoploteR定制基因组可视化

karyoploteR是一个bioconductor的一个R包，用于定制非环形全基因组数据的可视化。其绘图绘图过程按照R的基本绘图系统，并且不需要其他图形包。karyoploteR旨在给使用者提供一种可以创建任何线性染色体基因组的表征，并在染色体上绘制相关基因组注释和实验数据。 karyoploteR仅仅只是一个绘图工具，因此意味着无法用这个R包来下载数据，需要使用者自己去下载然后导入R...阅... 阅 读 全 部 >
2023
04-21

快速入门群体结构分析，Structure教程来了！

tructure是由斯坦福大学Pritchard实验室开发的一款群体结构分析软件。structure可通过贝叶斯聚类方法对每个样本的来源进行判断，进而反应群体的遗传结构。真正跑时burnin设为100000，跑100000代，k设为1-20，每轮运行10次。序列文件用xmfa2struct转为structure可识别的格式，SSR用Genalex转为structure可识别的格式。操作步骤打开st... 阅 读 全 部 >
2023
04-19

分化时间分析—beast2软件介绍

分化时间，当前宏观进化分析的一个热点，以某一特定类群的化石记录作为参照点，通过基因序列间的分歧程度以及分子钟来估计速率恒定分支间的分歧时间，同时计算系统发育树上其它节点的发生时间，从而推断相关类群的起源时间和不同类群的分歧时间。在这里有一个重要概念，分子钟：一个特定的生物大分子（蛋白质或DNA）在所有的演化谱系中具有恒定的演化速率。其中，演化谱系指不同类群。目前进行分化时间分析的软...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2023
04-17

GWAS真的只有关联分析这么简单？

近年来，全基因组关联分析（Genome wide associationstudy，GWAS）在筛查和鉴定动植物重要经济性状的主效基因方面得到了广泛应用。GWAS关联精度高，研究周期短，已成为功能基因挖掘的重要手段。我们在看文献的时候一般会看到全基因组关联分析线性模型计算出的曼哈顿图和QQ图。那在关联分析之前，如何评估群体结构和亲缘关系？你知道么？图1 曼哈顿图和QQ图[1]今天我们就从GWAS入... 阅 读 全 部 >
2023
04-16

欧洲银桦基因组登上Nature genetics

最近随着三代测序的火热，纯三代的基因组文章也遍地开花！技术的提升必然带来的基因组质量的提升，但是对做研究而言，最终还是得落到物种自身。下面这篇文章告诉你，没有熊猫血，怎么关注爆表。本文稿也将从项目专业角度来剖析欧洲银桦的NG之旅！研究背景森 林生态系统保有高份额的北半球生物多样性。北方森林大约占到全球森林的30%，且在各气候带中拥有最高的树木密度。此外，北方区域正在经历广泛的气...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2023
04-16

【技术干货】动植物GWAS经典软件TASSEL的使用

做功能基因定位的生物狗基本都知道，经过10来年的发展，关联分析与连锁分析一样，已经成为一项基本工具，广泛应用于动植物功能基因挖掘中。在动植物（尤其是植物）的关联分析中，TASSEL软件是最早出现的开源软件，相对于其他软件，TASSEL也是使用的最广泛的，您想不想知道在您有了表型、基因型之后，怎么使用TASSEL进行关联分析呢？往下看吧，小编教你啊~先给软件的下载地址 ht...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
04-16

Admixture：一款快速分析群体遗传结构的软件

群体遗传结构(Structure)指遗传变异在物种或群体中的一种非随机分布。按照地理分布或其他标准可将一个群体分为若干亚群，处于同一亚群内的不同个体亲缘关系较高，而亚群与亚群之间则亲缘关系稍远。群体结构分析有助于理解进化过程，并且可以通过基因型和表型的关联研究确定个体所属的亚群。一般进行群体分析所使用的软件为STRUCTURE，但是STRUCTURE的运行速度较慢，如今Admixture凭借其高速... 阅 读 全 部 >
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