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  • ROSE 软件挖掘「超级增强子」实战与代码分享

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2022
06-24

R语言绘图：28个实用程序包

全文注释# 示例参考帮助文档# 我用Rstudio重现了所有示例# 初识R语言，请戳我的原创推文“”与“”# 使用Stata绘图，请戳我的原创推文“”# 本文以字母顺序排序程序包# 更多用于R语言绘图的程序包，欢迎在留言区补充cartogram扭曲的地图，以传达统计信息开发Sebastian Jeworutzki，...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
06-24

R语言：circos图养成记

这次我们来个GC含量的圈图，同样的，我在这里也会描绘出各种GC含量圈图的画法，开开眼界。GC含量图在基因组circos图中算是非常有分量的，各种GC含量圈图的表达形式6的飞起。下面开始画几种类型的GC圈图。首先，加载circlize R包library(circlize)读入染色体数据和GC含量数据data<-read.table("chrom.txt",head=T,stringsAs..... 阅 读 全 部 >
2022
06-23

如何让你的图变得高大上之ComplexHeatmap

ComplexHeatmap是 Zuguang Gu博士开发的一款可以绘制复杂热图的一个包，即可实现简单热图的功能，更能绘制更复杂的热图。复杂的热图有效地可视化不同数据集源之间的关联并揭示潜在模式。 ComplexHeatmap包提供了一种高度灵活的方式来排列多个热图并支持各种注释图形。技术小编之前对这个包做过简单介绍（ 如何让你的图变得高大上之COMPLEXHEATMAP ），这次介绍两个简单实... 阅 读 全 部 >
2022
06-23

【学科发展报告】生物信息学

一、引言生物信息学是信息与系统科学和生命科学高度交叉的前沿学科，是自动化学科群中的重要部分，包括计算生物学、系统生物学与合成生物学等方向。生物信息学涉及多个学科领域，信息、控制与系统的理论、方法和技术在其中发挥着重要作用，同时，它也把控制科学与工程的研究对象从机械、电子、物理、化学等系统扩展到了以分子和细胞为基本元件的生命系统。本专题报告从信息科学视角对 2013 — 2017 年我国在生物信..... 阅 读 全 部 >
2022
06-23

蛋白组学研究，R语言实用技巧—热图，运用pheatmap包方法

编者按热图：通过热图可以简单地聚合大量数据，并使用一种渐进的色带来优雅地表现，最终效果一般优于离散点的直接显示，可以很直观地展现空间数据的疏密程度或频率高低。你还不会画热图吗？不管您是做蛋白组学、代谢组学或者多层组学研究。热图是文章里常见的图，色彩变化丰富的热图为文章亮色不少。热图可以说是生信中最为常见的图形可视化方式，用以展现表达分布模式。热图可以用于解决组学研究的什么问题？根据...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022
06-23

统计学-三大相关性系数 | 生物统计学基础系列课

什么是生物统计学生物统计学是一种很有用的工具，正确使用这一工具可以使科学研究更加有效，使科学研究可以更加高效的开展。因此，它是每位生物科学工作者必须掌握的基础知识。联川生物近日对生物统计学进行了系统式的学习，所用的教材——《生物统计学基础（原书第5版）》是一本非常有特色的书，与其他同类书比较，其有以下几类优点：①教材内容通俗易懂但又非常严谨、细致、深入而又全面。书中的多数...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022
06-23

R语言也能玩ps？magick包你值得拥有

作者：鲁伟，热爱数据，坚信数据技术和代码改变世界。R语言和Python的忠实拥趸，为成为一名未来的数据科学家而奋斗终生。个人公众号：数据科学家养成记 （微信ID：louwill12）今天要给大家介绍的是2017年的一款新包——magick包。可能大家看到推文题目也都知道了，这是一款图片与图像处理的扩展包，以后ps能做的R语言一定程度上也可以做啦。毕竟从大数据的角度来讲，图片图像数据也是数据嘛。话不... 阅 读 全 部 >
2022
06-23

R语言高效的管道操作magrittr

作者：张丹，R语言中文社区专栏特邀作者，《R的极客理想》系列图书作者，民生银行大数据中心数据分析师，前况客创始人兼CTO。个人博客 http://fens.me， Alexa全球排名70k。前言使用R语言进行数据处理是非常方便的，几行代码就可以完成很复杂的操作。但是，对于数据的连续处理，还是有人觉得代码不好看，要么是长长的函数嵌套调用，有点像Lisp感觉，括号包一切；要么就是每次操作赋值...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
06-23

【R语言】教你使用常用的字符串处理方法

在字符串处理中经常会使用到正则表达式，例如从HTML源码中或事件日志中获取目标数据，一般可以通过正则表达式完成任务。在我看来，所谓正则表达式就是根据字符串中的规律书写的一种表达式，关键点是发现规律。根据我的工作应用场景，字符串处理中最为常见的四种手段有“拆、替、抽、取”，具体来讲就是：拆：将字符串按照某个分隔符切割开来例如，邮箱“[email protected]”，我想把邮箱的地...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022
06-23

R语言爬虫系列5|正则表达式与字符串处理函数

作者：鲁伟，热爱数据，坚信数据技术和代码改变世界。R语言和Python的忠实拥趸，为成为一名未来的数据科学家而奋斗终生。个人公众号：数据科学家养成记 （微信ID：louwill12）第三篇戳：R语言爬虫系列3|HTTP协议无论是R中的RCurl组件还是Python的BeautifulSoup库，对网页HTML完成下载解析之后我们从这些看似杂乱无章的文本中拿到我们感兴趣的数据。之前在系列2的时候小编... 阅 读 全 部 >
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