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Bioconductor：助力你的生物信息学研究
基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析
随着测序成本的不断下降，转录组实验已成为生物学及医学研究不可或缺的技术手段。但是，对于大多数初学者来说，会遇到各种各样的问题。为此组学大讲堂的小编总结了20个转录组实验的常用知识点，希望对大家有所帮助。Question and Answer1、什么是转录组测序？转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的集合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的集合。转录组测序... 阅 读 全 部 >
转自基迪奥生物上期我们分享了关于样本重复性问题的一些小技巧 ，在我们突破第一关，做好样本关系分析后，这时在转录组测序获得的茫茫基因中，该如何找到心仪的目标基因呢？毕竟我们真正关心的是与处理效应相关的基因，而差异表达的基因才往往是造成组间差别的驱动因素。因此我们需要特定的方法找出这些差异基因，这种方法就是差异分析。本文针对在做差异分析时大家可能经常存在的疑点，如为什么是基于负二项分布？以及进行差..... 阅 读 全 部 >
在最新的Ubuntu 22.04 LTS中，第三版Logo现身啦。据介绍，新Logo采用经典的橙、白配色，同时改为了流畅的线条设计，并采用非对称图案设计，橙色也代表了Ubuntu对自身的大胆表达。我们再来看下Ubuntu Logo的演进，2004年首个版本的Logo是多彩的，2010 年推出的第二版更加简洁，从多种颜色减少到现在熟悉的橙色和白色，2022第三版的变化也有类似的实际...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
编者按：代谢组学数据下机啦~如何进行数据筛选？如何进行数据标准化处理？本篇小鹿“安利“一款实用软件：无需复杂的EXCEL操作；无需自己写代码；也无需自己写脚本；可解决代谢组学下机数据地复杂分析？不相信请各位“看官”继续往下看...MetaboAnalyst工具软件MetaboAnalyst是一个基于网络的综合性工具套件，旨在帮助用户...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
目前组学的数据越来越多。其中代谢组学也是其中一个热点。关于代谢组学的相关分析目前用的最多的还是MetaboAnalyst (https://www.metaboanalyst.ca/) 。之前这个数据库一直都是4.0版本。最近刚刚更新了5.0的版本。趁着刚刚更新，我们也就来顺带的介绍这个数据库吧。PS: 从18到现在被引次数就到了1700。可见这个数据库的权威以及研究代谢的人多呀关于MetaboA... 阅 读 全 部 >
近几十年，系统生物学慢慢走近科研者的视野，主要着眼于研究细胞信号转导、基因调控网络和生物系统的组成。多组学联合分析可以由表及里，解析直接原因和根本原因，深入阐释作用机理。在多组学的联合应用中，最终都要落脚到功能注释和通路富集分析，其中基于通路富集分析的图形展示丰富多样，通过此分析可找到与研究相关的通路、关键基因/代谢物，以便进行后续的数据挖掘。小鹿在往期文章中，向大家推荐过一个代谢...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
代谢组学(Metabolomics)是生物体内生化反应的总成，是生命体维持生命的物质基础，也是研究生命活动的重要基础。代谢组学是基于高通量分析和生物信息学技术，研究生命在内、外环境影响下的内源代谢活动，包括对代谢产物种类、数量及其变化规律的检测和分析，从而研究集体生命活动发生和发展的本质。代谢物作为生物学过程的终端产物，其状态改变能够准确地反应细胞功能的变化。研究表明，包括癌症在内的多种疾病...... 阅 读 全 部 >
日前，小鹿为各位代谢组学老师推荐了一款代谢组学分析“神器”MetaboAnalyst网站（详情请戳实用锦囊：MetaboAnalyst代谢组学分析工具实操） ，MetaboAnalyst网站链接: https://www.metaboanalyst.ca/ ）。相信不少老师对这款工具已经有了初步了解~~本期，小鹿为大家带来进阶版教程，以代谢组学通路富集功能为主要切入点 ...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
本文列出了即将发布的 Ubuntu 22.04 LTS 'Jammy Jellyfish' 版本中的所有主要功能。众多 Ubuntu 粉丝对对下一个大版本 Ubuntu 22.04 LTS 应该很是期待了吧。这是一个长期支持版本，将支持五年，直到 2027 年 4 月。即将发布的 LTS 版本带来了几个新功能。如果您使用的是 Ubuntu 20.04 LTS，您会注意到许多视觉变化。如果您使用..... 阅 读 全 部 >